Detalhe da pesquisa
1.
Actionable Cytopathogenic Host Responses of Human Alveolar Type 2 Cells to SARS-CoV-2.
Mol Cell
; 80(6): 1104-1122.e9, 2020 12 17.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33259812
2.
MHC-Fine: Fine-tuned AlphaFold for Precise MHC-Peptide Complex Prediction.
Biophys J
; 2024 May 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38751115
3.
Actionable Cytopathogenic Host Responses of Human Alveolar Type 2 Cells to SARS-CoV-2.
Mol Cell
; 81(1): 212, 2021 Jan 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33417854
4.
Accurate ligand-protein docking in CASP15 using the ClusPro LigTBM server.
Proteins
; 91(12): 1822-1828, 2023 Dec.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37697630
5.
Assessing the binding properties of CASP14 targets and models.
Proteins
; 89(12): 1922-1939, 2021 12.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34368994
6.
Prediction of protein assemblies, the next frontier: The CASP14-CAPRI experiment.
Proteins
; 89(12): 1800-1823, 2021 12.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34453465
7.
Opinion: Protein folds vs. protein folding: Differing questions, different challenges.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 120(1): e2214423119, 2023 01 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36580595
8.
Modeling beta-sheet peptide-protein interactions: Rosetta FlexPepDock in CAPRI rounds 38-45.
Proteins
; 88(8): 1037-1049, 2020 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31891416
9.
ClusPro in rounds 38 to 45 of CAPRI: Toward combining template-based methods with free docking.
Proteins
; 88(8): 1082-1090, 2020 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32142178
10.
Sampling and refinement protocols for template-based macrocycle docking: 2018 D3R Grand Challenge 4.
J Comput Aided Mol Des
; 34(2): 179-189, 2020 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31879831
11.
Template-based modeling by ClusPro in CASP13 and the potential for using co-evolutionary information in docking.
Proteins
; 87(12): 1241-1248, 2019 12.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31444975
12.
Blind prediction of homo- and hetero-protein complexes: The CASP13-CAPRI experiment.
Proteins
; 87(12): 1200-1221, 2019 12.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31612567
13.
Monte Carlo on the manifold and MD refinement for binding pose prediction of protein-ligand complexes: 2017 D3R Grand Challenge.
J Comput Aided Mol Des
; 33(1): 119-127, 2019 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30421350
14.
Protein-protein docking by fast generalized Fourier transforms on 5D rotational manifolds.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 113(30): E4286-93, 2016 07 26.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27412858
15.
Protein-ligand docking using FFT based sampling: D3R case study.
J Comput Aided Mol Des
; 32(1): 225-230, 2018 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29101520
16.
MHC-Fine: Fine-tuned AlphaFold for Precise MHC-Peptide Complex Prediction.
bioRxiv
; 2023 Dec 14.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38077000
17.
Parallelized multidimensional analytic framework applied to mammary epithelial cells uncovers regulatory principles in EMT.
Nat Commun
; 14(1): 688, 2023 02 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36755019
18.
Side-chain Packing Using SE(3)-Transformer.
Pac Symp Biocomput
; 27: 46-55, 2022.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34890135
19.
Elucidation of protein function using computational docking and hotspot analysis by ClusPro and FTMap.
Acta Crystallogr D Struct Biol
; 78(Pt 6): 690-697, 2022 Jun 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35647916
20.
Scalable multiplex co-fractionation/mass spectrometry platform for accelerated protein interactome discovery.
Nat Commun
; 13(1): 4043, 2022 07 13.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35831314