Ultra-sensitive molecular residual disease detection through whole genome sequencing with single-read error correction.

While whole genome sequencing (WGS) of cell-free DNA (cfDNA) holds enormous promise for detection of molecular residual disease (MRD), its performance is limited by WGS error rate. Here we introduce AccuScan, an efficient cfDNA WGS technology that enables genome-wide error correction at single read-level, achieving an error rate of 4.2 × 10-7, which is about two orders of magnitude lower than a read-centric de-noising method. The application of AccuScan to MRD demonstrated analytical sensitivity down to 10-6 circulating variant allele frequency at 99% sample-level specificity. AccuScan showed 90% landmark sensitivity (within 6 weeks after surgery) and 100% specificity for predicting relapse in colorectal cancer. It also showed 67% sensitivity and 100% specificity in esophageal cancer using samples collected within one week after surgery. When AccuScan was applied to monitor immunotherapy in melanoma patients, the circulating tumor DNA (ctDNA) levels and dynamic profiles were consistent with clinical outcomes. Overall, AccuScan provides a highly accurate WGS solution for MRD detection, empowering ctDNA detection at parts per million range without requiring high sample input or personalized reagents.

Ultra-sensitive molecular residual disease detection through whole genome sequencing with single-read error correction.

While whole genome sequencing (WGS) of cell-free DNA (cfDNA) holds enormous promise for molecular residual disease (MRD) detection, its performance is limited by WGS error rate. Here we introduce AccuScan, an efficient cfDNA WGS technology that enables genome-wide error correction at single read level, achieving an error rate of 4.2×10 -7 , which is about two orders of magnitude lower than a read-centric de-noising method. When applied to MRD detection, AccuScan demonstrated analytical sensitivity down to 10 -6 circulating tumor allele fraction at 99% sample level specificity. In colorectal cancer, AccuScan showed 90% landmark sensitivity for predicting relapse. It also showed robust MRD performance with esophageal cancer using samples collected as early as 1 week after surgery, and predictive value for immunotherapy monitoring with melanoma patients. Overall, AccuScan provides a highly accurate WGS solution for MRD, empowering circulating tumor DNA detection at parts per million range without high sample input nor personalized reagents. One Sentence Summary: AccuScan showed remarkable ultra-low limit of detection with a short turnaround time, low sample requirement and a simple workflow for MRD detection.

Tertiary lymphoid structures and B cells determine clinically relevant T cell phenotypes in ovarian cancer.

Intratumoral tertiary lymphoid structures (TLSs) have been associated with improved outcome in various cohorts of patients with cancer, reflecting their contribution to the development of tumor-targeting immunity. Here, we demonstrate that high-grade serous ovarian carcinoma (HGSOC) contains distinct immune aggregates with varying degrees of organization and maturation. Specifically, mature TLSs (mTLS) as forming only in 16% of HGSOCs with relatively elevated tumor mutational burden (TMB) are associated with an increased intratumoral density of CD8+ effector T (TEFF) cells and TIM3+PD1+, hence poorly immune checkpoint inhibitor (ICI)-sensitive, CD8+ T cells. Conversely, CD8+ T cells from immunologically hot tumors like non-small cell lung carcinoma (NSCLC) are enriched in ICI-responsive TCF1+ PD1+ T cells. Spatial B-cell profiling identifies patterns of in situ maturation and differentiation associated with mTLSs. Moreover, B-cell depletion promotes signs of a dysfunctional CD8+ T cell compartment among tumor-infiltrating lymphocytes from freshly isolated HGSOC and NSCLC biopsies. Taken together, our data demonstrate that - at odds with NSCLC - HGSOC is associated with a low density of follicular helper T cells and thus develops a limited number of mTLS that might be insufficient to preserve a ICI-sensitive TCF1+PD1+ CD8+ T cell phenotype. These findings point to key quantitative and qualitative differences between mTLSs in ICI-responsive vs ICI-irresponsive neoplasms that may guide the development of alternative immunotherapies for patients with HGSOC.

