Genomic Epidemiology of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2, Colombia.

Coronavirus disease (COVID-19) in Colombia was first diagnosed in a traveler arriving from Italy on February 26, 2020. However, limited data are available on the origins and number of introductions of COVID-19 into the country. We sequenced the causative agent of COVID-19, severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), from 43 clinical samples we collected, along with another 79 genome sequences available from Colombia. We investigated the emergence and importation routes for SARS-CoV-2 into Colombia by using epidemiologic, historical air travel, and phylogenetic observations. Our study provides evidence of multiple introductions, mostly from Europe, and documents >12 lineages. Phylogenetic findings validate the lineage diversity, support multiple importation events, and demonstrate the evolutionary relationship of epidemiologically linked transmission chains. Our results reconstruct the early evolutionary history of SARS-CoV-2 in Colombia and highlight the advantages of genome sequencing to complement COVID-19 outbreak investigations.

Case-Case Comparison of Candida auris Versus Other Candida Species Bloodstream Infections: Results of an Outbreak Investigation in Colombia.

BACKGROUND: Candida auris is an emerging multidrug-resistant yeast that causes outbreaks in healthcare settings around the world. In 2016, clinicians and public health officials identified patients with C. auris bloodstream infections (BSI) in Colombian healthcare facilities. To evaluate potential risk factors and outcomes for these infections, we investigated epidemiologic and clinical features of patients with C. auris and other Candida species BSI. METHODS: We performed a retrospective case-case investigation in four Colombian acute care hospitals, defining a case as Candida spp. isolated from blood culture during January 2015-September 2016. C. auris BSI cases were compared to other Candida species BSI cases. Odds ratio (OR), estimated using logistic regression, was used to assess the association between risk factors and outcomes. RESULTS: We analyzed 90 patients with BSI, including 40 with C. auris and 50 with other Candida species. All had been admitted to the intensive care unit (ICU). No significant demographic differences existed between the two groups. The following variables were independently associated with C. auris BSI: ≥ 15 days of pre-infection ICU stay (OR: 5.62, CI: 2.04-15.5), evidence of severe sepsis (OR: 3.70, CI 1.19-11.48), and diabetes mellitus (OR 5.69, CI 1.01-31.9). CONCLUSION: Patients with C. auris BSI had longer lengths of ICU stay than those with other candidemias, suggesting that infections are acquired during hospitalization. This is different from other Candida infections, which are usually thought to result from autoinfection with host flora.

[Geographic distribution of perinatal mortality due to congenital malformations in Colombia, 1999-2008: An analysis of vital statistics data].

INTRODUCTION: During 2012, 13% of the deaths worldwide in children under the age of 28 days were due to congenital malformations. In Colombia, congenital malformations are the second leading cause of infant mortality. Objective: To determine the geographical distribution of extended perinatal mortality due to congenital malformations in Colombia between 1999 and 2008. Materials and methods: We conducted a cross-sectional study. We revised all death certificates issued between 1999 and 2008. We defined perinatal mortality as fetal or non-fetal deaths within the first 28 days after delivery in children with body weight ≥500 grams, and congenital malformations according to ICD-10 diagnostic codes Q000 - Q999. The annual birth projection was used as the denominator. We defined high mortality areas due to congenital malformations as those in the 90th percentile. Results: We recorded 22,361 perinatal deaths due to congenital malformations. The following provinces exceeded the 90th perinatal mortality percentile: Antioquia, Caldas, Risaralda, Huila, Quindío, Bogotá, Valle del Cauca and Guainía. Among the municipalities, the highest perinatal mortality rates were found in Giraldo, Ciudad Bolívar, Riosucio, Liborina, Supía, Alejandría, Sopetrán, San Jerónimo, Santa Fe de Antioquia and Marmato (205.81 and 74.18 per 10.000 live births).The perinatal mortality rate due to malformations of the circulatory system was 28.1 per 10.000 live births, whereas the rates for central nervous system defects and chromosomal abnormalities were 13.7 and 7.0, respectively. CONCLUSIONS: The Andean region showed high perinatal mortality rates due to congenital malformations. There is an urgent need to identify possible risk factors of perinatal mortality and implement successive prevention programs in that particular region.

