Assessing the accuracy of prediction for milk fatty acids by using a small reference population of tropical Holstein cows.

Fatty acids (FA) have been related to effects on human health, sensory quality and shelf life of dairy products, cow's health and methane emission. However, despite their importance, they are not regularly measured in all dairy herds yet, which can affect the accuracy of estimated breeding values (EBV) for these traits. In this case, an alternative is to use genomic selection. Thus, the aim was to assess the use of genomic information in the genetic evaluation for milk traits in a tropical Holstein population. Monthly records (n = 36,457) of milk FA percentage, daily milk yield and quality traits from 4,203 cows as well as the genotypes of 755 of these cows for 57,368 single nucleotide polymorphisms (SNP) were used. Polygenic and genomic-polygenic models were applied for EBV prediction, and both models were compared through the EBV accuracy calculated from the prediction error and Spearman's correlation among EBV rankings. Prediction accuracy was assessed by using cross-validation. In this case, the accuracy was the correlation between the genomic breeding values (GEBV) obtained as the sum of SNP effects and the EBV obtained in the polygenic model in each validation group. For all traits, the use of the genomic-polygenic model did not alter the animals' ranking, with correlations higher than 0.87. Nevertheless, through this model, the accuracy increased from 1.5% to 6.8% compared to the polygenic model. The correlations between GEBV and EBV varied from 0.52 to 0.68. Therefore, the use of a small group of genotyped cows in the genetic evaluation can increase the accuracy of EBV for milk FA and other traditional milk traits.

Dynamic clade transitions and the influence of vaccine rollout on the spatiotemporal circulation of SARS-CoV-2 variants in São Paulo, Brazil.

Since 2021, the emergence of variants of concern (VOC) has led Brazil to experience record numbers of in COVID-19 cases and deaths. The expanded spread of the SARS-CoV-2 combined with a low vaccination rate has contributed to the emergence of new mutations that may enhance viral fitness, leading to the persistence of the disease. Due to limitations in the real-time genomic monitoring of new variants in some Brazilian states, we aimed to investigate whether genomic surveillance, coupled with epidemiological data and SARS-CoV-2 variants spatiotemporal spread in a smaller region, can reflect the pandemic progression at a national level. Our findings revealed three SARS-CoV-2 variant replacements from 2021 to early 2022, corresponding to the introduction and increase in the frequency of Gamma, Delta, and Omicron variants, as indicated by peaks of the Effective Reproductive Number (Reff). These distinct clade replacements triggered two waves of COVID-19 cases, influenced by the increasing vaccine uptake over time. Our results indicated that the effectiveness of vaccination in preventing new cases during the Delta and Omicron circulations was six and eleven times higher, respectively, than during the period when Gamma was predominant, and it was highly efficient in reducing the number of deaths. Furthermore, we demonstrated that genomic monitoring at a local level can reflect the national trends in the spread and evolution of SARS-CoV-2.

Replacement of the Gamma by the Delta variant in Brazil: Impact of lineage displacement on the ongoing pandemic.

The coronavirus disease 2019 (COVID-19) epidemic in Brazil was driven mainly by the spread of Gamma (P.1), a locally emerged variant of concern (VOC) that was first detected in early January 2021. This variant was estimated to be responsible for more than 96 per cent of cases reported between January and June 2021, being associated with increased transmissibility and disease severity, a reduction in neutralization antibodies and effectiveness of treatments or vaccines, and diagnostic detection failure. Here we show that, following several importations predominantly from the USA, the Delta variant rapidly replaced Gamma after July 2021. However, in contrast to what was seen in other countries, the rapid spread of Delta did not lead to a large increase in the number of cases and deaths reported in Brazil. We suggest that this was likely due to the relatively successful early vaccination campaign coupled with natural immunity acquired following prior infection with Gamma. Our data reinforce reports of the increased transmissibility of the Delta variant and, considering the increasing concern due to the recently identified Omicron variant, argues for the necessity to strengthen genomic monitoring on a national level to quickly detect the emergence and spread of other VOCs that might threaten global health.

DNA methylation in canine brains is related to domestication and dog-breed formation.