Aplicación del algoritmo inverso para diagnóstico de sífilis gestacional en el Instituto Nacional Materno Perinatal, Perú. 2011-2017 / Application of the reverse algorithm for the diagnosis of gestational syphilis at the National Maternal Perinatal Institute, Peru. 2011-2017

RESUMEN Introducción y objetivos: El propósito es evaluar los resultados de la aplicación del algoritmo inverso para el diagnóstico de sífilis gestacional en el Servicio de Medicina Preventiva del Instituto Nacional Materno Perinatal de Lima, entre 2011 al 2017. Método: Estudio observacional, descriptivo y retrospectivo. Revisión de los resultados de los exámenes del Algoritmo inverso de sífilis gestacional. La Prueba Rápida de Sífilis (PRS) se utilizó como tamizaje, su positividad obligaba a efectuar la RPR, cuya reactividad definía la actividad de la enfermedad cuando era igual o mayor de 8 diluciones, títulos menores obligaban al seguimiento serológico. Resultado: Se tamizaron 46,880 embarazadas, la incidencia de sífilis activa fue de 1.02 por mil tamizadas, la frecuencia de títulos menores alcanzó el 29.33% de las positivas al PRS y la discordancia entre PRS y RPR el 57.87%, el seguimiento serológico fue insuficiente (7.27%), al igual que la evaluación de las parejas y/o contactos sexuales de las gestantes con sífilis activa (4.17%). Conclusión: El algoritmo permite un diagnóstico rápido y la instauración oportuna de la terapia antibiótica, pero su fiabilidad se optimizará con la sistematización de los controles de calidad internos y externos, seguimiento serológico sistemático, planificación de la estrategia que asegure la evaluación serológica y tratamiento de las parejas y/o contactos sexuales, y en los casos de discordancia, el algoritmo debe incluir otra prueba treponémica.

SUMMARY Introduction and objectives: The purpose is to evaluate the results of the application of the inverse algorithm for the diagnosis of gestational syphilis in the Preventive Medicine Service of the National Maternal and Perinatal Institute of Lima, between 2011 and 2017. Method: Observational, descriptive and retrospective study. The results of the diagnostic tests applying the inverse algorithm gestational syphilis were reviewed. The Rapid Syphilis Test (PRS)) was used as a screening, its positivity required to perform the RPR, whose reactivity defined the activity of the disease when it was equal to or greater than 8 dilutions, minor titers required serological follow-up. Result: The incidence of active syphilis was 1.02 per thousand screened, the frequency of minor titres reached 29.33% of those positive for PRS and the discordance between PRS and RPR was 57.87%, serological follow-up was insufficient (7.27%), as well as the evaluation of sexual partners and / or contacts of pregnant women with active syphilis (4.17%). Conclusion: The algorithm allows a rapid diagnosis and the timely establishment of antibiotic therapy, but its reliability will be optimized with the systematization of internal and external quality controls, systematic serological monitoring, strategy planning to ensure the serological evaluation and treatment of couples and / or sexual contacts, and in cases of discordance, the algorithm must include another treponemal test.

Evaluación de la microfiltración apical de BiodentineTM como material de obturación apical mediante el transporte de fluidos computarizado / Evaluation of the apical microleakage of BiodentineTM when used as an apical sealing material, using computerized fluid dynamics

Objetivo: evaluar la capacidad de BiodentineTM para resistir la microfiltración cuando es usado como material de retroobturación medianteun sistema de transporte de fluidos computarizado. Metodología: En este estudio se utilizaron 60 raíces de dientes unirradiculares, se instrumentaron y obturaron con el sistema de cono único estandarizadodel sistema ProTaper (Dentsply, Maillefer, Suiza) con ultrasonido,utilizando el sellador de conductos radiculares Silco (Silva-Collyan SLP,México). Se hizo la preparación de la cavidad retrógrada con ultrasonidoutilizando la punta E31D del sistema Retro Kit (NSK Company, Japón),con un diámetro de 2 mm. Se llevó a cabo la retroobturación con cada uno de los cementos a evaluar; grupo 1: bturados con Biodentine™ (Septodont, Francia), grupo 2: obturados con MTA Gris (Angelus™, Londrina PR, Brasil), grupo 3: control. Se utilizó un software creado específi camente para evaluar microfi ltración; éste, por medio de sensores infrarrojos, detecta la variación de voltaje de una burbuja de aire dentro de un capilar. El programa expresa el tiempo que tarda la burbuja en pasar por el segundo sensor (mm/min), los cuales se convierten a μL/min, para después expresarlos en unidades de fi ltración, realizándosemediciones en un solo lapso. Resultados: La evaluación en este estudio de la microfi ltración apical de Biodentine™ y MTA Gris Angelus™, arrojó resultados favorables para ambos; se comprobó que no existe diferencia signifi cativa en cuanto a la microfiltración entre ellos; sin embargo, ambos materiales mostraron diferentes características en cuanto a su manipulación, tiempo de fraguado y porosidad. No se presentódiferencia estadísticamente significativa entre los grupos (p = 0.256) U Mann-Whitney y Kruskal Wallis. Conclusión: El Biodentine™ y TA Gris AngelusTM presentan un comportamiento óptimo para la obturación retrógrada. Se requiere realizar otros estudios en cuanto a la interfase con la estructura dentinaria.

