Genomic Surveillance of Yellow Fever Virus Epizootic in São Paulo, Brazil, 2016 ­ 2018

São Paulo, a densely inhabited state in southeast Brazil that contains the fourth most populated city in the world, recently experienced its largest yellow fever virus (YFV) outbreak in decades. YFV does not normally circulate extensively in São Paulo, so most people were unvaccinated when the outbreak began. Surveillance in non-human primates (NHPs) is important for determining the magnitude and geographic extent of an epizootic, thereby helping to evaluate the risk of YFV spillover to humans. Data from infected NHPs can give more accurate insights into YFV spread than when using data from human cases alone. To contextualise human cases, identify epizootic foci and uncover the rate and direction of YFV spread in São Paulo, we generated and analysed virus genomic data and epizootic case data from NHPs in São Paulo. We report the occurrence of three spatiotemporally distinct phases of the outbreak in São Paulo prior to February 2018. We generated 51 new virus genomes from YFV positive cases identified in 23 different municipalities in São Paulo, mostly sampled from NHPs between October 2016 and January 2018. Although we observe substantial heterogeneity in lineage dispersal velocities between phylogenetic branches, continuous phylogeographic analyses of generated YFV genomes suggest that YFV

Mayaro virus: imported cases of human infection in São Paulo State, Brazil

Mayaro virus (MAYV) is an arbovirus (Togaviridae: Alphavirus) enzootic in tropical South America and maintained in a sylvan cycle involving wild vertebrates and Haemagogus mosquitoes. MAYV cases occur sporadically in persons with a history of recent activities inside or around forests. This paper reports three cases of MAYV fever detected in men infected in Camapuã, MS, Brazil. Serum samples collected at four days and two months after the onset of the symptoms and examined by hemagglutination inhibition test, revealed monotypic seroconversion to MAYV. Isolation of the virus was obtained from one of the samples by inoculation of the first blood samples into newborn mice. A suspension of the infected mouse brain was inoculated into C6/36 cells culture and the virus was identified by indirect immunofluorescent assay with alphavirus polyclonal antibodies. RT-PCR, performed with RNA extracted from the supernatant of C6/36 infected cells in the presence of alphavirus generic primers as well as specific MAYV primers, confirmed these results. The reported cases illustrate the importance of laboratory confirmation in establishing a correct diagnosis. Clinical symptoms are not always indicative of a disease caused by an arbovirus. Also MAYV causes febrile illness, which may be mistaken for dengue.

O vírus Mayaro (MAYV) é um arbovírus do gênero Alphavirus, família Togaviridae, enzoótico na América do Sul, sendo mantido em ciclo silvestre envolvendo vertebrados e mosquitos Haemagogus. Casos de MAYV são esporádicos e ocorrem em pessoas com história de recentes atividades dentro ou próximo a florestas. Este artigo relata infecção por MAYV detectada em três pacientes, infectados em Camapuã, MS, Brasil. Amostras de sangue, coletadas no 4° dia e no 2° mês após o início dos sintomas, foram usadas para teste de inibição da hemaglutinação, que revelou soroconversão monotípica para MAYV. O isolamento do vírus foi obtido somente de uma das amostras, por inoculação em camundongos lactentes. Suspensão de cérebro de camundongo infectado foi inoculada em cultura de células C6/36 e o vírus foi identificado por imunofluorescência indireta com anticorpos policlonais para alphavirus. RT-PCR realizado com RNA extraído do sobrenadante de células C6/36 infectadas, na presença de "primers" genéricos para alphavirus assim como "primers" para MAYV, confirmou os resultados. Os casos relatados ilustram a importância da confirmação laboratorial em estabelecer um diagnóstico correto. Os sintomas clínicos não são sempre indicativos de uma doença causada por arbovírus. MAYV causa doença febril, que pode ser confundida com dengue.

St. Louis encephalitis vírus: first isolation from a human in São Paulo state, Brasil

O presente estudo relata o isolamento do vírus da encefalite São Luis (SLEV) de um caso febril humano suspeito de dengue, em São Pedro, Estado de São Paulo. MAC-ELISA realizado com soros das fases aguda e convalescente foi inconclusivo e anticorpos IgG foram detectados por inibição da hemaglutinação para flavivirus. Imunofluorescência indireta com cultura de células C6/36 inoculadas com soro da fase aguda foi positivo para flavivirus mas negativo quando testado com anticorpos monoclonais para dengue. O RNA extraído de cultura de células infectadas foi amplificado na presença de primers universais para o gênero Flavivirus, deduzidos de uma região da proteína não estrutural 5 e diretamente sequenciado. Os resultados da pesquisa no BLAST indicaram que a seqüência apresenta 93% de similaridade de nucleotídeos com a seqüência de SLEV (cepa MS1.7), confirmado por RT-PCR, realizado com primers específicos para SLEV. O fato de SLEV ter sido identificado como a causa de doença humana indica a necessidade de aprimorar a vigilância a fim de detectar precocemente esse agente no Estado de São Paulo e no Brasil. Esse caso é também um alerta para os profissionais de saúde sobre a necessidade de investigações clínicas e epidemiológicas mais completas sobre doenças febris como no caso relatado. Infecções por SLEV podem não ser reconhecidas ou confundidas com outras causadas por arbovírus como a dengue.

Febre amarela silvestre no Estado de São Paulo, Brasil: casos humanos autóctones / Jungle yellow fever in São Paulo state, Brazil: human autochthonous cases

Os autores relatam a ocorrência e os dados resultantes das investigações de casos humanos de Febre Amarela (FA) silvestre no estado de São Paulo. Em 2000, 7 casos suspeitos de FA silvestre foram confirmados, 5 importados de outros Estados e 2 provavelmente autóctones, de áreas localizadas às margens do Rio Grande, à noroeste do estado de São Paulo. Quatro deles evoluiram para óbito. Inquérito sorológico foi realizado em 630 habitantes de 13 municípios ribeirinhos e pesquisa entomológica foi feita nas áreas suspeitas de transmissão autóctone. A confirmação desses casos foi feita por testes sorológicos clássicos, isolamento de vírus e técnicas moleculares. As 7 amostras de soros resultaram positivas em pelo menos uma das técnicas empregadas. Todas as amostras foram reagentes no teste de MAC-ELISA. Obteve-se isolamento de vírus a partir de amostras de soros de 4 pacientes e nenhum isolamento de mosquitos. O inquérito sorológico com 630 soros, mostrou 5,23 por cento de prevalência de anticorpos para o vírus FA. A detecção de 2 casos autóctones no estado de São Paulo confirma a tendência de deslocamento da transmissão da Febre Amarela para o Sul do Brasil. A presença de anticorpos para FA em população de áreas sem transmissão recente, revela risco de reurbanização da doença