Epigenetic factors such as DNA methylation act as mediators in the interaction between genome and environment. Variation in the epigenome can both affect phenotype and be inherited, and epigenetics has been suggested to be an important factor in the evolutionary process. During domestication, dogs have evolved an unprecedented between-breed variation in morphology and behavior in an evolutionary short period. In the present study, we explore DNA methylation differences in brain, the most relevant tissue with respect to behavior, between wolf and dog breeds. We optimized a combined method of genotype-by-sequencing (GBS) and methylated DNA immunoprecipitation (MeDIP) for its application in canines. Genomic DNA from the frontal cortex of 38 dogs of 8 breeds and three wolves was used. GBS and GBS-MeDIP libraries were prepared and sequenced on Illuma HiSeq2500 platform. The reduced sample represented 1.18 ± 0.4% of the total dog genome (2,4 billion BP), while the GBS-MeDIP covered 11,250,788 ± 4,042,106 unique base pairs. We find substantial DNA methylation differences between wolf and dog and between the dog breeds. The methylation profiles of the different groups imply that epigenetic factors may have been important in the speciation from dog to wolf, but also in the divergence of different dog breeds. Specifically, we highlight methylation differences in genes related to behavior and morphology. We hypothesize that these differences are involved in the phenotypic variation found among dogs, whereas future studies will have to find the specific mechanisms. Our results not only add an intriguing new dimension to dog breeding but are also useful to further understanding of epigenetic involvement.

Genotypic characterization of microsatellite markers in broiler and layer selected chicken lines and their reciprocal F1s

Chicken experimental populations have been developed worldwide for QTL mapping, but their genotypic characterizations are not usually discussed. The objective of this study was to characterize genotypically two F1 reciprocal generations and their parental lines based on the estimation of genotypic parameters. These F1 generations originated two Brazilian reference populations to map QTL. The evaluated parameters were polymorphic information content (PIC), observed and expected heterozygosities and number of alleles at microsatellite loci on chromosomes 1, 3 and 4. All parental and F1 chickens from both populations were used totalling of 83 chickens: 14 from a broiler (TT) and 14 from a layer line (CC) and 55 from their reciprocal F1 generations. The chicken lines and the resource populations were developed at the National Research Center for Swine and Poultry (EMBRAPA), Brazil. Genotypes from all animals were obtained from 34 loci on chromosomes 1 (13), 3 (12) and 4 (9). Based on the sampling, we found that the two lines exhibited a total of 163 different alleles, of which 31 (31.1%) and 44 (33.0%) alleles were unique in CC and TT lines, respectively, with allelic frequencies ranging from 0.03 to 0.82. The observed heterozygosity was higher (0.68-0.71) in both F1 generations than in their founder lines due to linkage disequilibrium. Finally, the two chicken lines used as founders created two F1 reciprocal generations with high levels of PIC (0.50-0.52) and observed heterozygosity, as well as satisfactory number of alleles per locus (4.06-4.32). Our results will allow to compare and select families with highly informative microsatellite markers for QTL studies, reducing genotyping costs.

Populações experimentais de frangos tem sido desenvolvidas pelo mundo para mapeamento de QTLs, mas a caracterização genotípica delas não é normalmente apresentada. O objetivo deste estudo foi caracterizar genotipicamente duas gerações F1 recíprocas e suas linhagens parentais com base na estimação de parâmetros genotípicos. Estas gerações F1 originaram duas populações brasileiras referências para mapear QTLs. Os parâmetros avaliados foram: conteúdo de informação polimórfica (PIC), heterozigosidades observada e esperada e número de alelos por loco nos cromossomos 1, 3 e 4. Todos os animais parentais e F1 de ambas as populações foram usados, em um total de 83 animais: 14 de uma linhagem de corte (TT) e 14 de uma linhagem de postura (CC), e 55 de suas gerações recíprocas F1. Tanto as linhagens como as populações referências foram desenvolvidas no Centro Nacional de Pesquisa de Suínos e Aves (EMBRAPA), Brasil. Os genótipos de todos os animais foram obtidos a partir de 34 marcadores microssatélites localizados nos cromossomos 1 (13), 3 (12) e 4 (9). Com base na amostragem realizada, as duas linhagens exibiram um total de 163 alelos, dos quais 31 (31,1%) e 44 (33,0%) foram oriundos exclusivamente de CC e TT, respectivamente, com freqüências alélicas que variaram de 0,03 a 0,82. A heterozigosidade observada foi maior (0,68-0,71) em ambas as gerações F1 do que em suas linhagens fundadoras devido ao desequilíbrio de ligação. Finalmente, as duas linhagens parentais possibilitaram a obtenção de gerações recíprocas F1 com valores elevados de PIC (0,50-0,52) e heterozigosidade observada, bem como com um número satisfatório de alelos por loco (4,06-4,32). Estes resultados permitirão comparar e selecionar famílias e marcadores microssatélites mais informativos em estudos de QTLs, reduzindo os custos de genotipagem.