Áreas de alta mortalidad perinatal debida a anomalías congénitas: análisis de estadísticas vitales, Colombia, 1999-2008 / Geographic distribution of perinatal mortality due to congenital malformations in Colombia, 1999-2008: An analysis of vital statistics data

Introducción. Durante 2012, las anomalías congénitas fueron la causa de 13 % de las muertes en menores de 28 días a nivel mundial y, en Colombia constituyeron la segunda causa de mortalidad infantil. Objetivo. Determinar la distribución geográfica de la mortalidad perinatal por anomalías congénitas en Colombia entre 1999 y 2008. Materiales y métodos. Se hizo un estudio descriptivo revisando los certificados de defunción de Colombia. La muerte perinatal se definió como muerte fetal y no fetal en niños con un peso de 500 g o más y 28 o menos días de edad, y las anomalías congénitas, como causa básica de la muerte (Clasificación Internacional de Enfermedades - CIE10: Q000 a Q999). La proyección nacional de nacimientos se tomó como el denominador de las tasas específicas. Se calcularon los percentiles para analizar las áreas de alta mortalidad (percentil de 90 o más). Resultados. Se encontraron 22.361 muertes perinatales por anomalías congénitas. Antioquia, Caldas, Risaralda, Huila, Quindío, Bogotá, Valle del Cauca y Guainía superaron, en promedio, el percentil 90 durante los diez años de estudio. Los municipios con mayores tasas de mortalidad fueron: Giraldo, Ciudad Bolívar, Riosucio, Liborina, Supía, Alejandría, Sopetrán, San Jerónimo, Santa Fe de Antioquia y Marmato, en donde oscilaron entre 205,81 y 74,18 por 10.000 nacimientos. Las tasas de mortalidad perinatal por 10.000 nacidos vivos fueron de 28,1 para el grupo de malformaciones del sistema circulatorio; de 13,7 para anomalías del sistema nervioso central, y de 7,0 para anomalías cromosómicas. Conclusión. La alta mortalidad perinatal por anomalías congénitas en la región andina requiere acciones urgentes de investigación sobre los posibles riesgos y medidas de prevención.

Introduction: During 2012, 13% of the deaths worldwide in children under the age of 28 days were due to congenital malformations. In Colombia, congenital malformations are the second leading cause of infant mortality. Objective: To determine the geographical distribution of extended perinatal mortality due to congenital malformations in Colombia between 1999 and 2008. Materials and methods: We conducted a cross-sectional study. We revised all death certificates issued between 1999 and 2008. We defined perinatal mortality as fetal or non-fetal deaths within the first 28 days after delivery in children with body weight =500 grams, and congenital malformations according to ICD-10 diagnostic codes Q000 - Q999. The annual birth projection was used as the denominator. We defined high mortality areas due to congenital malformations as those in the 90 th percentile. Results: We recorded 22,361 perinatal deaths due to congenital malformations. The following provinces exceeded the 90th perinatal mortality percentile: Antioquia, Caldas, Risaralda, Huila, Quindío, Bogotá, Valle del Cauca and Guainía. Among the municipalities, the highest perinatal mortality rates were found in Giraldo, Ciudad Bolívar, Riosucio, Liborina, Supía, Alejandría, Sopetrán, San Jerónimo, Santa Fe de Antioquia and Marmato (205.81 and 74.18 per 10.000 live births).The perinatal mortality rate due to malformations of the circulatory system was 28.1 per 10.000 live births, whereas the rates for central nervous system defects and chromosomal abnormalities were 13.7 and 7.0, respectively. Conclusions: The Andean region showed high perinatal mortality rates due to congenital malformations. There is an urgent need to identify possible risk factors of perinatal mortality and implement successive prevention programs in that particular region.

