Detalhe da pesquisa
1.
Global Transcriptome Analysis Reveals Distinct Phases of the Endothelial Response to TNF.
J Immunol
; 212(1): 117-129, 2024 01 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38019121
2.
Mutually exclusive genetic interactions and gene essentiality shape the genomic landscape of primary melanoma.
J Pathol
; 259(1): 56-68, 2023 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36219477
3.
GRAND: a database of gene regulatory network models across human conditions.
Nucleic Acids Res
; 50(D1): D610-D621, 2022 01 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34508353
4.
rPanglaoDB: an R package to download and merge labeled single-cell RNA-seq data from the PanglaoDB database.
Bioinformatics
; 38(2): 580-582, 2022 01 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34320637
5.
PUMA: PANDA Using MicroRNA Associations.
Bioinformatics
; 36(18): 4765-4773, 2020 09 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32860050
6.
An online notebook resource for reproducible inference, analysis and publication of gene regulatory networks.
Nat Methods
; 19(5): 511-513, 2022 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35459940
7.
Machine learning analysis of gene expression data reveals novel diagnostic and prognostic biomarkers and identifies therapeutic targets for soft tissue sarcomas.
PLoS Comput Biol
; 15(2): e1006826, 2019 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30785874
8.
Exploring regulation in tissues with eQTL networks.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 114(37): E7841-E7850, 2017 09 12.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28851834
9.
lionessR: single sample network inference in R.
BMC Cancer
; 19(1): 1003, 2019 Oct 25.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31653243
10.
Single-sample network modeling on omics data.
BMC Biol
; 21(1): 296, 2023 12 29.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38155351
11.
Tissue-aware RNA-Seq processing and normalization for heterogeneous and sparse data.
BMC Bioinformatics
; 18(1): 437, 2017 Oct 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28974199
12.
Regulatory network changes between cell lines and their tissues of origin.
BMC Genomics
; 18(1): 723, 2017 Sep 12.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28899340
13.
PyPanda: a Python package for gene regulatory network reconstruction.
Bioinformatics
; 32(21): 3363-3365, 2016 11 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27402905
14.
Expression of the immune regulation antigen CD70 in osteosarcoma.
Cancer Cell Int
; 15: 31, 2015.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-25792975
15.
Population-level comparisons of gene regulatory networks modeled on high-throughput single-cell transcriptomics data.
Nat Comput Sci
; 4(3): 237-250, 2024 Mar.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38438786
16.
Genome-wide analyses on high-grade osteosarcoma: making sense of a genomically most unstable tumor.
Int J Cancer
; 133(11): 2512-21, 2013 Dec 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23436697
17.
IR/IGF1R signaling as potential target for treatment of high-grade osteosarcoma.
BMC Cancer
; 13: 245, 2013 May 20.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23688189
18.
Identification of osteosarcoma driver genes by integrative analysis of copy number and gene expression data.
Genes Chromosomes Cancer
; 51(7): 696-706, 2012 Jul.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-22454324
19.
Heterogeneity in the gene regulatory landscape of leiomyosarcoma.
NAR Cancer
; 5(3): zcad037, 2023 Sep.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37492373
20.
The Network Zoo: a multilingual package for the inference and analysis of gene regulatory networks.
Genome Biol
; 24(1): 45, 2023 03 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36894939