Genotypic characterization of microsatellite markers in broiler and layer selected chicken lines and their reciprocal F1s

Chicken experimental populations have been developed worldwide for QTL mapping, but their genotypic characterizations are not usually discussed. The objective of this study was to characterize genotypically two F1 reciprocal generations and their parental lines based on the estimation of genotypic parameters. These F1 generations originated two Brazilian reference populations to map QTL. The evaluated parameters were polymorphic information content (PIC), observed and expected heterozygosities and number of alleles at microsatellite loci on chromosomes 1, 3 and 4. All parental and F1 chickens from both populations were used totalling of 83 chickens: 14 from a broiler (TT) and 14 from a layer line (CC) and 55 from their reciprocal F1 generations. The chicken lines and the resource populations were developed at the National Research Center for Swine and Poultry (EMBRAPA), Brazil. Genotypes from all animals were obtained from 34 loci on chromosomes 1 (13), 3 (12) and 4 (9). Based on the sampling, we found that the two lines exhibited a total of 163 different alleles, of which 31 (31.1%) and 44 (33.0%) alleles were unique in CC and TT lines, respectively, with allelic frequencies ranging from 0.03 to 0.82. The observed heterozygosity was higher (0.68-0.71) in both F1 generations than in their founder lines due to linkage disequilibrium. Finally, the two chicken lines used as founders created two F1 reciprocal generations with high levels of PIC (0.50-0.52) and observed heterozygosity, as well as satisfactory number of alleles per locus (4.06-4.32). Our results will allow to compare and select families with highly informative microsatellite markers for QTL studies, reducing genotyping costs.

Populações experimentais de frangos tem sido desenvolvidas pelo mundo para mapeamento de QTLs, mas a caracterização genotípica delas não é normalmente apresentada. O objetivo deste estudo foi caracterizar genotipicamente duas gerações F1 recíprocas e suas linhagens parentais com base na estimação de parâmetros genotípicos. Estas gerações F1 originaram duas populações brasileiras referências para mapear QTLs. Os parâmetros avaliados foram: conteúdo de informação polimórfica (PIC), heterozigosidades observada e esperada e número de alelos por loco nos cromossomos 1, 3 e 4. Todos os animais parentais e F1 de ambas as populações foram usados, em um total de 83 animais: 14 de uma linhagem de corte (TT) e 14 de uma linhagem de postura (CC), e 55 de suas gerações recíprocas F1. Tanto as linhagens como as populações referências foram desenvolvidas no Centro Nacional de Pesquisa de Suínos e Aves (EMBRAPA), Brasil. Os genótipos de todos os animais foram obtidos a partir de 34 marcadores microssatélites localizados nos cromossomos 1 (13), 3 (12) e 4 (9). Com base na amostragem realizada, as duas linhagens exibiram um total de 163 alelos, dos quais 31 (31,1%) e 44 (33,0%) foram oriundos exclusivamente de CC e TT, respectivamente, com freqüências alélicas que variaram de 0,03 a 0,82. A heterozigosidade observada foi maior (0,68-0,71) em ambas as gerações F1 do que em suas linhagens fundadoras devido ao desequilíbrio de ligação. Finalmente, as duas linhagens parentais possibilitaram a obtenção de gerações recíprocas F1 com valores elevados de PIC (0,50-0,52) e heterozigosidade observada, bem como com um número satisfatório de alelos por loco (4,06-4,32). Estes resultados permitirão comparar e selecionar famílias e marcadores microssatélites mais informativos em estudos de QTLs, reduzindo os custos de genotipagem.

Investigation of Leptin gene in broiler and layer chicken lines

Leptin, a polypeptide hormone secreted mainly by adipose tissue, plays an important role in feed intake regulation, energy metabolism and reproduction in several species. Its function has been intensively studied in mammals; however, in birds limited information is available. The cDNA sequence for chicken leptin has been reported, and high hepatic expression levels of leptin were associated with fat deposition in selected bird lines. However, controversies still remain concerning to the chicken leptin gene and several authors failed to amplify this gene from genomic DNA or cDNA. In view of this controversy and the importance of this gene, the present study aimed to investigate the leptin gene in a population of birds developed by Embrapa Swine and Poultry Research Center (Brazil). First of all, the sequences of Gallus gallus leptin gene (GenBank AF012727) and Mus musculus (GenBank NM_008493) were aligned with the objective of designing primers in conserved regions among the two species, since 94.6% of similarity is described in the literature in those species. For all four pairs of primers designed, several amplification tests were performed with both DNA and cDNA, but neither unique fragment nor expected band size was ever achieved. The leptin sequence in GenBank does not represent the sequence of the chicken leptin gene.

