Classical human astroviruses in symptomatic and asymptomatic children of Goiás, Brazil: Positivity rates, viral loads, and molecular characterization.

Classical human astroviruses (HAstV) are agents of nonbacterial acute gastroenteritis (AGE), being predominant among children. There are only a few studies reporting HAstV loads in samples from patients with AGE, data are even scarcer regarding asymptomatic patients. The aim of this study was to evaluate the occurrence and estimate the viral load of HAstV and to perform molecular characterization of positive samples obtained from children, up to 6 years old, with and without AGE. One fecal sample was obtained from each of the 250 children enrolled in the study, from May 2014 to April 2015. Real-time reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-qPCR TaqMan) was performed, followed by a conventional RT-PCR directed to ORF2, region C, of the positive samples. Then, these amplicons were sequenced and a phylogenetic analysis was performed to determine the HAstV-1 lineages. A global positivity index of 3.2% (8 of 250) was observed for HAstV with a similar frequency (50%) in both symptomatic and asymptomatic group. Viral loads ranged from 2.8 × 105 to 1.6 × 1011 genome copy/mL Four samples were characterized as HAstV-1, lineage 1a and two as HAstV-4, lineage 4c. Our findings show similar HAstV positivity rates for children with and without AGE, providing evidence of HAstV-1a and HAstV-4c lineage cocirculation in the Central West region of Brazil. Data contributes to the molecular epidemiology of these agents in the region.

Analysing ambiguities in trypanosomatids taxonomy by barcoding.

BACKGROUND: Biodiversity screens and phylogenetic studies are dependent on reliable DNA sequences in public databases. Biological collections possess vouchered specimens with a traceable history. Therefore, DNA sequencing of samples available at institutional collections can greatly contribute to taxonomy, and studies on evolution and biodiversity. METHODS: We sequenced part of the glycosomal glyceraldehyde phosphate dehydrogenase (gGAPDH) and the SSU rRNA (V7/V8) genes from 102 trypanosomatid cultures, which are available on request at www.colprot.fiocruz.br. OBJECTIVE: The main objective of this work was to use phylogenetic inferences, using the obtained DNA sequences and those from representatives of all Trypanosomatidae genera, to generate phylogenetic trees that can simplify new isolates screenings. FINDINGS: A DNA sequence is provided for the first time for several isolates, the phylogenetic analysis allowed the classification or reclassification of several specimens, identification of candidates for new genera and species, as well as the taxonomic validation of several deposits. MAIN CONCLUSIONS: This survey aimed at presenting a list of validated species and their associated DNA sequences combined with a short historical overview of each isolate, which can support taxonomic and biodiversity research and promote culture collections.

Optimization of a real time PCR methodology for HCV RNA quantification in saliva samples.

Saliva may be an alternative biological specimen to expand HCV detection. This study aims to evaluate an in-house quantitative RT-PCR for HCV RNA quantification in saliva. A total of 80 individuals (56 anti-HCV/HCV RNA + and 24 negative controls) donated serum and saliva, that were tested using an in-house quantitative PCR for HCV RNA. The median viral load was 4.77 log10 copies/mL (1.04-7.0 log10 copies/mL) in serum and 2.31 log10 copies/mL (1.0-3.84 log10 copies/mL) in saliva. A sensitivity of 80 % and specificity of 100 % were observed for HCV detection in saliva, which demonstrates the usefulness of in-house real-time PCR to quantify HCV RNA in saliva samples, which might increase the access of molecular diagnosis of HCV in laboratories that lack complex infrastructures for molecular testing and in individuals with poor venous access.

Análise filogenética da subfamília leishmaniinae e identificação taxonômica de isolados de lepidoptera pertencentes a família trypanosomatidae / Phylogenetic analysis of the leishmaniinae subfamily and taxonomic identification of lepidoptera isolates belonging to the trypanosomatidae family

A Classe Kinetoplastea abrange a ordem Trypanosomatida que apresenta uma única família: Trypanosomatidae. Os representantes dessa família possuem como apomorfia o cinetoplasto, DNA mitocondrial único e altamente compactado, e um único flagelo. A classificação taxonômica desses tripanossomatídeos fundamentada unicamente em caracteres morfológicos e nos seus ciclos de vida não reflete a diversidade genética e as relações evolutivas do grupo. Atualmente, as abordagens moleculares são rotineiramente empregadas para estudos filogenéticos e taxonômicos. Neste trabalho, realizamos uma revisão das relações filogenéticas entre os gêneros da subfamília Leishmaniinae para espécies selecionadas do gênero Leishmania, Paraleishmania e Endotrypanum (nomem dubium), além de analisar novos isolados oriundos de projetos de prospecção de biodiversidade da Coleção de Protozoários da Fiocruz (COLPROT) visando avaliar a ocorrência de tripanossomatídeos na ordem Lepidoptera. Para isto, foram sequenciados e analisados dois genes gGAPDH e 18S que possuem uma base de dados ampla disponível no Genbank e são difundidos como ferramenta taxonômica de tripanossomatídeos, embora sejam pouco explorados para resolver questões taxonômicas do gênero Leishmania. As análises corroboram com a proposição de criação de duas infrafamílias na subfamília Leishmaniinae. Na infrafamília Leishmaniatae, a análise concatenada das sequências dos genes demonstrou que esses genes não possuem boa resolução para identificar espécies do gênero Leishmania, mas permite a classificação em complexos e subgêneros

Também foi definida a sinonímia de uma cepa de Leishmania forattinii em Herpetomonas samuelpessoai. As análises também mostram que os gêneros Paraleishmania, Endotrypanum (nomen dubium) e Leishmania são filogeneticamente próximos entre si. Na infrafamília Crithidiatae, as análises mostram proximidades filogenéticas entre espécies de Crithidia e Leptomonas. Além disso, foi realizada a identificação taxonômica de 33 isolados de tripanosomatídeos obtidos de insetos da ordem Lepidoptera, sendo possível constatar três espécies já descritas na literatura: C. mellificae, C. thermophila e C. insperata; isolados representantes de seis OTUs possíveis candidatas a: i) novas espécies do gênero Crithidia (Crithidia sp1; Crithidia sp2; Crithidia sp3; Crithidia sp4); ii) uma nova espécie do gênero Strigomonas (Strigomonas sp.) e iii) um possível novo gênero (Trypanosomatidae sp.). Os resultados aqui apresentados indicam a necessidade da integração dos dados obtidos por análises moleculares com critérios bioquímicos, morfológicos e de interação parasito-hospedeiro para compreender melhor a filogenia e evolução da subfamília Leishmaniinae, assim como o aprofundamento da biodiversidade do grupo. (AU)