Detalles de la búsqueda
1.
Designed architectural proteins that tune DNA looping in bacteria.
Nucleic Acids Res
; 49(18): 10382-10396, 2021 10 11.
Artículo
Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34478548
2.
Insights into DNA solvation found in protein-DNA structures.
Biophys J
; 121(24): 4749-4758, 2022 12 20.
Artículo
Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36380591
3.
Web 3DNA 2.0 for the analysis, visualization, and modeling of 3D nucleic acid structures.
Nucleic Acids Res
; 47(W1): W26-W34, 2019 07 02.
Artículo
Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31114927
4.
Effects of Noncanonical Base Pairing on RNA Folding: Structural Context and Spatial Arrangements of G·A Pairs.
Biochemistry
; 58(20): 2474-2487, 2019 05 21.
Artículo
Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31008589
5.
Nucleosome-free DNA regions differentially affect distant communication in chromatin.
Nucleic Acids Res
; 45(6): 3059-3067, 2017 04 07.
Artículo
Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27940560
6.
Toward a Universal Structural and Energetic Model for Prokaryotic Promoters.
Biophys J
; 115(7): 1180-1189, 2018 10 02.
Artículo
Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30172386
7.
Contributions of Sequence to the Higher-Order Structures of DNA.
Biophys J
; 112(3): 416-426, 2017 Feb 07.
Artículo
Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27955889
8.
DSSR: an integrated software tool for dissecting the spatial structure of RNA.
Nucleic Acids Res
; 43(21): e142, 2015 Dec 02.
Artículo
Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26184874
9.
DNA topology confers sequence specificity to nonspecific architectural proteins.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 111(47): 16742-7, 2014 Nov 25.
Artículo
Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25385626
10.
Arginine-phosphate salt bridges between histones and DNA: intermolecular actuators that control nucleosome architecture.
J Chem Phys
; 141(16): 165102, 2014 Oct 28.
Artículo
Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25362343
11.
What controls DNA looping?
Int J Mol Sci
; 15(9): 15090-108, 2014 Aug 27.
Artículo
Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25167135
12.
Biophysical reviews Special issue call: The 21st IUPAB Congress 2024 Kyoto Japan.
Biophys Rev
; 16(1): 9-10, 2024 Feb.
Artículo
Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38495446
13.
Biophysical Reviews: a transition in the journal.
Biophys Rev
; 16(2): 141-143, 2024 Apr.
Artículo
Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38737210
14.
Internucleosomal interactions mediated by histone tails allow distant communication in chromatin.
J Biol Chem
; 287(24): 20248-57, 2012 Jun 08.
Artículo
Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22518845
15.
Structural insights into the role of architectural proteins in DNA looping deduced from computer simulations.
Biochem Soc Trans
; 41(2): 559-64, 2013 Apr.
Artículo
Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23514154
16.
Weak operator binding enhances simulated Lac repressor-mediated DNA looping.
Biopolymers
; 99(12): 1070-81, 2013 Dec.
Artículo
Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23818216
17.
The RNA backbone plays a crucial role in mediating the intrinsic stability of the GpU dinucleotide platform and the GpUpA/GpA miniduplex.
Nucleic Acids Res
; 38(14): 4868-76, 2010 Aug.
Artículo
Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-20223772
18.
Long-range effects of histone point mutations on DNA remodeling revealed from computational analyses of SIN-mutant nucleosome structures.
Nucleic Acids Res
; 38(20): 6872-82, 2010 Nov.
Artículo
Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-20647418
19.
3DNALandscapes: a database for exploring the conformational features of DNA.
Nucleic Acids Res
; 38(Database issue): D267-74, 2010 Jan.
Artículo
Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19906722
20.
emDNA - A Tool for Modeling Protein-decorated DNA Loops and Minicircles at the Base-pair Step Level.
J Mol Biol
; 434(11): 167558, 2022 06 15.
Artículo
Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35341743