RESUMEN
A bioblitz inexpensively and quickly generates biodiversity data, but bioblitzes are often conducted with haphazard, unreplicated sampling. Results tend to be taxonomically, geographically, or temporally biased, lack metadata, and consist of lists of observed taxa that do not enable further analyses or correction for imperfect detection. A rapid, recurring, structured survey (RRSS) uses a structured sampling design and temporal and spatial replication to survey randomly selected sites on a conservation property. We participated in a loosely structured bioblitz and a subsequent RRSS at Big Canoe Creek Nature Preserve in Springville (St. Clair County), Alabama (USA) to compare observed richness derived from the 2 survey approaches. The RRSS data structure enabled us to fit models that accounted for imperfect detection to estimate abundances, occupancy probabilities, and habitat associations. The loosely structured bioblitz data could not be used in such models. We present a new integrated multispecies abundance model that we applied to avian RRSS data. Our model extension enables estimation for the community, employs data augmentation to estimate the number of undetected species, and incorporates covariates. The RRSS generated a more comprehensive and less biased list of observed taxonomic richness than the loosely structured bioblitz (e.g., 73 vs. 45 bird species and 104 vs. 63 insect families from the RRSS vs. loosely structured bioblitz, respectively). Models fit to the RRSS data identified seasonal patterns in avian community composition and allowed for estimation of habitat-occupancy relationships for insect taxa. The RRSS protocol has potential for broad transferability as a standardized, quick, and inexpensive way to inventory biodiversity and estimate ecological parameters while providing an outreach opportunity.
Un bioblitz genera información sobre la biodiversidad de manera rápida y económica, pero con frecuencia se realizan con muestreos irregulares e irrepetibles. Además, los resultados tienden a estar sesgados taxonómica, geográfica o temporalmente, carecen de metadatos y consisten en una lista de taxones observados que no permiten análisis más profundos o la corrección de las detecciones imperfectas. Un censo rápido, recurrente y estructurado (CRRE) usa un diseño de muestreo estructurado y la replicación temporal y espacial para censar los sitios seleccionados al azar en una propiedad de conservación. Participamos en un bioblitz ligeramente estructurado y en un CRRE subsecuente en la reserva natural Big Canoe Creek en Springville, condado St. Clair, Alabama, EUA, para comparar la riqueza observada derivada de las dos estrategias de censo. La estructura de datos del CRRE nos permitió ajustar los modelos que explicaban la detección imperfecta para estimar abundancias, probabilidades de ocupación y asociaciones de hábitat. No pudimos usar los datos del bioblitz en dichos modelos. Presentamos un nuevo modelo de abundancia multiespecie que aplicamos a los datos ornitológicos del CRRE. Nuestra extensión del modelo permite la estimación de la comunidad, usa el aumento de datos para estimar el número de especies no detectadas e incorpora las covariables. El CRRE generó una lista más completa y menos sesgada de la riqueza taxonómica observada que el bioblitz (73 especies de aves versus 45 y 104 familias de insectos versus 63, respectivamente). Los modelos ajustados a los datos del CRRE identificaron patrones estacionales en la composición de la comunidad ornitológica y permitieron la estimación de las relaciones de ocupación de hábitat de los taxones de insectos. El protocolo del CRRE tiene potencial para usarse de manera general como un método de inventario de la biodiversidad estandarizado, rápido y económico y para estimar los parámetros ecológicos a la vez que proporciona una oportunidad de divulgación.
Asunto(s)
Biodiversidad , Conservación de los Recursos Naturales , Animales , Ecosistema , Aves , ProbabilidadRESUMEN
Microorganism communities can shape host phenotype evolution but are often comprised of thousands of taxa with varied impact on hosts. Identification of taxa influencing host evolution relies on first describing microorganism communities and acquisition routes. Keratinolytic (keratin-degrading) microorganisms are hypothesized to be abundant in saltmarsh sediments and to contribute to plumage evolution in saltmarsh-adapted sparrows. Metabarcoding was used to describe plumage bacterial (16S rRNA) and fungal (ITS) communities in three sparrow species endemic to North America's Atlantic coast saltmarshes. Results describe limited within-species variability and moderate host species-level patterns in microorganism diversity and community composition. A small percentage of overall microorganism diversity was comprised of potentially keratinolytic microorganisms, warranting further functional studies. Distinctions between plumage and saltmarsh sediment bacteria, but not fungal, communities were detected, suggesting multiple bacterial acquisition routes and/or vertebrate host specialization. This research lays groundwork for future testing of causal links between microorganisms and avian host evolution.