A leptina, hormônio polipeptídico secretado principalmente pelo tecido adiposo, tem um papel importante na regulação da ingestão de alimentos, metabolismo de energia e reprodução em mamíferos. A função do gene da leptina tem sido intensamente estudada em mamíferos, porém, em aves, ainda é pouco conhecida. O cDNA deste gene foi identificado em galinhas, e a alta expressão hepática e os níveis de leptina no plasma foram associados à alta deposição de gordura presente em linhagens de aves selecionadas. Entretanto, permanecem controvérsias sobre o gene da leptina em galinhas, pois diversos autores não conseguiram amplificar este gene a partir de DNA genômico ou cDNA. Tendo em vista essas controvérsias e a importância desse gene, o presente trabalho teve como objetivo amplificar o gene da leptina numa população de aves desenvolvida pela Embrapa Suínos e Aves (Brasil). Primeiramente, as seqüências do gene da leptina de Gallus gallus (GenBank AF012727) e Mus musculus (GenBank NM_008493) foram alinhadas com o objetivo de desenhar os primers em regiões conservadas nas duas espécies, pois como descrito na literatura, esses genes apresentam 94,6% de similaridade. Para os quatro pares de primers desenhados, foram realizados diversos testes de amplificação utilizando DNA e cDNA, mas não foi obtido um fragmento único ou a banda esperada. A seqüência do gene da leptina depositada no GenBank não representa a seqüência do gene da leptina de galinhas.

Investigation of Leptin gene in broiler and layer chicken lines

Leptin, a polypeptide hormone secreted mainly by adipose tissue, plays an important role in feed intake regulation, energy metabolism and reproduction in several species. Its function has been intensively studied in mammals; however, in birds limited information is available. The cDNA sequence for chicken leptin has been reported, and high hepatic expression levels of leptin were associated with fat deposition in selected bird lines. However, controversies still remain concerning to the chicken leptin gene and several authors failed to amplify this gene from genomic DNA or cDNA. In view of this controversy and the importance of this gene, the present study aimed to investigate the leptin gene in a population of birds developed by Embrapa Swine and Poultry Research Center (Brazil). First of all, the sequences of Gallus gallus leptin gene (GenBank AF012727) and Mus musculus (GenBank NM_008493) were aligned with the objective of designing primers in conserved regions among the two species, since 94.6% of similarity is described in the literature in those species. For all four pairs of primers designed, several amplification tests were performed with both DNA and cDNA, but neither unique fragment nor expected band size was ever achieved. The leptin sequence in GenBank does not represent the sequence of the chicken leptin gene.

A leptina, hormônio polipeptídico secretado principalmente pelo tecido adiposo, tem um papel importante na regulação da ingestão de alimentos, metabolismo de energia e reprodução em mamíferos. A função do gene da leptina tem sido intensamente estudada em mamíferos, porém, em aves, ainda é pouco conhecida. O cDNA deste gene foi identificado em galinhas, e a alta expressão hepática e os níveis de leptina no plasma foram associados à alta deposição de gordura presente em linhagens de aves selecionadas. Entretanto, permanecem controvérsias sobre o gene da leptina em galinhas, pois diversos autores não conseguiram amplificar este gene a partir de DNA genômico ou cDNA. Tendo em vista essas controvérsias e a importância desse gene, o presente trabalho teve como objetivo amplificar o gene da leptina numa população de aves desenvolvida pela Embrapa Suínos e Aves (Brasil). Primeiramente, as seqüências do gene da leptina de Gallus gallus (GenBank AF012727) e Mus musculus (GenBank NM_008493) foram alinhadas com o objetivo de desenhar os primers em regiões conservadas nas duas espécies, pois como descrito na literatura, esses genes apresentam 94,6% de similaridade. Para os quatro pares de primers desenhados, foram realizados diversos testes de amplificação utilizando DNA e cDNA, mas não foi obtido um fragmento único ou a banda esperada. A seqüência do gene da leptina depositada no GenBank não representa a seqüência do gene da leptina de galinhas.

Genetic linkage maps of chicken chromosomes 6, 7, 8, 11 and 13 from a Brazilian resource population

A linkage map is essential not only for quantitative trait loci (QTL) mapping, but also for the organization and location of genes along the chromosomes. The present study is part of a project whose major objective is, besides from construction the linkage maps, the whole genome scan for mapping QTL for performance traits in the Brazilian experimental chicken population. Linkage maps of chicken chromosomes 6 to 8, 11 and 13 were constructed based on this population. The population was developed from two generations of crossbreeding between a broiler and a layer line. Fifty-one microsatellite markers were tested, from which 28 were informative: 4, 8, 7, 4 and 5 for chromosomes 6, 7, 8, 11 and 13, respectively. A SNP located in the leptin receptor gene was included for chromosome 8. Ten parental, 8 F1 and 459 F2 chickens from five full-sib families were genotyped with these markers. The number of total informative meioses per locus varied from 232 to 862, and the number of phase-known informative meioses from 0 to 764. Marker orders in the chromosomes coincided with those of the chicken consensus map, except for markers ADL0147 and MCW0213, on chromosome 13, which were inverted. The reduced number of phase-known informative meioses for ADL0147 (150) may be pointed out as a possible cause for this inversion, apart from the relative short distance between the two markers involved in the inversion (10.5 cM).

