Patterns of genetic diversity in Colombia for 38 indels used in human identification.

The current population of Colombia has a genetic heterogeneity resulting from different migrations from other continents and within the country. In addition, there are small groups in their territory that have remained isolated and therefore have a different genetic pool in relation to that of the neighbouring urban populations. This population stratification must be considered in forensic analysis, being more complex for markers with marked intercontinental differentiation. In this study, population differentiation in Colombian admixed, native, and Afro-descendant populations was evaluated for a group of 38 indels described for forensic use. Allelic frequencies and parameters of forensic relevance were determined in each of the groups defined based on population differentiation analyses. In addition to the differences found between population groups, the results show that the set of 38 indels analysed could be useful in studies of individual identification in Colombia. The exclusion power presented by this set of markers suggests the need for joint use with other markers, being able to complement the STRs in paternity cases. High levels of both power of discrimination and exclusion were found when complementing the 38 HID-indels with a second multiplex, for a total of 83 indels.

[Mutations in the BRCA1 gene (185delAG and 5382insC) are not present in any of the 30 breast cancer patients analyzed from eastern Colombia]. / Análisis de las mutaciones más frecuentes del gen BRCA1 (185delAG y 5382insC) en mujeres con cancer de mama en Bucaramanga, Colombia.

INTRODUCTION: Breast cancer is considered a worldwide public health problem, and, in Santander Province, Colombia, it is the first leading cause of morbidity and mortality by cancer in women. All cancers are considered genetic diseases, and mutations in BRCA (BReast CAncer) genes raises the risk for breast cancer by 60%-80%. The current study searched for the two most frequent BRCA1 mutations reported in the Breast Cancer Core Information database. OBJECTIVE: The presence of specific mutations (185delAG, exon 2 and 5382insC, exon 20) was determined for the BRCA1 gene in women with familial/hereditary breast cancer. MATERIALS AND METHODS: The sample included 30 female patients using the oncology services in Bucaramanga, eastern Colombia; an informed consent, a questionnaire and a blood sample were obtained from each. The molecular analysis was done with PCR-Mismatch, to detect the insertion or eliminatation of a restriction site, and enzymatic digestion methods (Hinfl or Ddel). RESULTS: Two of the most frequent BRCA1 mutations in the international database were not found in the 30 patients studied. CONCLUSION: Additional mutation screening techniques are necessary involving the entire BRCA1 gene, are necessary in order to better characterize the molecular epidemiology of breast cancer in Bucaramanga, Santander, Colombia.

Prognostic Value of MMP-9 -1562 C/T Gene Polymorphism in Patients With Sepsis.

INTRODUCTION: Matrix metalloproteinase-9 (MMP-9) plays an important role in the pathophysiology of sepsis. A single-nucleotide polymorphism (SNP) at position -1562 (C/T) in the MMP-9 gene has been associated with differential MMP-9 expression, being higher when the -1562 T allele is present. We evaluated the association of the SNP MMP9 -1562 C/T with severity and mortality in patients with sepsis to establish whether the prognosis of the disease is affected. MATERIALS AND METHODS: A case-control study exploratory was carried out in a cohort of infected patients. 540 individuals were selected in total, 270 patients with sepsis and 270 controls (infected but non-septic), classified according to the 2016 consensus (Sepsis-3). The presence of the single-nucleotide polymorphism (SNP; allele T and/or allele C) was determined through analyses of restriction fragment length polymorphism and plasma levels of MMP-9 were determined through enzyme-linked immunosorbent assay immunoassay. RESULTS: SNP MMP-9 -1562 has two known alleles (T and C), with predominance of the C over the T allele; in the group of patients with sepsis, T allele was found in 7.2% of cases, while C allele in the rest (92.8%); in comparison, in the group of infected but non-septic patients, frequencies were 9.4% for T allele and 90.6% for the C allele (P = .33). Also, the presence of the polymorphic T allele was not related to the levels of MMP-9 in patients with sepsis in comparison with infected but non-septic patients 780 (397-1375) ng/mL vs 646 (172-1249) ng/mL (P = .64). There was also no association between the SNP and sepsis mortality (P = .78). CONCLUSIONS: We concluded that there was no association between the SNP MMP9 -1562 C/T and sepsis or between the SNP MMP9 -1562 C/T and sepsis mortality in the Northeastern Colombian septic patient cohort. Further research is needed to clarify the correlation among sepsis, genetic factors with allele T and MMP-9 plasma concentration.

Whole-exome sequencing enables rapid determination of xeroderma pigmentosum molecular etiology.

