RESUMO
Trypanosoma vivax foi descrito por Zieman, (1905) do sub-gênero Dutonella, família Trypanosomatidae, é um protozoário patogênico causador de tripanossomose na África e na América Latina. Infecta bovinos, ovinos e outros mamíferos silvestres, não infecta o homem e equinos. Os principais sinais clínicos são: anemia, perda de apetite, efeitos na fertilidade, no sistema nervoso central, aborto e até á morte. Transmitido pela mosca tsétsé e tabanídeos, causa grandes perdas econômicas na pecuária. No Brasil, surtos tem sido relatados em Belém- PA, Calçoene-AP, no Pantanal (MS e MT) e Catolé da Rocha-PB. Apesar do impacto econômico relevante e importância médico-veterinária, há pouco conhecimento sobre sua biologia e genoma. Um fator limitante é a dificuldade de cultivo in vivo e in vitro. Com o intuito de obter informações sobre quais genes estão sendo transcritos e realizar uma análise comparativa com a cepa africana Y486, foram sequenciados mais de 4208 clones de cDNAs de um isolado do Pantanal-Brasil VTA-01 de T. vivax e 768 clones genômicos da cepa africanaY486.
As sequências foram armazenadas e analisadas no sistema STINGRAY (http://stingray.biowebdb.org/). Após remoção das sequências de baixa qualidade e agrupamento foram analisadas 2557 ESTs e 81 GSSs, com tamanho médio de 497 pb e 500 pb e conteúdo G+C de 43 por cento e 55 por cento, respectivamente. Após pesquisa de similaridade usando diferentes programas como BLAST, RPS-Blast, InterProScan e HMMER, 77 por cento (1746/2638) apresentaram hit. Os principais domínios encontrados foram NADH, RhoA, Rac1 GTPases e Drf_FH1. Usando o programa RepeatMasker foram encontrados as repetições (CA)n, (GA)n e (TA)n e os retrotransposons SINE e LINE. Um total de 217 ESTs espécie-específicas para T. vivax foram identificadas e apresentaram preferencialmente A ou T na terceira posição do codon nas regiões codificantes (CDSs). Destas 88 por cento (191/217) possuem índice RCBS 0,5, com alto nível de expressão e 12 por cento (26/217) RCBS menor 0,5 com baixo nível de expressão. Os genes altamente expressos foram associados com vias de duplicação do DNA, transcrição, tradução, organização celular e formação de actina no citoesqueleto. A localização de domínios G-quadruplex foram encontrados tanto dentro quanto fora da CDS e próximas as extremidades 5 e 3 das CDSs e dos ESTs. Nas análises comparativas, a proteína extensina está presente no isolado VTA-01 e cepa Y486 de T. vivax. Aproximadamente 83 por cento das ESTs validaram sequências do projeto genoma de T. vivax. As informações geradas neste projeto irão contribuir para um melhor conhecimento sobre a biologia deste parasita.
Assuntos
Trypanosoma vivax , RNA Polimerases Dirigidas por DNA , GenomaRESUMO
Trypanosoma vivax foi descrito por Zieman, (1905) do sub-gênero Dutonella, família Trypanosomatidae, é um protozoário patogênico causador de tripanossomose na África e na América Latina. Infecta bovinos, ovinos e outros mamíferos silvestres, não infecta o homem e equinos. Os principais sinais clínicos são: anemia, perda de apetite, efeitos na fertilidade, no sistema nervoso central, aborto e até á morte. Transmitido pela mosca tsétsé e tabanídeos, causa grandes perdas econômicas na pecuária. No Brasil, surtos tem sido relatados em Belém- PA, Calçoene-AP, no Pantanal (MS e MT) e Catolé da Rocha-PB. Apesar do impacto econômico relevante e importância médico-veterinária, há pouco conhecimento sobre sua biologia e genoma. Um fator limitante é a dificuldade de cultivo in vivo e in vitro. Com o intuito de obter informações sobre quais genes estão sendo transcritos e realizar uma análise comparativa com a cepa africana Y486, foram sequenciados mais de 4208 clones de cDNAs de um isolado do Pantanal-Brasil VTA-01 de T. vivax e 768 clones genômicos da cepa africana Y486. As sequências foram armazenadas e analisadas no sistema STINGRAY (http://stingray.biowebdb.org/). Após remoção das sequências de baixa qualidade e agrupamento foram analisadas 2557 ESTs e 81 GSSs, com tamanho médio de 497 pb e 500 pb e conteúdo G+C de 43% e 55%, respectivamente. Após pesquisa de similaridade usando diferentes programas como BLAST, RPS-Blast, InterProScan e HMMER, 77% (1746/2638) apresentaram hit. Os principais domínios encontrados foram NADH, RhoA, Rac1 GTPases e Drf_FH1. Usando o programa RepeatMasker foram encontrados as repetições (CA)n, (GA)n e (TA)n e os retrotransposons SINE e LINE. Um total de 217 ESTs espécie-específicas para T. vivax foram identificadas e apresentaram preferencialmente A ou T na terceira posição do codon nas regiões codificantes (CDSs). Destas 88% (191/217) possuem índice RCBS 0,5, com alto nível de expressão e 12% (26/217) RCBS menor 0,5 com baixo nível de expressão. Os genes altamente expressos foram associados com vias de duplicação do DNA, transcrição, tradução, organização celular e formação de actina no citoesqueleto. A localização de domínios G-quadruplex foram encontrados tanto dentro quanto fora da CDS e próximas as extremidades 5 e 3 das CDSs e dos ESTs. Nas análises comparativas, a proteína extensina está presente no isolado VTA-01 e cepa Y486 de T. vivax. Aproximadamente 83% das ESTs validaram sequências do projeto genoma de T. vivax. As informações geradas neste projeto irão contribuir para um melhor conhecimento sobre a biologia deste parasita.