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A Multiplex Nanopore Sequencing Approach for the Detection of Multiple Arboviral Species.
Xavier, Joilson; Fonseca, Vagner; Adelino, Talita; Iani, Felipe C M; Pereira, Glauco C; Duarte, Myrian M; Lima, Mauricio; Castro, Emerson; Oliveira, Carla; Fritsch, Hegger; Guimarães, Natalia; Lamounier, Ludmila O; Barreto, Fernanda Khouri; Braga de Oliveira, Camilo M M; Maymone Gonçalves, Crhistinne C; Malta Lima, Danielle; de Oliveira, Elaine C; de Castro Lichs, Gislene G; Gomes, Iago; Mazaro, Janaina; Rodrigues, Janete T N; Abrantes, Jayra; Colares, Jeová K B; Luz, Kleber G; Barbosa da Silva, Luana; Demarchi, Luiz; Câmara, Magaly C B; Umaki Zardin, Marina C S; Sabatini Mello Pinheiro, Rafaela; Barbosa Souza, Rutilene; Haddad, Simone K; Figueiredo da Silva, Stephanni; Slavov, Svetoslav N; Rocha, Themis; Morel, Noelia; Chiparelli, Hector; Burgueño, Analía; Bórmida, Victoria; Cortinas, María N; Martín, Rosario S; Pereira, Allan C; Dos Santos, Marcelo F; André Júnior, Walter; Mendez Rico, Jairo; Franco, Leticia; Rosewell, Alexander; do Carmo Said, Rodrigo F; de Albuquerque, Carlos F C; Noia Maciel, Ethel L; Santini de Oliveira, Marília.
Afiliação
  • Xavier J; Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
  • Fonseca V; Organização Pan-Americana da Saúde, Organização Mundial da Saúde, Brasília 70800-400, Brazil.
  • Adelino T; Laboratorio Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte 30510-010, Brazil.
  • Iani FCM; Laboratorio Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte 30510-010, Brazil.
  • Pereira GC; Laboratorio Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte 30510-010, Brazil.
  • Duarte MM; Laboratorio Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte 30510-010, Brazil.
  • Lima M; Instituto Rene Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Belo Horizonte 30190-002, Brazil.
  • Castro E; Instituto Rene Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Belo Horizonte 30190-002, Brazil.
  • Oliveira C; lnstituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro 21040-900, Brazil.
  • Fritsch H; Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
  • Guimarães N; Laboratorio Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte 30510-010, Brazil.
  • Lamounier LO; Laboratorio Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte 30510-010, Brazil.
  • Barreto FK; Instituto Multidisciplinar em Saúde, Universidade Federal da Bahia, Vitória da Conquista 45029-094, Brazil.
  • Braga de Oliveira CMM; Laboratório Central de Saúde Pública do Acre, Rio Branco 69900-604, Brazil.
  • Maymone Gonçalves CC; Secretaria de Saúde do estado do Mato Grosso do Sul, Campo Grande 79031-350, Brazil.
  • Malta Lima D; Faculty of the Graduate Program in Biotechnology (Renorbio), Universidade de Fortaleza, Fortaleza 60811-905, Brazil.
  • de Oliveira EC; Laboratorio Central de Saúde Pública do Mato Grosso, Cuiabá 78060-628, Brazil.
  • de Castro Lichs GG; Laboratorio Central de Saúde Pública do Mato Grosso do Sul, Campo Grande 79074-460, Brazil.
  • Gomes I; Laboratório Central de Saúde Pública do Rio Grande do Norte, Natal 59037-170, Brazil.
  • Mazaro J; Secretaria Estadual de Saúde do estado do Acre, Rio Branco 69900-064, Brazil.
  • Rodrigues JTN; Laboratório Central de Saúde Pública do Acre, Rio Branco 69900-604, Brazil.
  • Abrantes J; Laboratório Central de Saúde Pública do Rio Grande do Norte, Natal 59037-170, Brazil.
  • Colares JKB; Faculty of the Graduate Program in Biotechnology (Renorbio), Universidade de Fortaleza, Fortaleza 60811-905, Brazil.
  • Luz KG; Department of Infectious Diseases, Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Natal 59078-900, Brazil.
  • Barbosa da Silva L; Laboratorio Central de Saúde Pública do Mato Grosso, Cuiabá 78060-628, Brazil.
