Detalhe da pesquisa
1.
Gene tree and species tree reconciliation with endosymbiotic gene transfer.
Bioinformatics
; 37(Suppl_1): i120-i132, 2021 07 12.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34252921
2.
Indirect identification of horizontal gene transfer.
J Math Biol
; 83(1): 10, 2021 07 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34218334
3.
Comparing copy-number profiles under multi-copy amplifications and deletions.
BMC Genomics
; 21(Suppl 2): 198, 2020 Apr 16.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32299350
4.
A generalized Robinson-Foulds distance for labeled trees.
BMC Genomics
; 21(Suppl 10): 779, 2020 Nov 18.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33208096
5.
Accurate prediction of orthologs in the presence of divergence after duplication.
Bioinformatics
; 34(13): i366-i375, 2018 07 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29950018
6.
Rearrangement moves on rooted phylogenetic networks.
PLoS Comput Biol
; 13(8): e1005611, 2017 Aug.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28763439
7.
Reconstructing a SuperGeneTree minimizing reconciliation.
BMC Bioinformatics
; 16 Suppl 14: S4, 2015.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26451911
8.
Polytomy refinement for the correction of dubious duplications in gene trees.
Bioinformatics
; 30(17): i519-26, 2014 Sep 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-25161242
9.
Orthology and paralogy constraints: satisfiability and consistency.
BMC Genomics
; 15 Suppl 6: S12, 2014.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-25572629
10.
Predicting horizontal gene transfers with perfect transfer networks.
Algorithms Mol Biol
; 19(1): 6, 2024 Feb 06.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38321476
11.
A Fixed-Parameter Tractable Algorithm for Finding Agreement Cherry-Reduced Subnetworks in Level-1 Orchard Networks.
J Comput Biol
; 31(4): 360-379, 2024 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38117611
12.
Gene tree correction guided by orthology.
BMC Bioinformatics
; 14 Suppl 15: S5, 2013.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-24564227
13.
Defining Phylogenetic Network Distances Using Cherry Operations.
IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform
; 20(3): 1654-1666, 2023.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35349447
14.
Relative timing information and orthology in evolutionary scenarios.
Algorithms Mol Biol
; 18(1): 16, 2023 Nov 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37940998
15.
Colorful orthology clustering in bounded-degree similarity graphs.
J Bioinform Comput Biol
; 19(6): 2140010, 2021 12.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34775924
16.
Efficient assembly consensus algorithms for divergent contig sets.
Comput Biol Chem
; 93: 107516, 2021 Aug.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34082320
17.
Reconstruction of time-consistent species trees.
Algorithms Mol Biol
; 15: 16, 2020.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32843891
18.
The distance and median problems in the single-cut-or-join model with single-gene duplications.
Algorithms Mol Biol
; 15: 8, 2020.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32391071
19.
Evolution through segmental duplications and losses: a Super-Reconciliation approach.
Algorithms Mol Biol
; 15: 12, 2020.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32508979
20.
Reconciling multiple genes trees via segmental duplications and losses.
Algorithms Mol Biol
; 14: 7, 2019.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30930955