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Nature ; 499(7457): 178-83, 2013 Jul 11.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-23823726

RESUMO

We have taken the first steps towards a complete reconstruction of the Mycobacterium tuberculosis regulatory network based on ChIP-Seq and combined this reconstruction with system-wide profiling of messenger RNAs, proteins, metabolites and lipids during hypoxia and re-aeration. Adaptations to hypoxia are thought to have a prominent role in M. tuberculosis pathogenesis. Using ChIP-Seq combined with expression data from the induction of the same factors, we have reconstructed a draft regulatory network based on 50 transcription factors. This network model revealed a direct interconnection between the hypoxic response, lipid catabolism, lipid anabolism and the production of cell wall lipids. As a validation of this model, in response to oxygen availability we observe substantial alterations in lipid content and changes in gene expression and metabolites in corresponding metabolic pathways. The regulatory network reveals transcription factors underlying these changes, allows us to computationally predict expression changes, and indicates that Rv0081 is a regulatory hub.


Assuntos
Redes Reguladoras de Genes , Hipóxia/genética , Redes e Vias Metabólicas/genética , Mycobacterium tuberculosis/genética , Mycobacterium tuberculosis/metabolismo , Adaptação Fisiológica , Proteínas de Bactérias/genética , Proteínas de Bactérias/metabolismo , Sítios de Ligação , Imunoprecipitação da Cromatina , Perfilação da Expressão Gênica , Redes Reguladoras de Genes/genética , Genômica , Hipóxia/metabolismo , Metabolismo dos Lipídeos/genética , Modelos Biológicos , Mycobacterium tuberculosis/efeitos dos fármacos , Mycobacterium tuberculosis/fisiologia , Oxigênio/farmacologia , Proteólise , RNA Mensageiro/genética , RNA Mensageiro/metabolismo , Reprodutibilidade dos Testes , Análise de Sequência de DNA , Fatores de Transcrição/genética , Fatores de Transcrição/metabolismo , Tuberculose/metabolismo , Tuberculose/microbiologia
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