O mapa de ligação além de ser fundamental no mapeamento de locos de características quantitativas (QTLs) é importante na organização e localização de genes distribuídos ao longo dos cromossomos. O presente estudo é parte de um trabalho cujo objetivo maior, é a análise de mapeamento de QTLs para características de desempenho no genoma de uma população experimental desenvolvida no Brasil. Com base nesta população foram construídos os mapas de ligação dos cromossomos 6 a 8, 11 e 13 da galinha. A população foi desenvolvida a partir de duas gerações de cruzamentos entre uma linhagem de corte e uma de postura. Foram testados 51 marcadores microssatélites, dos quais 28 foram informativos: 4, 8, 7, 4 e 5 dos cromossomos 6, 7, 8, 11 e 13, respectivamente. Um SNP localizado no gene do receptor da leptina foi incluído no cromossomo 8. Os 10 parentais, 8 F1 e um total de 459 aves F2 de cinco famílias de irmãos completos foram genotipados com estes marcadores. O número de meioses informativas totais por loco variou de 232 a 862 e o de meioses informativas de fase conhecida de 0 a 764. A ordem dos marcadores nos cromossomos coincidiu com a do mapa consenso da galinha, com exceção dos marcadores ADL0147 e MCW0213 do cromossomo 13 que tiveram sua ordem invertida. O número reduzido de meioses informativas de fase conhecida para o marcador ADL0147 (150) pode ser apontado como uma possível causa para a inversão, além da relativa proximidade entre os dois marcadores envolvidos na inversão (10,5 cM).

Genetic linkage maps of chicken chromosomes 6, 7, 8, 11 and 13 from a Brazilian resource population

A linkage map is essential not only for quantitative trait loci (QTL) mapping, but also for the organization and location of genes along the chromosomes. The present study is part of a project whose major objective is, besides from construction the linkage maps, the whole genome scan for mapping QTL for performance traits in the Brazilian experimental chicken population. Linkage maps of chicken chromosomes 6 to 8, 11 and 13 were constructed based on this population. The population was developed from two generations of crossbreeding between a broiler and a layer line. Fifty-one microsatellite markers were tested, from which 28 were informative: 4, 8, 7, 4 and 5 for chromosomes 6, 7, 8, 11 and 13, respectively. A SNP located in the leptin receptor gene was included for chromosome 8. Ten parental, 8 F1 and 459 F2 chickens from five full-sib families were genotyped with these markers. The number of total informative meioses per locus varied from 232 to 862, and the number of phase-known informative meioses from 0 to 764. Marker orders in the chromosomes coincided with those of the chicken consensus map, except for markers ADL0147 and MCW0213, on chromosome 13, which were inverted. The reduced number of phase-known informative meioses for ADL0147 (150) may be pointed out as a possible cause for this inversion, apart from the relative short distance between the two markers involved in the inversion (10.5 cM).

O mapa de ligação além de ser fundamental no mapeamento de locos de características quantitativas (QTLs) é importante na organização e localização de genes distribuídos ao longo dos cromossomos. O presente estudo é parte de um trabalho cujo objetivo maior, é a análise de mapeamento de QTLs para características de desempenho no genoma de uma população experimental desenvolvida no Brasil. Com base nesta população foram construídos os mapas de ligação dos cromossomos 6 a 8, 11 e 13 da galinha. A população foi desenvolvida a partir de duas gerações de cruzamentos entre uma linhagem de corte e uma de postura. Foram testados 51 marcadores microssatélites, dos quais 28 foram informativos: 4, 8, 7, 4 e 5 dos cromossomos 6, 7, 8, 11 e 13, respectivamente. Um SNP localizado no gene do receptor da leptina foi incluído no cromossomo 8. Os 10 parentais, 8 F1 e um total de 459 aves F2 de cinco famílias de irmãos completos foram genotipados com estes marcadores. O número de meioses informativas totais por loco variou de 232 a 862 e o de meioses informativas de fase conhecida de 0 a 764. A ordem dos marcadores nos cromossomos coincidiu com a do mapa consenso da galinha, com exceção dos marcadores ADL0147 e MCW0213 do cromossomo 13 que tiveram sua ordem invertida. O número reduzido de meioses informativas de fase conhecida para o marcador ADL0147 (150) pode ser apontado como uma possível causa para a inversão, além da relativa proximidade entre os dois marcadores envolvidos na inversão (10,5 cM).