Estrés académico en estudiantes de medicina de la Universidad Cesar Vallejo, de Piura 2013 / Academic stress in medical students in the la Universidad Cesar Vallejo, de Piura 2013

Introducción: La presencia de diversos síntomas de estrés en los alumnos de la escuela de Medicina Humana, generó la inquietud sobre la prevalencia de Estrés Académico, en la Universidad Cesar Vallejo, de Piura. Objetivo: determinar el nivel de estrés presente en los universitarios, generado por razones académicas; además de sus principales consecuencias y más frecuentes medios de afrontamiento. Material y Métodos: Estudio analítico transversal, se realizó una encuesta en base al Inventario SISCO para estrés académico previo consentimiento informado a 143 estudiantes. Se analizó los datos en el software SPSS 17. Resultado: Se encontró una mayor prevalencia del nivel de preocupación en mujeres. La edad con frecuencia más alta fue 18 años. Las competencias grupales, presentan la frecuencia más alta con respecto a los episodios de inquietud. El nivel de estrés académico es casi homogéneo en sus tres niveles, siendo el de mayor frecuencia el nivel alto (36,8%). Conclusiones: Los niveles de preocupación presentes en los estudiantes es medio, con mayor prevalencia en mujeres; siendo el nivel de estrés académico presente en los universitarios, alto en mayor frecuencia.

Osteogénesis imperfecta tipo III: reporte de un caso / Osteogenesis imperfecta type III: a case report

Introducción: la osteogénesis imperfecta es un trastorno hereditario del tejido conectivo, debido a mutaciones autosómica en los genes que codifican las cadenas 1 y 2 del colágeno. Caso clínico: paciente masculino de once meses de edad, el cual presentó dificultad respiratoria, irritabilidad y taquipnea; y con el uso de músculos accesorios; nació por cesárea con fractura de húmero derecho y ambas tibias, con puntaje APGAR 5 – 7 – 10; y diagnóstico presuntivo de acondroplasia. Su peso al nacer fue de 2.670kg y talla de 48 cm. A los cuatro meses de edad, se internó por presentar un episodio de bronconeumonía y diarrea aguda bacteriana. Se confirma del diagnóstico de osteogénesis imperfecta tipo III e insuficiencia cardíaca izquierda, grado II. El paciente falleció al año de edad, por insuficiencia respiratoria y falla cardíaca. Discusión: las afecciones de la vía respiratoria en pacientes con OI son comunes, destacándose una anormalidad de la caja torácica y parénquima pulmonar. Además suelen presentar neumonías severas; y patologías cardiogénicas, lo que aumenta la morbimortalidad (que condiciona a una limitación del espacio disponible para la expansión pulmonar, disminuyendo la capacidad de inhalación y exhalación, con pronóstico crítico, y alta probabilidad de fallecimiento.

Osteogénesis imperfecta tipo III: reporte de un caso / Osteogenesis imperfecta type III: a case report

Introducción: la osteogénesis imperfecta es un trastorno hereditario del tejido conectivo, debido a mutaciones autosómica en los genes que codifican las cadenas 1 y 2 del colágeno. Caso clínico: paciente masculino de once meses de edad, el cual presentó dificultad respiratoria, irritabilidad y taquipnea; y con el uso de músculos accesorios; nació por cesárea con fractura de húmero derecho y ambas tibias, con puntaje APGAR 5 û 7 û 10; y diagnóstico presuntivo de acondroplasia. Su peso al nacer fue de 2.670kg y talla de 48 cm. A los cuatro meses de edad, se internó por presentar un episodio de bronconeumonía y diarrea aguda bacteriana. Se confirma del diagnóstico de osteogénesis imperfecta tipo III e insuficiencia cardíaca izquierda, grado II. El paciente falleció al año de edad, por insuficiencia respiratoria y falla cardíaca. Discusión: las afecciones de la vía respiratoria en pacientes con OI son comunes, destacándose una anormalidad de la caja torácica y parénquima pulmonar. Además suelen presentar neumonías severas; y patologías cardiogénicas, lo que aumenta la morbimortalidad (que condiciona a una limitación del espacio disponible para la expansión pulmonar, disminuyendo la capacidad de inhalación y exhalación, con pronóstico crítico, y alta probabilidad de fallecimiento.(AU)