PepDRED: De Novo Peptide Design with Strong Binding Affinity for Target Protein.

De novo design of peptides that bind specifically to functional proteins is beneficial for diagnostics and therapeutics. However, complex permutations and combinations of amino acids pose significant challenges to the rational design of peptides with desirable stability and affinity. Herein, we develop a computational-based evolution method, namely, peptidomimetics-driven recognition elements design (PepDRED), to derive hemoglobin-inspired peptidomimetics. PepDRED mimics the natural evolutionism pipeline to generate stable apovariant (AVs) structures for wild-type counterparts via automated point mutations and validates their efficiency through free binding energy analysis and per residue energy decomposition analysis. For application demonstration, we applied PepDRED to design de novo peptides to bind FhuA, a typical TonB-dependent transporter (TBDT). TBDTs are Gram-negative bacterial outer membrane proteins responsible for iron transport and vital for bacterial resistance. PepDRED generated a pool of AVs and proceeded to reach an optimized peptide, AV440, with a remarkable binding affinity of -21 kcal/mol. AV440 is ∼2.5-fold stronger than the existing FhuA inhibitor Microcin J25. Network energy analysis further unveils that incorporating methionine (M42) in the N-terminal region significantly enhances inter-residue contacts and binding affinity. PepDRED offers a prompt and efficient in silico approach to develop potent peptide candidates for target proteins.

Construção de um mapa de conversação para gestantes e puérperas sobre os cuidados com o recém-nascido / Construcción de un mapa de conversación para mujeres embarazadas y puérperas sobre los cuidados con el recién nacido / Construction of a Conversation Map for Pregnant and Postpartum Women about Newborn Care

RESUMO Introdução: As práticas de educação em saúde com gestantes devem ser estimuladas desde o pré-natal com apoio de materiais educativos que favoreçam os cuidados com o binômio mãe e filho. Dentre as tecnologias educativas destaca-se o mapa de conversação que possibilita a abordagem dialógica por meio de imagens. Objetivo: Apresentar a construção de uma tecnologia educativa do tipo mapa de conversação sobre os cuidados com o recém-nascido para gestantes e puérperas. Métodos: Estudo metodológico realizado em quatro fases: diagnóstico situacional; revisão da literatura; desenvolvimento de textos, ilustrações, diagramação e avaliação do Índice de Facilidade de Leitura de Flesch, entre 2014 e 2015, em uma Unidade de Extensão da Universidade Federal do Ceará. Os textos dispostos nos cartões foram avaliados pelo programa de análise de textos do próprio Microsoft Office Word. Para a análise das informações qualitativas os depoimentos foram agrupados a fim de facilitar a sua codificação. Resultados: O Mapa apresenta quatro cenas que ilustram o modo de vida das mães: 1) sentimentos da gestante 2) cuidados com recém-nascido envolvendo vacinação e triagem neonatal, 3) lavagem das mãos e 4) prevenção da morte súbita do lactente. Neste estudo, estabeleceu-se um Índice de Facilidade de Leitura de Flesch acima de 80 porcento como aceitável o que permitiu classificar a leitura do texto como fácil para a população em geral. O estudo valorizou as experiências e valores das gestantes durante a construção do mapa, condição essencial para o empowerment da comunidade. Conclusões: O mapa de conversação facilita a compreensão das mães acerca dos assuntos abordados, de forma lúdica e pedagógica, contribuindo para a prática adequada destes nos serviços de saúde(AU)

RESUMEN Introducción: Las prácticas de educación en salud con mujeres embarazadas deben ser estimuladas desde la etapa prenatal, con apoyo de materiales educativos que favorezcan los cuidados del binomio madre e hijo. Entre las tecnologías educativas, se destaca el mapa de conversación, que posibilita el abordaje dialógico por medio de imágenes. Objetivo: Presentar la construcción de una tecnología educativa del tipo mapa de conversación sobre los cuidados con el recién nacido para mujeres embarazadas y puérperas. Métodos: Estudio metodológico realizado en cuatro fases: diagnóstico situacional; repaso de la literatura; desarrollo de textos, ilustraciones, diagramación y evaluación del Índice de Facilidad de Lectura de Flesch, entre 2014 y 2015 en una Unidad de Extensión de la Universidad Federal de Ceará. Los textos dispuestos en las tarjetas fueron evaluados por el programa de análisis de textos del propio Microsoft Office Word. Para el análisis de las informaciones cualitativas, los testimonios fueron agrupados a fin de facilitar su codificación. Resultados: El mapa de conversación presenta cuatro grandes escenas que ilustran el modo de vida de las madres del estudio: 1) sentimientos de la gestante al descubrirse embarazada, 2) cuidados con recién nacido que implican la vacunación y el tamizaje neonatal, 3) el lavado de manos y 4) prevención de la muerte súbita del lactante. El Índice de Facilidad de Lectura de Flesch fue por encima de 80 por ciento, lo que evidencia fácil nivel de lectura para la población en general. El estudio valorizó las experiencias y valores de las mujeres embarazadas durante la construcción del mapa de conversación, condición esencial para el empoderamiento. Conclusión: El mapa de conversación facilita la comprensión de las madres acerca de los temas tratados, de manera lúdica y pedagógica, y contribuye para la práctica adecuada de estas en los servicios de salud(AU)

ABSTRACT Introduction: Health education practices developed with pregnant women should be stimulated from the prenatal stage, with the support of educational materials that favor the care of the mother-child binomial. Among the educational technologies, the conversation map stands out, which enables dialogic approach through images. Objective: To build a conversation map for pregnant and postpartum women about newborn care. Methods: Methodological study conducted in four phases: situational diagnosis; literature review; development of texts, illustrations and layout; and evaluation of the Flesch Reading Ease Index, between 2014 and 2015 in an Extension Unit of the Federal University of Ceará. The texts placed on the cards were evaluated by the text analysis program itself Microsoft Office Word. The testimonies were grouped to facilitate coding and develop the analysis of qualitative information. Results: The conversation map presents four great scenes that illustrate the way of life of the mothers in the study: 1) feelings of the pregnant woman when she discovered herself pregnant, 2) care with newborn babies, which involve vaccination and neonatal screening, 3) hand-washing, and 4) prevention of sudden infant death. The Flesch Reading Ease Index was above 80 percent, which shows easy reading level for the general population. The study assessed the experiences and values of pregnant women during the construction of the conversation map, an essential condition for empowerment. Conclusion: The conversation map provides mothers with an understanding of the topics treated in a playful and pedagogical way and, in addition, contributes to the proper practice of health services(AU)