Detalhe da pesquisa
1.
Improved sequence mapping using a complete reference genome and lift-over.
Nat Methods
; 21(1): 41-49, 2024 Jan.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38036856
2.
Genomic sketching with multiplicities and locality-sensitive hashing using Dashing 2.
Genome Res
; 33(7): 1218-1227, 2023 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37414575
3.
Efficient taxa identification using a pangenome index.
Genome Res
; 33(7): 1069-1077, 2023 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37258301
4.
Cloud computing for genomic data analysis and collaboration.
Nat Rev Genet
; 19(5): 325, 2018 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29430012
5.
Cloud computing for genomic data analysis and collaboration.
Nat Rev Genet
; 19(4): 208-219, 2018 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29379135
6.
Recounting the FANTOM CAGE-Associated Transcriptome.
Genome Res
; 30(7): 1073-1081, 2020 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32079618
7.
A scalable and unbiased discordance metric with H.
Biostatistics
; 2022 Sep 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36063544
8.
Two-stage linked component analysis for joint decomposition of multiple biologically related data sets.
Biostatistics
; 23(4): 1200-1217, 2022 10 14.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35358296
9.
LevioSAM: fast lift-over of variant-aware reference alignments.
Bioinformatics
; 37(22): 4243-4245, 2021 11 18.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34037690
10.
Megadepth: efficient coverage quantification for BigWigs and BAMs.
Bioinformatics
; 37(18): 3014-3016, 2021 09 29.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33693500
11.
Vargas: heuristic-free alignment for assessing linear and graph read aligners.
Bioinformatics
; 36(12): 3712-3718, 2020 06 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32321164
12.
Analyzing whole genome bisulfite sequencing data from highly divergent genotypes.
Nucleic Acids Res
; 47(19): e117, 2019 11 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31392989
13.
Scaling read aligners to hundreds of threads on general-purpose processors.
Bioinformatics
; 35(3): 421-432, 2019 02 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30020410
14.
Integrated Transcriptomic and Proteomic Analysis of Primary Human Umbilical Vein Endothelial Cells.
Proteomics
; 19(15): e1800315, 2019 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30983154
15.
Snaptron: querying splicing patterns across tens of thousands of RNA-seq samples.
Bioinformatics
; 34(1): 114-116, 2018 01 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28968689
16.
Flexible expressed region analysis for RNA-seq with derfinder.
Nucleic Acids Res
; 45(2): e9, 2017 01 25.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27694310
17.
Widespread splicing of repetitive element loci into coding regions of gene transcripts.
Hum Mol Genet
; 25(22): 4962-4982, 2016 11 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28171598
18.
Alignment of Next-Generation Sequencing Reads.
Annu Rev Genomics Hum Genet
; 16: 133-51, 2015.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-25939052
19.
HISAT: a fast spliced aligner with low memory requirements.
Nat Methods
; 12(4): 357-60, 2015 Apr.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-25751142
20.
Rail-RNA: scalable analysis of RNA-seq splicing and coverage.
Bioinformatics
; 33(24): 4033-4040, 2017 Dec 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27592709