Detalhe da pesquisa
1.
RNA folding pathways from all-atom simulations with a variationally improved history-dependent bias.
Biophys J
; 122(15): 3089-3098, 2023 08 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37355771
2.
Nonequilibrium Thermodynamics of DNA Nanopore Unzipping.
Phys Rev Lett
; 130(4): 048101, 2023 Jan 27.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36763417
3.
Structure and elasticity of model disordered, polydisperse, and defect-free polymer networks.
J Chem Phys
; 158(7): 074905, 2023 Feb 21.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36813705
4.
essHi-C: essential component analysis of Hi-C matrices.
Bioinformatics
; 37(15): 2088-2094, 2021 Aug 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33523102
5.
Density-tunable pathway complexity in a minimalistic self-assembly model.
Soft Matter
; 18(42): 8106-8116, 2022 Nov 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36239129
6.
Polymer Physics by Quantum Computing.
Phys Rev Lett
; 127(8): 080501, 2021 Aug 20.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34477421
7.
Transcriptional supercoiling boosts topoisomerase II-mediated knotting of intracellular DNA.
Nucleic Acids Res
; 47(13): 6946-6955, 2019 07 26.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31165864
8.
Opinion: Protein folds vs. protein folding: Differing questions, different challenges.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 120(1): e2214423119, 2023 01 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36580595
9.
Dynamics of supercoiled DNA with complex knots: large-scale rearrangements and persistent multi-strand interlocking.
Nucleic Acids Res
; 46(15): 7533-7541, 2018 09 06.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29931074
10.
Pore translocation of knotted DNA rings.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 114(15): E2991-E2997, 2017 04 11.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28351979
11.
Patterns of coevolving amino acids unveil structural and dynamical domains.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 114(50): E10612-E10621, 2017 12 12.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29183970
12.
TacoxDNA: A user-friendly web server for simulations of complex DNA structures, from single strands to origami.
J Comput Chem
; 40(29): 2586-2595, 2019 11 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31301183
13.
Spatial confinement induces hairpins in nicked circular DNA.
Nucleic Acids Res
; 45(8): 4905-4914, 2017 05 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28201616
14.
Unifying view of mechanical and functional hotspots across class A GPCRs.
PLoS Comput Biol
; 13(2): e1005381, 2017 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28158180
15.
KymoKnot: A web server and software package to identify and locate knots in trajectories of linear or circular polymers.
Eur Phys J E Soft Matter
; 41(6): 72, 2018 Jun 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29884956
16.
Absence of knots in known RNA structures.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 112(7): 2052-7, 2015 Feb 17.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-25646433
17.
Non-monotonic knotting probability and knot length of semiflexible rings: the competing roles of entropy and bending energy.
Soft Matter
; 13(23): 4260-4267, 2017 Jun 14.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28573303
18.
Sorting ring polymers by knot type with modulated nanochannels.
Soft Matter
; 13(4): 795-802, 2017 Jan 25.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28058437
19.
Elastic network models for RNA: a comparative assessment with molecular dynamics and SHAPE experiments.
Nucleic Acids Res
; 43(15): 7260-9, 2015 Sep 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26187990
20.
Tuning knot abundance in semiflexible chains with crowders of different sizes: a Monte Carlo study of DNA chains.
Soft Matter
; 12(32): 6708-15, 2016 Aug 10.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27443238