Genetic linkage map of chicken chromosome 1 from a Brazilian resource population

A genetic map provides insight into genome organization and chromosomal location of markers and genes, and is important for quantitative trait loci (QTL) mapping. The objective of this study was to use a Brazilian resource population to construct a linkage map for chicken chromosome 1. Eighty microsatellite markers were tested and 26 informative markers were typed in an experimental F2 population developed by two generations of crossbreeding between a broiler sire line and a layer line. A total of 649 F2 individuals from seven full-sib families with about 95 F2 offspring each were genotyped. Multi-locus linkage analysis resulted in a chromosome 1 map of 26 ordered markers. Locus order was in general agreement with other published linkage maps, except for two discrepancies: 1) order of loci MCW10 and MCW208 was reversed in this map relative to the Wageningen linkage map, 2) markers ADL234 and LEI68, that were mapped to the same position in Compton, East Lansing and Wageningen populations, were separated by a distance of 5.9 centimorgans in our population. The higher number of informative meioses from our population could explain these differences. This map is an important first step in our effort to map QTL in the Brazilian chicken resource population, and complements the international consensus map information.

Um mapa genético proporciona o entendimento da organização do genoma e da localização cromossômica de marcadores e genes, e é importante para o mapeamento de locos controladores de características quantitativas (QTL). O objetivo deste estudo foi utilizar uma população brasileira para construir um mapa de ligação do cromossomo 1 da galinha. Oitenta marcadores microssatélites foram testados e 26 marcadores informativos foram genotipados em uma população F2 experimental, desenvolvida em duas gerações de um cruzamento entre uma linha macho de corte e uma linhagem de postura. Foram genotipados um total de 649 indivíduos F2 de sete famílias de irmãos completos com cerca de 95 F2 cada uma. A análise de ligação Multi-locus gerou um mapa do cromossomo 1 com 26 marcadores ordenados. A ordem dos locos foi em geral semelhante àquela de outros mapas de ligação publicados, exceto por duas discrepâncias: 1) a ordem entre os marcadores MCW10 e MCW208 foi invertida no presente mapa quando comparado com o mapa de ligação de Wageningen, 2) Os marcadores ADL234 e LEI68 que foram mapeados na mesma posição nas populações de Compton, East Lansing e Wageningen foram separados por uma distância de 5,9 centimorgans na presente população. O maior número de meioses informativas desta população pode explicar esta diferença. Este mapa é o primeiro passo no esforço de mapear QTL na população brasileira o qual pode também ser usado para complementar a informação do mapa consenso internacional da galinha.

Strategic marker selection to detect quantitative trait loci in chicken

Selective genotyping for a certain trait in individuals with extreme phenotypes contributes sufficient information to determine linkage between molecular markers and quantitative trait loci (QTL). In this experiment an F2 population, developed by crossing males from a broiler line with females from a layer line, was employed to detect QTL on chromosomes 3 and 5. Twenty-eight performance and carcass traits were measured in F2 offspring, and phenotypic correlations between traits were calculated. Body weight at 42 days (BW42) presented the greatest positive correlations with most other traits, with correlation between body weights at 35 and 41 days, weight gain between birth and 35, 41 and 42 days, as well as weights of carcass and some body parts superior to 0.8. One hundred-and-seventy F2 offspring, representing the top (4.5%) and the bottom (4.5%) of a normal distribution curve of BW42, were selected with equal proportions of males and females, and within dam family. Samples were genotyped for 19 informative markers on chromosome 3, and 11 markers on chromosome 5. Marker allelic frequencies of phenotypic groups with high and low BW42 were compared with a chi-square test. Four regions on chromosome 3 and three regions on chromosome 5 had markers that were suggestively associated with BW42 (P 0.10), confirming and expanding previous studies.

A genotipagem seletiva de indivíduos com fenótipos extremos para uma determinada característica contribui com informação suficiente para determinar a ligação entre marcadores moleculares e locos para características quantitativas (QTL). Neste estudo uma população F2, formada a partir do cruzamento de uma linha parental de aves para corte com uma linha de postura foi empregada para obtenção de medidas fenotípicas e genotipagem por marcadores microssatélites, posicionados nos cromossomos 3 e 5. Foram medidas 28 características de desempenho e carcaça e determinada a correlação fenotípica entre elas. A característica peso vivo aos 42 dias (BW42) apresentou maior correlação positiva com a maioria das características, com correlação entre pesos vivos aos 35, 41 dias, ganhos de peso do nascimento aos 35, 41 e 42 dias, e pesos de carcaça e partes superiores a 0,8. Cento e setenta aves F2, representando 4,5% das aves mais leves e 4,5% das mais pesadas para BW42 foram selecionadas dentro de famílias, na mesma proporção de machos e fêmeas e genotipadas para 19 marcadores informativos no cromossomo 3 e 11 no cromossomo 5. As freqüências alélicas dos marcadores nos grupos fenotípicos de alto e baixo BW42 foram comparadas empregando teste de qui-quadrado. Foram identificadas quatro regiões no cromossomo 3 e três regiões no cromossomo 5 sugestivamente ligadas a QTL para BW42 (P 0,10), confirmando e expandindo estudos anteriores de mapeamento de QTL em aves.

