Detalhe da pesquisa
1.
AlphaFold predictions are valuable hypotheses and accelerate but do not replace experimental structure determination.
Nat Methods
; 21(1): 110-116, 2024 Jan.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38036854
2.
Improved AlphaFold modeling with implicit experimental information.
Nat Methods
; 19(11): 1376-1382, 2022 11.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36266465
3.
Cryo-EM model validation recommendations based on outcomes of the 2019 EMDataResource challenge.
Nat Methods
; 18(2): 156-164, 2021 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33542514
5.
Improving SARS-CoV-2 structures: Peer review by early coordinate release.
Biophys J
; 120(6): 1085-1096, 2021 03 16.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33460600
6.
Assessment of detailed conformations suggests strategies for improving cryoEM models: Helix at lower resolution, ensembles, pre-refinement fixups, and validation at multi-residue length scale.
J Struct Biol
; 204(2): 301-312, 2018 11.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30107233
7.
A new way to see RNAs.
Nat Methods
; 17(7): 663-664, 2020 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32616927
8.
New insights into Hoogsteen base pairs in DNA duplexes from a structure-based survey.
Nucleic Acids Res
; 43(7): 3420-33, 2015 Apr 20.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-25813047
9.
Molprobity's ultimate rotamer-library distributions for model validation.
Proteins
; 84(9): 1177-89, 2016 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27018641
10.
New tools provide a second look at HDV ribozyme structure, dynamics and cleavage.
Nucleic Acids Res
; 42(20): 12833-46, 2014 Nov 10.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-25326328
11.
Biophysical highlights from 54 years of macromolecular crystallography.
Biophys J
; 106(3): 510-25, 2014 Feb 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-24507592
12.
Automated identification of elemental ions in macromolecular crystal structures.
Acta Crystallogr D Biol Crystallogr
; 70(Pt 4): 1104-14, 2014 Apr.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-24699654
13.
Community recommendations on cryoEM data archiving and validation: Outcomes of a wwPDB/EMDB workshop on cryoEM data management, deposition and validation.
ArXiv
; 2024 Feb 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38076521
14.
Community recommendations on cryoEM data archiving and validation.
IUCrJ
; 11(Pt 2): 140-151, 2024 Mar 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38358351
15.
Outcomes of the EMDataResource Cryo-EM Ligand Modeling Challenge.
Res Sq
; 2024 Jan 25.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38343795
16.
Studying and polishing the PDB's macromolecules.
Biopolymers
; 99(3): 170-82, 2013 Mar.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23023928
17.
The role of local backrub motions in evolved and designed mutations.
PLoS Comput Biol
; 8(8): e1002629, 2012.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-22876172
18.
The bad and the good of trends in model building and refinement for sparse-data regions: pernicious forms of overfitting versus good new tools and predictions.
Acta Crystallogr D Struct Biol
; 79(Pt 12): 1071-1078, 2023 Dec 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37921807
19.
Accelerating crystal structure determination with iterative AlphaFold prediction.
Acta Crystallogr D Struct Biol
; 79(Pt 3): 234-244, 2023 Mar 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36876433
20.
Use of knowledge-based restraints in phenix.refine to improve macromolecular refinement at low resolution.
Acta Crystallogr D Biol Crystallogr
; 68(Pt 4): 381-90, 2012 Apr.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-22505258