RESUMEN
BACKGROUND: Membrane proteins are key components in a large spectrum of diverse functions and thus account for the major proportion of the drug-targeted portion of the genome. From a structural perspective, the α-helical transmembrane proteins can be categorized into major groups based on the number of transmembrane helices and these groups are often associated with specific functions. When compared to the well-characterized seven-transmembrane containing proteins (7TM), other TM groups are less explored and in particular the 4TM group. In this study, we identify the complete 4TM complement from the latest release of the human genome and assess the 4TM structure group as a whole. We functionally characterize this dataset and evaluate the resulting groups and ubiquitous functions, and furthermore describe disease and drug target involvement. RESULTS: We classified 373 proteins, which represents ~7 % of the human membrane proteome, and includes 69 more proteins than our previous estimate. We have characterized the 4TM dataset based on functional, structural, and/or evolutionary similarities. Proteins that are involved in transport activity constitute 37 % of the dataset, 23 % are receptor-related, and 13 % have enzymatic functions. Intriguingly, proteins involved in transport are more than double the 15 % of transporters in the entire human membrane proteome, which might suggest that the 4TM topological architecture is more favored for transporting molecules over other functions. Moreover, we found an interesting exception to the ubiquitous intracellular N- and C-termini localization that is found throughout the entire membrane proteome and 4TM dataset in the neurotransmitter gated ion channel families. Overall, we estimate that 58 % of the dataset has a known association to disease conditions with 19 % of the genes possibly involved in different types of cancer. CONCLUSIONS: We provide here the most robust and updated classification of the 4TM complement of the human genome as a platform to further understand the characteristics of 4TM functions and to explore pharmacological opportunities.
Asunto(s)
Genoma Humano , Proteínas de la Membrana/genética , Humanos , Proteínas de la Membrana/clasificación , Proteoma/genéticaRESUMEN
Abstract Satellite images are an effective tool for the detection of phytoplankton blooms, since they cause striking changes in water color. Bloom intensity can be expressed in terms of chlorophyll-a concentration. Previous studies suggest the use of Landsat TM4/TM3 reflectance ratio to retrieve surface chlorophyll-a concentration from aquatic systems. In this study we assumed that a remote sensing trophic state index can be applied to investigate how changes in HRT along the hydrologic year affect the spatial distribution of the phytoplankton blooms at Ibitinga’s reservoir surface. For that, we formulated two objectives: (1) apply a semi-empirical model which uses this reflectance ratio to map chlorophyll-a concentration at Ibitinga reservoir along the 2005 hydrologic year and (2) assess how changes in hydraulic residence time (HRT) affect the spatial distribution of phytoplankton blooms at Ibitinga Reservoir. The study site was chosen because previous studies reported seasonal changes in the reservoir limnology which might be related to the reservoir seasonality and hydrodynamics. Six Landsat/TM images were acquired over Ibitinga reservoir during 2005 and water flow measurements provided by the Brazilian Electric System National Operator - ONS were used to compute the reservoir´s residence time, which varied from 5.37 to 52.39 days during 2005. The HRT in the date of image acquisition was then compared to the distribution of chlorophyll-a in the reservoir. The results showed that the HRT increasing implies the increasing of the reservoir surface occupied by phytoplankton blooms.
Resumo As imagens de satélite são frequentemente usadas para a identificação de florações de fitoplâncton porque sua presença causa mudanças significativas na cor da água. A abundância das florações pode ser quantificada por medidas de concentração de clorofila-a. Diversos estudos sugerem o uso da razão de reflectância das bandas TM4/TM3 Landsat, para determinar as concentrações de clorofila-a em sistemas aquáticos. Este trabalho tem como objetivos: (1) aplicar um modelo semi-empírico que usa essa razão para mapear a concentração de clorofila-a no reservatório de Ibitinga ao longo do ano hidrológico de 2005; (2) avaliar como as mudanças no tempo de residência hidráulica afetaram a distribuição de florações na superfície do reservatório. O reservatório de Ibitinga foi selecionado porque estudos prévios indicavam mudanças sazonais nas propriedades limnológicas do reservatório, as quais poderiam estar relacionadas à sazonalidade e à hidrodinâmica. Seis imagens TM/Landsat foram adquiridas sobre o reservatório de Ibitinga durante o ano de 2005. Foi então usada uma tabela associando intervalos de razão de banda a intervalos de concentração de clorofila-a. Medidas de vazão fornecidas pelo Operador Nacional do Sistema Elétrico – ONS foram utilizadas para calcular o tempo de residência hidráulica do reservatório, que variou entre 5,37 e 52,39 dias durante 2005. O tempo de residência hidráulica em cada data de aquisição da imagem foi então comparado com a área ocupada pelas florações de fitoplancton. Os resultados indicaram uma forte relação entre o tempo de residência hidráulica e a área ocupada por florações. Em junho de 2005, quando o reservatório atingiu seu menor tempo de residência hidráulica, apenas 20% de sua área estiveram ocupadas por florações. Em setembro e outubro, quando a residência hidráulica atinge o seu máximo, mais que 80% da superfície do reservatório foram ocupadas por florações de fitoplancton.