Detalhe da pesquisa
1.
grenepipe: a flexible, scalable and reproducible pipeline to automate variant calling from sequence reads.
Bioinformatics
; 38(20): 4809-4811, 2022 10 14.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36053180
2.
Interpreting phylogenetic placements for taxonomic assignment of environmental DNA.
J Eukaryot Microbiol
; 70(5): e12990, 2023.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37448139
3.
Phylogenetic Analysis of SARS-CoV-2 Data Is Difficult.
Mol Biol Evol
; 38(5): 1777-1791, 2021 05 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33316067
4.
Swarm v3: towards tera-scale amplicon clustering.
Bioinformatics
; 38(1): 267-269, 2021 12 22.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34244702
5.
Genesis and Gappa: processing, analyzing and visualizing phylogenetic (placement) data.
Bioinformatics
; 36(10): 3263-3265, 2020 05 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32016344
6.
Quartet-Based Computations of Internode Certainty Provide Robust Measures of Phylogenetic Incongruence.
Syst Biol
; 69(2): 308-324, 2020 03 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31504977
7.
The Windblown: Possible Explanations for Dinophyte DNA in Forest Soils.
J Eukaryot Microbiol
; 68(1): e12833, 2021 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33155377
8.
Methods for automatic reference trees and multilevel phylogenetic placement.
Bioinformatics
; 35(7): 1151-1158, 2019 04 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30169747
9.
EPA-ng: Massively Parallel Evolutionary Placement of Genetic Sequences.
Syst Biol
; 68(2): 365-369, 2019 03 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30165689
10.
A Critical Review on the Use of Support Values in Tree Viewers and Bioinformatics Toolkits.
Mol Biol Evol
; 34(6): 1535-1542, 2017 06 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28369572
11.
Clarifying the Relationships between Microsporidia and Cryptomycota.
J Eukaryot Microbiol
; 65(6): 773-782, 2018 11.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29603494
12.
UniEuk: Time to Speak a Common Language in Protistology!
J Eukaryot Microbiol
; 64(3): 407-411, 2017 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28337822
13.
Metagenomic Analysis Using Phylogenetic Placement-A Review of the First Decade.
Front Bioinform
; 2: 871393, 2022.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36304302
14.
Genetic diversity loss in the Anthropocene.
Science
; 377(6613): 1431-1435, 2022 09 23.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36137047
15.
Wide-ranging consequences of priority effects governed by an overarching factor.
Elife
; 112022 Oct 27.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36300797
16.
SCRAPP: A tool to assess the diversity of microbial samples from phylogenetic placements.
Mol Ecol Resour
; 21(1): 340-349, 2021 Jan.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32996237
17.
Long-read metabarcoding of the eukaryotic rDNA operon to phylogenetically and taxonomically resolve environmental diversity.
Mol Ecol Resour
; 20(2): 429-443, 2020 Mar.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31705734
18.
Scalable methods for analyzing and visualizing phylogenetic placement of metagenomic samples.
PLoS One
; 14(5): e0217050, 2019.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31136592
19.
Parasites dominate hyperdiverse soil protist communities in Neotropical rainforests.
Nat Ecol Evol
; 1(4): 91, 2017 Mar 20.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28812652