RESUMO
Germline pathogenic variants in the DNA mismatch repair genes (MMR): MLH1, MSH2, MSH6, and PMS2, are causative of Lynch syndrome (LS). However, many of the variants mapping outside the invariant splice site positions (IVS ± 1, IVS ± 2) are classified as variants of unknown significance (VUS). Three such variants (MLH1 c.588+5G>C, c.588+5G>T and c.677+5G>A) were identified in 8 unrelated LS families from Argentina, Brazil and Chile. Herein, we collected clinical information on these families and performed segregation analysis and RNA splicing studies to assess the implication of these VUS in LS etiology. Pedigrees showed a clear pattern of variant co-segregation with colorectal cancer and/or other LS-associated malignancies. Tumors presented deficient expression of MLH1-PMS2 proteins in 7/7 of the LS families, and MSI-high status in 3/3 cases. Moreover, RNA analyses revealed that c.588+5G>C and c.588+5G>T induce skipping of exon 7 whereas c.677+5G>A causes skipping of exon 8. In sum, we report that the combined clinical findings in the families and the molecular studies provided the evidences needed to demonstrate that the three MLH1 variants are causative of LS and to classify c.588+5G>C and c.677+5G>A as class 5 (pathogenic), and c.588+5G>T as class 4 (likely-pathogenic). Our findings underline the importance of performing clinical and family analyses, as well as RNA splicing assays in order to determine the clinical significance of intronic variants, and contribute to the genetic counseling and clinical management of patients and their relatives.
Assuntos
Neoplasias Colorretais Hereditárias sem Polipose/genética , Íntrons , Proteína 1 Homóloga a MutL/genética , Sítios de Splice de RNA , Splicing de RNA , Adulto , Argentina , Brasil , Chile , Neoplasias Colorretais/genética , Neoplasias Colorretais Hereditárias sem Polipose/metabolismo , Reparo de Erro de Pareamento de DNA , Éxons , Feminino , Aconselhamento Genético , Humanos , Masculino , Pessoa de Meia-Idade , Endonuclease PMS2 de Reparo de Erro de Pareamento/deficiência , Endonuclease PMS2 de Reparo de Erro de Pareamento/genética , Endonuclease PMS2 de Reparo de Erro de Pareamento/metabolismo , Proteína 1 Homóloga a MutL/deficiência , Proteína 1 Homóloga a MutL/metabolismo , Linhagem , Isoformas de ProteínasRESUMO
Entre 5% a 10% dos casos de câncer de mama e ovário são de origem hereditária e estão associadas à presença de mutações germinativas em genes de predisposição, entre os quais se destacam BRCA1 e BRCA2. Mutações pontuais nestes genes são mais comuns, no entanto, alterações estruturais provocados por rearranjos genômicos podem explicar a ocorrência de casos de HBOC (Hereditary Breast and Ovarian Cancer Syndrome) nos quais mutações não são detectadas por métodos convencionais, e portanto, não devem ser negligenciadas. OBJETIVO: Verificar a frequência de rearranjos genômicos em BRCA1 e BRCA2 em uma amostra de pacientes que atendam aos critérios de inclusão baseados nas diretrizes da NCCN (National Comprehensive Cancer Network) e ASCO (American Society of Clinical Oncology). METODOLOGIA: Foram selecionados 292 pacientes atendidos no Ambulatório de Oncogenética do Instituto de Ciências da Saúde da Universidade Federal da Bahia, considerados elegíveis para triagem de rearranjos genômicos por meio da técnica de MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification) entre 2008 e 2017. Além disso, a amostra foi caracterizada quanto aos dados clínicos, a história individual e/ou familiar de risco para câncer e ancestralidade. RESULTADOS: Os rearranjos genômicos, deleção dos exons 16-17 de BRCA1, duplicação do exon 5 de BRCA1, deleção dos exons 1-2 de BRCA1 e duplicação do exon 21 do BRCA2 foram encontradas em sete pacientes com diagnóstico de câncer de mama e/ou ovário com história pessoal e familiar de câncer sugestivo de HBOC. Os rearranjos del exons 16-17 e del exons 1-2 de BRCA1 já foram descritos na literatura como patogênicas. As outras mutações ainda não estão descritas, e estudos para determinação do efeito clínico e a caracterização molecular serão necessários. A frequência de rearranjos observada neste estudo foi de 2,4% e está de acordo com a frequência de outros estudos realizados no Brasil. Embora essa população tenha uma contribuição portuguesa relevante, a mutação fundadora portuguesa c.156_157insAlu em BRCA2 não foi encontrada. CONCLUSÕES: A recomendação de testes genéticos abrangentes para triagem de pequenas mutações, bem como de rearranjos genômicos em BRCA pode proporcionar um melhor desfecho nos prognósticos dos pacientes.