Detalhe da pesquisa
1.
RNA in situ conformation sequencing reveals novel long-range RNA structures with impact on splicing.
RNA
; 29(9): 1423-1436, 2023 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37295923
2.
Tissue-specific regulation of gene expression via unproductive splicing.
Nucleic Acids Res
; 51(7): 3055-3066, 2023 04 24.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36912101
3.
A limited set of transcriptional programs define major cell types.
Genome Res
; 30(7): 1047-1059, 2020 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32759341
4.
Multiple competing RNA structures dynamically control alternative splicing in the human ATE1 gene.
Nucleic Acids Res
; 49(1): 479-490, 2021 01 11.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33330934
5.
An extended catalogue of tandem alternative splice sites in human tissue transcriptomes.
PLoS Comput Biol
; 17(4): e1008329, 2021 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33826604
6.
A comparative encyclopedia of DNA elements in the mouse genome.
Nature
; 515(7527): 355-64, 2014 Nov 20.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-25409824
7.
IRBIS: a systematic search for conserved complementarity.
RNA
; 20(10): 1519-31, 2014 Oct.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-25142064
8.
Evidence for widespread association of mammalian splicing and conserved long-range RNA structures.
RNA
; 18(1): 1-15, 2012 Jan.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-22128342
9.
Intron-centric estimation of alternative splicing from RNA-seq data.
Bioinformatics
; 29(2): 273-4, 2013 Jan 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23172860
10.
BRD2 and BRD3 genes independently evolved RNA structures to control unproductive splicing.
NAR Genom Bioinform
; 6(1): lqad113, 2024 Mar.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38226395
11.
Transcriptome sequencing suggests that pre-mRNA splicing counteracts widespread intronic cleavage and polyadenylation.
NAR Genom Bioinform
; 5(2): lqad051, 2023 Jun.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37260513
12.
Transcriptome analysis reveals high tumor heterogeneity with respect to re-activation of stemness and proliferation programs.
PLoS One
; 17(5): e0268626, 2022.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35587924
13.
Modulation of alternative splicing by long-range RNA structures in Drosophila.
Nucleic Acids Res
; 37(14): 4533-44, 2009 Aug.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-19465384
14.
Circular exonic RNAs: When RNA structure meets topology.
Biochim Biophys Acta Gene Regul Mech
; 1862(11-12): 194384, 2019.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31102674
15.
Towards Long-Range RNA Structure Prediction in Eukaryotic Genes.
Genes (Basel)
; 9(6)2018 Jun 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29914113
16.
An Evolutionary Mechanism for the Generation of Competing RNA Structures Associated with Mutually Exclusive Exons.
Genes (Basel)
; 9(7)2018 Jul 17.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30018239
17.
Engineered riboregulators enable post-transcriptional control of gene expression.
Nat Biotechnol
; 22(7): 841-7, 2004 Jul.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-15208640
18.
RNAKinetics: a web server that models secondary structure kinetics of an elongating RNA.
J Bioinform Comput Biol
; 4(2): 589-96, 2006 Apr.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-16819804
19.
On the normalization of RNA equilibrium free energy to the length of the sequence.
Nucleic Acids Res
; 31(9): e49, 2003 May 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-12711694
20.
Gene-specific patterns of expression variation across organs and species.
Genome Biol
; 17(1): 151, 2016 07 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27391956