Detalhe da pesquisa
1.
Systematic assessment of long-read RNA-seq methods for transcript identification and quantification.
Nat Methods
; 2024 Jun 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38849569
2.
Integration of high-resolution promoter profiling assays reveals novel, cell type-specific transcription start sites across 115 human cell and tissue types.
Genome Res
; 32(2): 389-402, 2022 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34949670
3.
Swan: a library for the analysis and visualization of long-read transcriptomes.
Bioinformatics
; 37(9): 1322-1323, 2021 06 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32991665
4.
Exon size and sequence conservation improves identification of splice-altering nucleotides.
RNA
; 25(12): 1793-1805, 2019 12.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31554659
5.
Identification of robust cellular programs using reproducible LDA that impact sex-specific disease progression in different genotypes of a mouse model of AD.
bioRxiv
; 2024 Feb 29.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38464087
6.
Relapse to cocaine seeking is regulated by medial habenula NR4A2/NURR1 in mice.
Cell Rep
; 43(3): 113956, 2024 Mar 26.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38489267
7.
hdWGCNA identifies co-expression networks in high-dimensional transcriptomics data.
Cell Rep Methods
; 3(6): 100498, 2023 06 26.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37426759
8.
L-GIREMI uncovers RNA editing sites in long-read RNA-seq.
Genome Biol
; 24(1): 171, 2023 07 20.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37474948
9.
Long-read sequencing and profiling of RNA-binding proteins reveals the pathogenic mechanism of aberrant splicing of an SCN1A poison exon in epilepsy.
bioRxiv
; 2023 May 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37205386
10.
Spatial and single-nucleus transcriptomic analysis of genetic and sporadic forms of Alzheimer's Disease.
bioRxiv
; 2023 Jul 26.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37546983
11.
The ENCODE Uniform Analysis Pipelines.
Res Sq
; 2023 Jul 19.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37503119
12.
The ENCODE Uniform Analysis Pipelines.
bioRxiv
; 2023 Apr 06.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37066421
13.
Systematic assessment of long-read RNA-seq methods for transcript identification and quantification.
bioRxiv
; 2023 Jul 27.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37546854
14.
The ENCODE4 long-read RNA-seq collection reveals distinct classes of transcript structure diversity.
bioRxiv
; 2023 May 16.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37292896
15.
Mapping and modeling the genomic basis of differential RNA isoform expression at single-cell resolution with LR-Split-seq.
Genome Biol
; 22(1): 286, 2021 10 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34620214