Xeroderma pigmentosum (XP) is a rare autosomal recessive disorder characterized by extreme sensitivity to actinic pigmentation changes in the skin and increased incidence of skin cancer. In some cases, patients are affected by neurological alterations. XP is caused by mutations in 8 distinct genes (XPA through XPG and XPV). The XP-V (variant) subtype of the disease results from mutations in a gene (XPV, also named POLH) which encodes for Polη, a member of the Y-DNA polymerase family. Although the presence and severity of skin and neurological dysfunctions differ between XP subtypes, there are overlapping clinical features among subtypes such that the sub-type cannot be deduced from the clinical features. In this study, in order to overcome this drawback, we undertook whole-exome sequencing in two XP sibs and their father. We identified a novel homozygous nonsense mutation (c.897T>G, p.Y299X) in POLH which causes the disease. Our results demonstrate that next generation sequencing is a powerful approach to rapid determination of XP genetic etiology.

Analysis of population genetic structure from Bucaramanga (Colombia) based on gene polymorphisms associated with the regulation of blood pressure.

INTRODUCTION: In spite of nearly 40% of variability in blood pressure being explained by genetic factors, the identification of genes associated with essential high blood pressure is difficult to determine in populations where individuals have different genetic backgrounds. In these circumstances it is necessary to determinate whether the population is sub-structured because this can bias studies associated with this disease. OBJECTIVE: TO DETERMINE THE GENETIC STRUCTURE OF THE POPULATION IN BUCARAMANGA FROM GENETIC POLYMORPHISMS ASSOCIATED WITH THE REGULATION OF BLOOD PRESSURE: 448G>T, 679C>T y 1711C>T from the gene kinase 4 of the dopaminergic receptor linked to the protein G and Glu298Asp, -786T>C and the VNTR of the intron 4 of the gene of endothelial nitric oxide. METHODS: A sample of 552 unrelated individuals was studied through analysis of restriction fragment length polymorphism. The allelic, haplotypic and genotypic frequencies were calculated, the Hardy-Weinberg equilibrium was determined and a molecular analysis of variance was performed to determine the genetic structure. RESULTS: Thirty-eight (38) Haplotypes were identified with GCCTG4b being the most frequent (21.2%). The most diverse polymorphism was 448G>T with a frequency of 49.9% for heterozygous. The six polymorphisms were found in genetic equilibrium and a genetic structure of populations was not evidenced (FST= 0.0038). CONCLUSION: The population studied does not present a genetic sub-structure and the polymorphisms analyzed were found in genetic equilibrium. This indicates that the population mixes randomly and there are no sub-groups capable of affecting the results of the association studies.

INTRODUCCIÓN: A pesar que cerca del 40% de la variabilidad en la presión arterial es explicada por factores genéticos, la identificación de genes asociados a la hipertensión arterial esencial es difícil en poblaciones constituidas por individuos con antecedentes genéticos diferentes; en esta circunstancia se debe determinar si la población está sub-estructurada porque esto puede sesgar los estudios de asociación con esta enfermedad. OBJETIVO: Determinar la estructura genética de la población de Bucaramanga a partir de polimorfismos genéticos asociados con la regulación de la presión arterial: 448G>T, 679C>T y 1711C>T del gen de la quinasa 4 del receptor dopaminérgico acoplado a proteína G y Glu298Asp, -786T>C y el VNTR del intrón 4 del gen de la sintasa de óxido nítrico endotelial. MÉTODOS: Se estudió una muestra de 552 individuos no relacionados mediante análisis de polimorfismos de longitud de fragmentos de restricción. Se calcularon las frecuencias alélicas, haplotípicas y genotípicas, se determinó el equilibrio de Hardy-Weinberg y se realizó un análisis molecular de varianza para determinar la estructura genética. RESULTADOS: Se identificaron 38 haplotipos siendo GCCTG4b el más frecuente (21.2%). El polimorfismo más diverso fue el 448G>T con una frecuencia de heterocigotos del 49.9%. Los seis polimorfismos se encontraron en equilibrio genético y no se evidenció estructura genética poblacional (FST = 0.0038). CONCLUSIÓN: La población estudiada no presenta subestructura genética y los polimorfismos analizados se encontraron en equilibrio genético, lo que indica que la población se mezcla aleatoriamente y no existen subgrupos que puedan afectar los resultados de estudios de asociación.

