Detalhe da pesquisa
1.
3D feasibility of 2D RNA-RNA interaction paths by stepwise folding simulations.
RNA
; 30(2): 113-123, 2024 Jan 16.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38071473
2.
Investigating RNA-RNA interactions through computational and biophysical analysis.
Nucleic Acids Res
; 51(9): 4588-4601, 2023 05 22.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36999609
3.
DrTransformer: heuristic cotranscriptional RNA folding using the nearest neighbor energy model.
Bioinformatics
; 39(1)2023 01 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36655786
4.
Modified RNAs and predictions with the ViennaRNA Package.
Bioinformatics
; 39(11)2023 11 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37971965
5.
RNAxplorer: harnessing the power of guiding potentials to sample RNA landscapes.
Bioinformatics
; 37(15): 2126-2133, 2021 Aug 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33538792
6.
Insights into the secondary and tertiary structure of the Bovine Viral Diarrhea Virus Internal Ribosome Entry Site.
RNA Biol
; 19(1): 496-506, 2022.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35380920
7.
Control of Cognate Sense mRNA Translation by cis-Natural Antisense RNAs.
Plant Physiol
; 180(1): 305-322, 2019 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30760640
8.
RNA modifications in structure prediction - Status quo and future challenges.
Methods
; 156: 32-39, 2019 03 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30385321
9.
CMV: visualization for RNA and protein family models and their comparisons.
Bioinformatics
; 34(15): 2676-2678, 2018 08 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29554223
10.
Efficient computation of co-transcriptional RNA-ligand interaction dynamics.
Methods
; 143: 70-76, 2018 07 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29730250
11.
In silico design of ligand triggered RNA switches.
Methods
; 143: 90-101, 2018 07 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29660485
12.
RIsearch2: suffix array-based large-scale prediction of RNA-RNA interactions and siRNA off-targets.
Nucleic Acids Res
; 45(8): e60, 2017 05 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28108657
13.
RNAblueprint: flexible multiple target nucleic acid sequence design.
Bioinformatics
; 33(18): 2850-2858, 2017 Sep 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28449031
14.
AREsite2: an enhanced database for the comprehensive investigation of AU/GU/U-rich elements.
Nucleic Acids Res
; 44(D1): D90-5, 2016 Jan 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26602692
15.
RNAlien - Unsupervised RNA family model construction.
Nucleic Acids Res
; 44(17): 8433-41, 2016 09 30.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27330139
16.
NMR Structural Profiling of Transcriptional Intermediates Reveals Riboswitch Regulation by Metastable RNA Conformations.
J Am Chem Soc
; 139(7): 2647-2656, 2017 02 22.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28134517
17.
Predicting RNA 3D structure using a coarse-grain helix-centered model.
RNA
; 21(6): 1110-21, 2015 Jun.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-25904133
18.
Pseudoknots in RNA folding landscapes.
Bioinformatics
; 32(2): 187-94, 2016 Jan 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26428288
19.
SHAPE directed RNA folding.
Bioinformatics
; 32(1): 145-7, 2016 Jan 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26353838
20.
Predicting RNA secondary structures from sequence and probing data.
Methods
; 103: 86-98, 2016 07 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27064083