Strategic marker selection to detect quantitative trait loci in chicken

Selective genotyping for a certain trait in individuals with extreme phenotypes contributes sufficient information to determine linkage between molecular markers and quantitative trait loci (QTL). In this experiment an F2 population, developed by crossing males from a broiler line with females from a layer line, was employed to detect QTL on chromosomes 3 and 5. Twenty-eight performance and carcass traits were measured in F2 offspring, and phenotypic correlations between traits were calculated. Body weight at 42 days (BW42) presented the greatest positive correlations with most other traits, with correlation between body weights at 35 and 41 days, weight gain between birth and 35, 41 and 42 days, as well as weights of carcass and some body parts superior to 0.8. One hundred-and-seventy F2 offspring, representing the top (4.5%) and the bottom (4.5%) of a normal distribution curve of BW42, were selected with equal proportions of males and females, and within dam family. Samples were genotyped for 19 informative markers on chromosome 3, and 11 markers on chromosome 5. Marker allelic frequencies of phenotypic groups with high and low BW42 were compared with a chi-square test. Four regions on chromosome 3 and three regions on chromosome 5 had markers that were suggestively associated with BW42 (P 0.10), confirming and expanding previous studies.

A genotipagem seletiva de indivíduos com fenótipos extremos para uma determinada característica contribui com informação suficiente para determinar a ligação entre marcadores moleculares e locos para características quantitativas (QTL). Neste estudo uma população F2, formada a partir do cruzamento de uma linha parental de aves para corte com uma linha de postura foi empregada para obtenção de medidas fenotípicas e genotipagem por marcadores microssatélites, posicionados nos cromossomos 3 e 5. Foram medidas 28 características de desempenho e carcaça e determinada a correlação fenotípica entre elas. A característica peso vivo aos 42 dias (BW42) apresentou maior correlação positiva com a maioria das características, com correlação entre pesos vivos aos 35, 41 dias, ganhos de peso do nascimento aos 35, 41 e 42 dias, e pesos de carcaça e partes superiores a 0,8. Cento e setenta aves F2, representando 4,5% das aves mais leves e 4,5% das mais pesadas para BW42 foram selecionadas dentro de famílias, na mesma proporção de machos e fêmeas e genotipadas para 19 marcadores informativos no cromossomo 3 e 11 no cromossomo 5. As freqüências alélicas dos marcadores nos grupos fenotípicos de alto e baixo BW42 foram comparadas empregando teste de qui-quadrado. Foram identificadas quatro regiões no cromossomo 3 e três regiões no cromossomo 5 sugestivamente ligadas a QTL para BW42 (P 0,10), confirmando e expandindo estudos anteriores de mapeamento de QTL em aves.

Genetic linkage map of chicken chromosome 1 from a Brazilian resource population

A genetic map provides insight into genome organization and chromosomal location of markers and genes, and is important for quantitative trait loci (QTL) mapping. The objective of this study was to use a Brazilian resource population to construct a linkage map for chicken chromosome 1. Eighty microsatellite markers were tested and 26 informative markers were typed in an experimental F2 population developed by two generations of crossbreeding between a broiler sire line and a layer line. A total of 649 F2 individuals from seven full-sib families with about 95 F2 offspring each were genotyped. Multi-locus linkage analysis resulted in a chromosome 1 map of 26 ordered markers. Locus order was in general agreement with other published linkage maps, except for two discrepancies: 1) order of loci MCW10 and MCW208 was reversed in this map relative to the Wageningen linkage map, 2) markers ADL234 and LEI68, that were mapped to the same position in Compton, East Lansing and Wageningen populations, were separated by a distance of 5.9 centimorgans in our population. The higher number of informative meioses from our population could explain these differences. This map is an important first step in our effort to map QTL in the Brazilian chicken resource population, and complements the international consensus map information.

Um mapa genético proporciona o entendimento da organização do genoma e da localização cromossômica de marcadores e genes, e é importante para o mapeamento de locos controladores de características quantitativas (QTL). O objetivo deste estudo foi utilizar uma população brasileira para construir um mapa de ligação do cromossomo 1 da galinha. Oitenta marcadores microssatélites foram testados e 26 marcadores informativos foram genotipados em uma população F2 experimental, desenvolvida em duas gerações de um cruzamento entre uma linha macho de corte e uma linhagem de postura. Foram genotipados um total de 649 indivíduos F2 de sete famílias de irmãos completos com cerca de 95 F2 cada uma. A análise de ligação Multi-locus gerou um mapa do cromossomo 1 com 26 marcadores ordenados. A ordem dos locos foi em geral semelhante àquela de outros mapas de ligação publicados, exceto por duas discrepâncias: 1) a ordem entre os marcadores MCW10 e MCW208 foi invertida no presente mapa quando comparado com o mapa de ligação de Wageningen, 2) Os marcadores ADL234 e LEI68 que foram mapeados na mesma posição nas populações de Compton, East Lansing e Wageningen foram separados por uma distância de 5,9 centimorgans na presente população. O maior número de meioses informativas desta população pode explicar esta diferença. Este mapa é o primeiro passo no esforço de mapear QTL na população brasileira o qual pode também ser usado para complementar a informação do mapa consenso internacional da galinha.