Analysis of population genetic structure from Bucaramanga (Colombia) based on gene polymorphisms associated with regulation of blood pressure / Análisis de la estructura genética poblacional a partir de polimorfismos de genes asociados con la regulación de la presión arterial en una muestra de Bucaramanga, Colombia

Introduction: In spite nearly 40% of the variability in blood pressure can be explained by genetic factors, the identification of genes associated to essential high blood pressure is difficult in populations where individuals have different genetic precedents; in these circumstances it is necessary to determinate whether the population is sub-structured because this can bias studies associated with this disease.Objectives: To determine the genetic structure of the population in Bucaramanga from genetic polymorphisms associated with the regulation of blood pressure: 448G>T, 679C>T y 1711C>T from the gene kinase 4 of the dopaminergic receptor linked to the protein G and Glu298Asp, -786T>C and the VNTR of the intron 4 of the gene of endothelial nitric oxide.Methodology: A sample of 552 unrelated individuals was studied through analysis of Restriction fragment length polymorphism. The allelic, haplotypic and genotypic frequencies were calculated, the Hardy-Weinberg equilibrium was determined and a molecular analysis of variance was performed to determine the genetic structure.Results: 38 Haplotypes were identified, with GCCTG4b as the most frequent (21.2%). The most diverse polymorphism was 448G>T with a frequency of 49.9% for heterozygous. The six polymorphisms were found in genetic equilibrium and genetic structure of populations was not evidenced (FST = 0,0038).Conclusion: The population studied does not present a genetic sub-structure and the polymorphisms analyzed were found in genetic equilibrium, this indicates that the population mixes randomly and there are no sub-groups capable of affecting the results of the association studies

Análisis de las mutaciones más frecuentes del gen BRCA1 (185delAG y 5382insC) en mujeres con cáncer de mama en Bucaramanga, Colombia / Mutations in the BRCA1 gene (185delAG and 5382insC) are not present in any of the 30 breast cancer patients analyzed from eastern Colombia

Introducción. El cáncer de mama es un problema de salud pública a nivel mundial y en Santander es la primera causa de morbimortalidad por cáncer en mujeres. Todo cáncer se considera una enfermedad genética y las mutaciones en los genes BRCA confieren un riesgo de 60% a 80% para el cáncer de mama. Este estudio consistió en buscar las dos mutaciones BRCA1 más frecuentes según la base de datos Breast Cancer Core Information. Objetivo. Determinar la presencia de mutaciones específicas (185delAG, exón 2, y 5382insC, exón 20) en el gen BRCA1 en mujeres con cáncer de mama heredo-familiar, atendidas en los diferentes servicios de oncología de Bucaramanga, Colombia. Materiales y métodos. La muestra incluyó 30 pacientes, de las cuales se obtuvo un consentimiento informado, un cuestionario dirigido y sangre venosa para los estudios moleculares. El análisis molecular se realizó mediante PCR-mismatch, para introducir o eliminar sitios de restricción, y digestión enzimática (HinfI o DdeI). Resultados. No se detectaron dos de las mutaciones más frecuentes en el gen BRCA1 en las 30 pacientes estudiadas. Conclusión. Se requieren más estudios en la región que abarquen la tamización de la totalidad del gen BRCA1, para hacer una mayor contribución al conocimiento de la epidemiología molecular del cáncer de mama en Bucaramanga, Santander, Colombia.

Introduction. Breast cancer is considered a worldwide public health problem, and, in Santander Province, Colombia, it is the first leading cause of morbidity and mortality by cancer in women. All cancers are considered genetic diseases, and mutations in BRCA (BReast CAncer) genes raises the risk for breast cancer by 60%-80%. The current study searched for the two most frequent BRCA1 mutations reported in the Breast Cancer Core Information database.Objective. The presence of specific mutations (185delAG, exon 2 and 5382insC, exon 20) was determined for the BRCA1 gene in women with familial/hereditary breast cancer. Materials and methods. The sample included 30 female patients using the oncology services in Bucaramanga, eastern Colombia; an informed consent, a questionnaire and a blood sample were obtained from each. The molecular analysis was done with PCR-Mismatch, to detect the insertion or eliminatation of a restriction site, and enzymatic digestion methods (HinfI or DdeI).Results. Two of the most frequent BRCA1 mutations in the international database were not found in the 30 patients studied. Conclusion. Additional mutation screening techniques are necessary involving the entire BRCA1 gene, are necessary in order to better characterize the molecular epidemiology of breast cancer in Bucaramanga, Santander, Colombia.

