Detalhe da pesquisa
1.
Microbiome Metabolome Integration Platform (MMIP): a web-based platform for microbiome and metabolome data integration and feature identification.
Brief Bioinform
; 24(6)2023 09 22.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37771003
2.
MeganServer: facilitating interactive access to metagenomic data on a server.
Bioinformatics
; 39(3)2023 03 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36825821
3.
DeepToA: an ensemble deep-learning approach to predicting the theater of activity of a microbiome.
Bioinformatics
; 38(20): 4670-4676, 2022 10 14.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36029249
4.
Neanderthal behaviour, diet, and disease inferred from ancient DNA in dental calculus.
Nature
; 544(7650): 357-361, 2017 04 20.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28273061
5.
Normalising phylogenetic networks.
Mol Phylogenet Evol
; 163: 107215, 2021 10.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34089842
6.
MAIRA- real-time taxonomic and functional analysis of long reads on a laptop.
BMC Bioinformatics
; 21(Suppl 13): 390, 2020 Sep 17.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32938391
7.
Pre-Columbian mycobacterial genomes reveal seals as a source of New World human tuberculosis.
Nature
; 514(7523): 494-7, 2014 Oct 23.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-25141181
8.
The Antibiotic Resistant Target Seeker (ARTS), an exploration engine for antibiotic cluster prioritization and novel drug target discovery.
Nucleic Acids Res
; 45(W1): W42-W48, 2017 07 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28472505
9.
Fast and sensitive protein alignment using DIAMOND.
Nat Methods
; 12(1): 59-60, 2015 Jan.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-25402007
10.
Intestinal Dysbiosis, Barrier Dysfunction, and Bacterial Translocation Account for CKD-Related Systemic Inflammation.
J Am Soc Nephrol
; 28(1): 76-83, 2017 Jan.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27151924
11.
SILVA, RDP, Greengenes, NCBI and OTT - how do these taxonomies compare?
BMC Genomics
; 18(Suppl 2): 114, 2017 03 14.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28361695
12.
MEGAN Community Edition - Interactive Exploration and Analysis of Large-Scale Microbiome Sequencing Data.
PLoS Comput Biol
; 12(6): e1004957, 2016 06.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27327495
13.
RiboTagger: fast and unbiased 16S/18S profiling using whole community shotgun metagenomic or metatranscriptome surveys.
BMC Bioinformatics
; 17(Suppl 19): 508, 2016 Dec 22.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28155666
14.
Antibiotic Selection Pressure Determination through Sequence-Based Metagenomics.
Antimicrob Agents Chemother
; 59(12): 7335-45, 2015 Dec.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26369961
15.
Endotoxicity of lipopolysaccharide as a determinant of T-cell-mediated colitis induction in mice.
Gastroenterology
; 146(3): 765-75, 2014 Mar.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-24269927
16.
A poor man's BLASTX--high-throughput metagenomic protein database search using PAUDA.
Bioinformatics
; 30(1): 38-9, 2014 Jan 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23658416
17.
Integrative analysis of environmental sequences using MEGAN4.
Genome Res
; 21(9): 1552-60, 2011 Sep.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-21690186
18.
Reference-guided assembly of four diverse Arabidopsis thaliana genomes.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 108(25): 10249-54, 2011 Jun 21.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-21646520
19.
Self-generating autocatalytic networks: structural results, algorithms and their relevance to early biochemistry.
J R Soc Interface
; 21(214): 20230732, 2024 May.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38774958
20.
Analysis of the intestinal microbiota using SOLiD 16S rRNA gene sequencing and SOLiD shotgun sequencing.
BMC Genomics
; 14 Suppl 5: S16, 2013.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-24564472