Effects of ractopamine and gender on performance and carcass quality of swine with different halothane genotypes / Efeito da ractopamina e do gênero no desempenho e na carcaça de suínos de diferentes genótipos halotano

The objective of this experiment was to evaluate the ractopamine effect on performance and carcass quality of swine carriers of the dominant homozygote and heterozygote halothane genotypes. It were used 24 barrows and 12 gilts, half of each genotype. The experimental design used was a randomized block under a 2x2x2 factorial arrangement comprising two halothane genotypes (dominant homozygote and heterozygote), two rations (one containing 10 ppm of ractopamine and another without ractopamine) and two genders (barrows and gilts). It were evaluated the performance, carcass and the economic viability of the ractopamine use. All the binary interactions evaluated were not significant as there was no difference among the dominant homozygote and heterozygote genotypes on the performance and carcass quality characteristics, except to the variable ration consumption (P 0.05), where the heterozygote swine consumed more. As a result of this experiment it was found that the performance and the carcass characteristics of the swine were not affected by the presence of the halothane genotypes and by the addition of ractopamine to the ration.

Com o objetivo de avaliar o efeito da ractopamina sobre o desempenho e a qualidade da carcaça de suínos dos genótipos halotano homozigoto dominante e heterozigoto, 24 machos castrados e 12 fêmeas, sendo metade de cada genótipo, foram submetidos aos tratamentos. O delineamento experimental utilizado foi em blocos casualizados em arranjo fatorial 2x2x 2, sendo dois genótipos halotano (homozigoto dominante e heterozigoto), duas rações (controle sem adição de ractopamina e com 10 ppm de ractopamina) e dois gênero (machos castrados e fêmeas). Avaliou-se o desempenho, a carcaça e a viabilidade econômica do uso da ractopamina. Todas as interações binárias avaliadas não foram significativas como também não houve diferença entre genótipos homozigoto dominante e heterozigotos para as características de desempenho e de qualidade da carcaça, exceto para a variável consumo de ração (p 0,05), onde os suínos heterozigotos consumiram mais ração. Não foram observados efeitos para o fator ractopamina para todas as variáveis avaliadas. Conclui que o desempenho e as características de carcaça suína não foram afetados pelo genótipo halotano e pela adição de ractopamina na ração.

Effects of ractopamine and gender on performance and carcass quality of swine with different halothane genotypes / Efeito da ractopamina e do gênero no desempenho e na carcaça de suínos de diferentes genótipos halotano

The objective of this experiment was to evaluate the ractopamine effect on performance and carcass quality of swine carriers of the dominant homozygote and heterozygote halothane genotypes. It were used 24 barrows and 12 gilts, half of each genotype. The experimental design used was a randomized block under a 2x2x2 factorial arrangement comprising two halothane genotypes (dominant homozygote and heterozygote), two rations (one containing 10 ppm of ractopamine and another without ractopamine) and two genders (barrows and gilts). It were evaluated the performance, carcass and the economic viability of the ractopamine use. All the binary interactions evaluated were not significant as there was no difference among the dominant homozygote and heterozygote genotypes on the performance and carcass quality characteristics, except to the variable ration consumption (P 0.05), where the heterozygote swine consumed more. As a result of this experiment it was found that the performance and the carcass characteristics of the swine were not affected by the presence of the halothane genotypes and by the addition of ractopamine to the ration.

Com o objetivo de avaliar o efeito da ractopamina sobre o desempenho e a qualidade da carcaça de suínos dos genótipos halotano homozigoto dominante e heterozigoto, 24 machos castrados e 12 fêmeas, sendo metade de cada genótipo, foram submetidos aos tratamentos. O delineamento experimental utilizado foi em blocos casualizados em arranjo fatorial 2x2x 2, sendo dois genótipos halotano (homozigoto dominante e heterozigoto), duas rações (controle sem adição de ractopamina e com 10 ppm de ractopamina) e dois gênero (machos castrados e fêmeas). Avaliou-se o desempenho, a carcaça e a viabilidade econômica do uso da ractopamina. Todas as interações binárias avaliadas não foram significativas como também não houve diferença entre genótipos homozigoto dominante e heterozigotos para as características de desempenho e de qualidade da carcaça, exceto para a variável consumo de ração (p 0,05), onde os suínos heterozigotos consumiram mais ração. Não foram observados efeitos para o fator ractopamina para todas as variáveis avaliadas. Conclui que o desempenho e as características de carcaça suína não foram afetados pelo genótipo halotano e pela adição de ractopamina na ração.