Objective: To evaluate, using computational fl uid dynamics, the ability of BiodentineTM to resist microleakage when used as a retro-sealing material. Methodology: In this study, 60 single-rooted teeth were used, which were biomechanically prepared and fi lled using the standardized ProTaper single-cone technique (Dentsply, Maillefer, Switzerland) and ultrasound, using Silco root-canal sealer (Silva-Collyan, SLP, Mexico). The retrograde cavity was prepared using ultrasound and a Retro Kit (NSK Company, Japan) E31D 2 mm-diameter tip. Retrograde fi lling was performed using each of the sealers to be evaluated, as follows: group 1: sealed with BiodentineTM (Septodont, France); group 2: sealed with Grey MTA (AngelusTM, Londrina PR, Brazil); group 3: control. A specially designed software was used, which measures microleakage by using infrared sensors to detect changes in voltage in an air bubble within a capillary tube. The software expresses the time it takes (mm/min) for the bubble to pass through the second sensor, then converts these measurements into μL/min to express the rate of leakage. All of the measurements are taken considering a single interval. Results: The results of the evaluation of the apical microleakage of BiodentineTM and MTA Grey AngelusTM obtained in this study were, in both cases, favorable, proving that there is no signifi cant difference between the two in this respect. However, the characteristics of each in terms of their handling, setting time, and porosity differed. No statistically signifi cant difference between the Mann-Whitney U group and the Kruskal-Wallis group was found (p = 0.256). Conclusion: The performance of Bio-dentineTM and Gray MTA AngelusTM is ideal for retrograde fi lling pur-poses. Further studies are needed, including SEM analysis, in order to determine the quality of the seal, with respect to the interface formed with the dentin structure.

Colangiocarcinoma hiliar (tumor de Klatskin) / Hilar cholangiocarcinoma (Klatskin tumor)

El colangiocarcinoma es una neoplasia maligna del epitelio de la vía biliar. Su frecuencia de aparición es baja, y su pronóstico es infausto en un breve periodo de tiempo (meses) en la mayoría de los pacientes afectos. La poca especificidad de los síntomas clínicos en su presentación y la infiltración tumoral local en el momento del diagnóstico son factores que suelen impedir la posibilidad de ofrecer una resección quirúrgica radical que sea potencialmente curativa. El caso de una paciente de 52 años afecta de un colangiocarcinoma de la confluencia hiliar (tumor de Klatskin) nos sirve para revisar los aspectos epidemiológicos y clínicos de esta entidad, así como los datos de laboratorio, hallazgos en pruebas de imagen, diagnóstico diferencial y tratamiento potencial de esta infrecuente enfermedad (AU)

Cholangiocarcinoma is a malignant neoplasm of the hepatic bile duct epithelium. The frequency of occurrence is low and has very poor prognosis (short-term survival in months) in most patients affected. The lack of specificity in the clinical symptoms at onset and local tumor infiltration at the time of diagnosis are factors which usually prevent the possibility to offer radical surgical resection as potentially curative. The case of a 52 years old patient suffering from cholangiocarcinoma in the hilar confluence (Klatskin tumor) serves as the basis to review epidemiological and clinical aspects of this entity, as well as laboratory information, findings of imaging tests, differential diagnosis and potential treatment for this uncommon disease (AU)

Hemangiopericitoma retroperitoneal / Retroperitoneal hemangiopericytoma

El hemangiopericitoma es un tumor infrecuente de origen vascular que deriva de los pericitos de Zimmerman. Representa aproximadamente un 1% de todos los tumores vasculares. En el momento del diagnóstico, establecer el potencial de malignidad de este tipo de tumoración es algo habitualmente controvertido. El pronóstico se basará en el patrón histológico y en la evolución clínica, siendo la aparición de recurrencias locales o de metástasis a distancia los únicos signos definitivos de malignidad. El caso de un paciente de 61 años con un hemangioperictoma retroperitoneal de gran tamaño nos sirve para revisar los aspectos clínicos y patológicos, el tratamiento y los factores pronósticos de esta rara neoplasia (AU)

Hemangiopericytoma is a rare tumour of vascular origin derived from Zimmermann's pericytes. It represents approximately 1% of all vascular tumours. At the time of diagnosis, determining the malignant potential of this type of mass is usually controversial. Prognosis will be based on histological patterns and the clinical course, with the appearance of local recurrences or distant metastases being the only definitive signs of malignancy. The case of a 61 year old patient with a very large retroperitoneal hemangiopericytoma serves to review clinical and pathological aspects, treatment and prognostic factors of this rare neoplasm (AU)