  • Demarchi L; Laboratorio Central de Saúde Pública do Mato Grosso do Sul, Campo Grande 79074-460, Brazil.
  • Câmara MCB; Laboratório Central de Saúde Pública do Rio Grande do Norte, Natal 59037-170, Brazil.
  • Umaki Zardin MCS; Laboratorio Central de Saúde Pública do Mato Grosso do Sul, Campo Grande 79074-460, Brazil.
  • Sabatini Mello Pinheiro R; Laboratório de Citogenética, Universidade Federal do Acre, Rio Branco 69920-900, Brazil.
  • Barbosa Souza R; Laboratório Central de Saúde Pública do Acre, Rio Branco 69900-604, Brazil.
  • Haddad SK; Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto, Ribeirão Preto 14051-140, Brazil.
  • Figueiredo da Silva S; Laboratorio Central de Saúde Pública do Mato Grosso, Cuiabá 78060-628, Brazil.
  • Slavov SN; Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto, Ribeirão Preto 14051-140, Brazil.
  • Rocha T; Laboratório Central de Saúde Pública do Rio Grande do Norte, Natal 59037-170, Brazil.
  • Morel N; Departamento de Laboratorios de Salud Pública, Ministerio de Salud Pública, Montevideo 11200, Uruguay.
  • Chiparelli H; Departamento de Laboratorios de Salud Pública, Ministerio de Salud Pública, Montevideo 11200, Uruguay.
  • Burgueño A; Departamento de Laboratorios de Salud Pública, Ministerio de Salud Pública, Montevideo 11200, Uruguay.
  • Bórmida V; Departamento de Laboratorios de Salud Pública, Ministerio de Salud Pública, Montevideo 11200, Uruguay.
  • Cortinas MN; Departamento de Laboratorios de Salud Pública, Ministerio de Salud Pública, Montevideo 11200, Uruguay.
  • Martín RS; Departamento de Laboratorios de Salud Pública, Ministerio de Salud Pública, Montevideo 11200, Uruguay.
  • Pereira AC; Laboratório de Fronteira Tabatinga, Tabatinga 69640-000, Brazil.
  • Dos Santos MF; Laboratório de Fronteira Tabatinga, Tabatinga 69640-000, Brazil.
  • André Júnior W; Laboratório de Fronteira Tabatinga, Tabatinga 69640-000, Brazil.
  • Mendez Rico J; Pan American Health Organization, Washington, DC 20037, USA.
  • Franco L; Pan American Health Organization, Washington, DC 20037, USA.
  • Rosewell A; Organização Pan-Americana da Saúde, Organização Mundial da Saúde, Brasília 70800-400, Brazil.
  • do Carmo Said RF; Organização Pan-Americana da Saúde, Organização Mundial da Saúde, Brasília 70800-400, Brazil.
  • de Albuquerque CFC; Organização Pan-Americana da Saúde, Organização Mundial da Saúde, Brasília 70800-400, Brazil.
  • Noia Maciel EL; Secretaria de Vigilância em Saúde e Ambiente, Ministério da Saúde, Brasília 70058-900, Brazil.
  • Santini de Oliveira M; Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública, Ministério da Saúde, Brasília 70058-900, Brazil.
Viruses ; 16(1)2023 12 22.
Article em En | MEDLINE | ID: mdl-38257724
ABSTRACT
The emergence and continued geographic expansion of arboviruses and the growing number of infected people have highlighted the need to develop and improve multiplex methods for rapid and specific detection of pathogens. Sequencing technologies are promising tools that can help in the laboratory diagnosis of conditions that share common symptoms, such as pathologies caused by emerging arboviruses. In this study, we integrated nanopore sequencing and the advantages of reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) to develop a multiplex RT-PCR protocol for the detection of Chikungunya virus (CHIKV) and several orthoflaviviruses (such as dengue (Orthoflavivirus dengue), Zika (Orthoflavivirus zikaense), yellow fever (Orthoflavivirus flavi), and West Nile (Orthoflavivirus nilense) viruses) in a single reaction, which provides data for sequence-based differentiation of arbovirus lineages.
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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Tipo de estudo: Diagnostic_studies / Guideline Limite: Humans Idioma: En Ano de publicação: 2023 Tipo de documento: Article
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