Detalhe da pesquisa
1.
PPIDomainMiner: Inferring domain-domain interactions from multiple sources of protein-protein interactions.
PLoS Comput Biol
; 17(8): e1008844, 2021 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34370723
2.
PDB-wide identification of biological assemblies from conserved quaternary structure geometry.
Nat Methods
; 15(1): 67-72, 2018 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29155427
3.
GrAPFI: predicting enzymatic function of proteins from domain similarity graphs.
BMC Bioinformatics
; 21(1): 168, 2020 Apr 29.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32349654
4.
Using restraints in EROS-DOCK improves model quality in pairwise and multicomponent protein docking.
Proteins
; 88(8): 1121-1128, 2020 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32506478
5.
EROS-DOCK: protein-protein docking using exhaustive branch-and-bound rotational search.
Bioinformatics
; 35(23): 5003-5010, 2019 12 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31125060
6.
Protein-protein docking by fast generalized Fourier transforms on 5D rotational manifolds.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 113(30): E4286-93, 2016 07 26.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27412858
7.
Computational discovery of direct associations between GO terms and protein domains.
BMC Bioinformatics
; 19(Suppl 14): 413, 2018 Nov 20.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30453875
8.
ECDomainMiner: discovering hidden associations between enzyme commission numbers and Pfam domains.
BMC Bioinformatics
; 18(1): 107, 2017 Feb 13.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28193156
9.
Modeling and minimizing CAPRI round 30 symmetrical protein complexes from CASP-11 structural models.
Proteins
; 85(3): 463-469, 2017 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27701764
10.
Calculating and scoring high quality multiple flexible protein structure alignments.
Bioinformatics
; 32(17): 2650-8, 2016 09 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27187202
11.
PEPSI-Dock: a detailed data-driven protein-protein interaction potential accelerated by polar Fourier correlation.
Bioinformatics
; 32(17): i693-i701, 2016 09 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27587691
12.
Prediction of homoprotein and heteroprotein complexes by protein docking and template-based modeling: A CASP-CAPRI experiment.
Proteins
; 84 Suppl 1: 323-48, 2016 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27122118
13.
KBDOCK 2013: a spatial classification of 3D protein domain family interactions.
Nucleic Acids Res
; 42(Database issue): D389-95, 2014 Jan.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-24271397
14.
GESSE: Predicting Drug Side Effects from Drug-Target Relationships.
J Chem Inf Model
; 55(9): 1804-23, 2015 Sep 28.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26251970
15.
DockTrina: docking triangular protein trimers.
Proteins
; 82(1): 34-44, 2014 Jan.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23775700
16.
Blind prediction of interfacial water positions in CAPRI.
Proteins
; 82(4): 620-32, 2014 Apr.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-24155158
17.
GES polypharmacology fingerprints: a novel approach for drug repositioning.
J Chem Inf Model
; 54(3): 720-34, 2014 Mar 24.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-24494653
18.
gEMfitter: a highly parallel FFT-based 3D density fitting tool with GPU texture memory acceleration.
J Struct Biol
; 184(2): 348-54, 2013 Nov.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-24060989
19.
Protein docking using case-based reasoning.
Proteins
; 81(12): 2150-8, 2013 Dec.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-24123156
20.
gEMpicker: a highly parallel GPU-accelerated particle picking tool for cryo-electron microscopy.
BMC Struct Biol
; 13: 25, 2013 Oct 21.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-24144335