Lesión lítica en el radio distal / Bone lesion in the distal radius

El tumor de células gigantes de hueso es una neoplasia controvertida. En la mayoría de los casos se comporta como un tumor benigno, pero aproximadamente un 15% de ellos se considerarán malignos durante su evolución. En una fase inicial, la malignidad no puede determinarse ni por el aspecto radiológico ni incluso tampoco después de un estudio histopatológico, sino que será la tasa de recurrencias (si ello ocurre) la que indicará la malignidad. En este artículo se presenta el caso de un paciente varón de 47 años con una lesión sospechosa en el radio distal y definimos los signos radiológicos que sugerirán un diagnóstico por imagen de un tumor óseo de células gigantes (AU)

Giant cell tumor of the bone is a controversial neoplasm. In most cases, it behaves as a benign tumor, but approximately 15% of cases will be diagnosed as malignant during the clinical course. In the initial phase, malignancy cannot be determined neither by radiological appearance nor by histopathology; instead, recurrences of the tumor will most consistently indicate malignancy. In this report, we present the case of a 47 year old male patient with a suspicious lesion in the distal radius and we define the radiological signs that suggest diagnosis of giant cell tumor of the bone (AU)

Comparación del nivel de inserción periodontal entre individuos fumadores y no fumadores / Comparison of the level of insertion periodontal between smokers individuals and non smokers

El siguiente estudio comparativo de casos y controles tiene como objetivo comparar el nivel de inserción periodontal entre individuos fumadores y no fumadores para determinar la influencia que tiene el hábito tabáquico sobre el periodonto. Se utilizó una muestra de 1738 sitios periodontales específicos obtenidos de 50 sujetos de 19 a 59 años de edad, pertenecientes al Liceo Aníbal Pinto de Temuco, Chile, quienes presentaron un Examen de Salud Preventivo del Adulto Normal. Cada sitio periodontal fue sometido a un sondaje periodontal a través del cual se determinó el nivel de inserción. Además se determino el carácter fumador o no fumador de cada individuo y la frecuencia de este hábito en el primer grupo. Los datos fueron analizados mediante la prueba Chi – cuadrado con p< 0,05. Los resultados obtenidos indican que los individuos fumadores presentan una mayor pérdida de inserción periodontal que los no fumadores y en directa asociación con la frecuencia del hábito de fumar.

The following cases and controls study has as aim compare the level of periodontal insertion between smoking and not smoking individuals to determine the influence of the smoke on the periodontum. There was used a sample of 1738 specifics periodontal sites obtained of 50 subjects between 19 to 59 years old, from the Aníbal Pinto Lyceum of Temuco, Chile, who had received a normal Preventive Examination of Health of the Adult. Every periodontal site was submitted to a periodontal sounding to determinate insertion level. In addition it was determinate the smoking or not smoking character of every individual and the frequency of this habit in the first group. The information were analyzed by Chi - square test with p < 0,05.The results indicate that the smoking individuals present a major loss of periodontal insertion that not smokers and in direct association with the frequency of the smoking habit.

Colecistostomia percutanea por puncion / Percutaneous cholecystectomy

El presente caso clinico, tratad de demostrar la utilidad de la Colecistostomia Percutanea en el tratamiento de la colecistitis aguda, tanto en pacientes con relativo buen estado general, pero portadores de patologia de base cardiocirculatoria o respiratoria, que hace de ellos pacientes de alto riesgo quirurgico asi como en pacientes severamentes enfermos en los que se presenta la colecistopatia complicando cuadros de disfuncion multisistemica, grandes quemados insuficientes renales, shock septico, y otros, ya sea como complicacion o como foco primario en todos los cuales la cirugia seria imperativa, sin embargo los riesgos inherentes a esta ultima, en las circunstancias citadas, elevarian las cifras de morbimortalidad a rangos prohibitivos. Merced a un optimo aprovechamiento del arsenal de medios de auxilio diagnostico-terapeutico por imagens con los que la medicina cuenta actualmente, se han desarrollado tecnics minimamente invasivas con una incidencia minima de complicaciones, una de ellas es precisamente la COLECISTOSTOMIA PERCUTANEA POR PUNCION, (1) motivo del presente articulo que versa un cuadro de colecistitis aguda en un paciente septico, patologia que fue manejada por el metodo en cuestion.