Análisis de la estructura genética en una muestra poblacional de Bucaramanga, departamento de Santander / An assessment of genetic structure in a Bucaramanga, department of Santander, population sample

Introducción: El fenómeno de sub-estructura en las poblaciones ha tenido desde hace varios años un abordaje amplio, que se enfocó, entre otros, en la identificación y cuantificación de la mezcla étnica presente en estudios de mapeo asociativo, para comprobar la asociación de marcadores polimórficos en el desarrollo de enfermedades comunes complejas, como responsable de falsos positivos. No obstante el reconocimiento de este problema, no se tiene suficiente información genética en el contexto nacional ni local que permita determinar la posible diferenciación de subgrupos poblacionales en cada región en particular. Objetivo: Determinar la estructura genética en una muestra poblacional de la ciudad de Bucaramanga, a partir del análisis de 19 marcadores microsatélites autosómicos en distintos subgrupos poblacionales. Metodología: De la base de datos del Laboratorio de Genética Humana de la Universidad Industrial de Santander, se seleccionaron aleatoriamente 350 muestras de ADN, y se amplificaron 19 marcadores autosómicos Short Tandem Repeat mediante los "kits Powerplex® 16 y FFFL (Promega)".Resultados: En el análisis de equilibrio Hardy Weinberg, no se obtuvieron diferencias estadísticamente significativas en 18 de 19 marcadores Short Tandem Repeat autosómicos analizados en la población de Bucaramanga. El único marcador que mostró no estar en equilibrio Hardy Weinberg en la población de Bucaramanga fue el F13B (valor de significancia de p=0.00264, después de aplicar la corrección de Bonferroni). Discusión: Las poblaciones representadas en los seis estratos socioeconómicos mostraron alta diversidad genética intragrupos, que ratificó una alta variabilidad entre los individuos de la ciudad de Bucaramanga, acorde con el bajo valor de FST entre distintos grupos, determinado en el análisis molecular de varianza con base en frecuencias alélicas observadas para los 19 Short Tandem Repeat analizados.

Introduction: The phenomenon of substructure in the populations has been greatly analyzed for several years, and it has been focused especially on the identification and quantification of ethnic mixture present in studies of associative mapping to verify the association of polymorphic markers in the development of complex and common diseases responsible for false positives. Nevertheless, despite the recognition of this issue, there is insufficient genetic information within the national or local contexts that allow assessing the possible differentiation of population sub-groups in each particular region. Objective: To determine the genetic structure in the city of Bucaramanga through the analysis of 19 autosomal microsatellite markers in different subgroups of the population. Methodology: A total of 350 DNA samples were randomly selected from the database of the Human Genetic Laboratory at Universidad Industrial de Santander by using Epi Info version 6.04 2001. Also, 19 Short Tandem Repeat markers were amplified using "kits Powerplex® 16 and FFFL (Promega)". Results: In the Hardy Weinberg equilibrium analysis (100 steps in Markov chain and 1000 dememorization steps), no statistically significant differences in 18 out of the 19 analyzed STRs markers in the population of Bucaramanga were obtained. A unique marker that proved not present in HWE in the population of Bucaramanga was the F13B (for a significance value of p=0.00264, after applying the Bonferroni correction). Discussion: The populations represented in the six socioeconomic levels presented high genetic diversity intragroups, which ratified the high variability among the individuals in this city according to the low value of FST for different groups, determined via the molecular analysis of variance based on the allelic frequencies observed for the 19 analyzed Short Tandem Repeats.

Etiología de la uretritis masculina: estudio en 100 pacientes / Etiology of masculine urethritis: study of 100 patients

Estudiamos 100 pacientes con síntomas de uretritis, que acudieron a la Clínica del Hombre de Profamilia, para determinar la frecuencia con que se presentan Neisseira gonorrhoeae y Chlamydia trachomatis como agentes etiológicos de esta enfermedad. El diagnóstico de N. Gonorrhoeae se realizó por cultivo en Thayer Martin y el de C. trachomatis por cultivo en células McCoy y por ELISA. También se practicó un extendido y se coloréo con Gram para determinar la reacción leucocitaria y la presencia de diplococos Gram negativos intracelulares. El 57 por ciento de los pacientes tenían antecedentes de uretritis, el 75 por ciento presentaban disuria y el 72 por ciento decían tener secreción uretral pero ésta sólo se comprobó en 47 por ciento del total. La N. gonorrhoeae se aisló en 13 pacientes todos los cuales presentaron en el extendido >5 PMN x cm; en 12 se notó la presenciade diplococos Gram negativos intracelulares. en 27 pacientes se diagnosticó C. trachomatis, 11 fueron positivos por las dos técnicas, 15 por ELISA y 1 por cultivo; la reacción leucocitaria determinada en el extendido fue variable. En un paciente se aislaron los dos microorganismos. Nuestros resultados señalan la importancia de la infección por C. trachomatis en la población masculina y la necesidad de realizar un diagnóstico adecuado por el laboratorio

Valoración de la determinación de anticuerpos anti-Chlamydia trachomatis como método diagnóstico / Assessment of anti - Chlamydia trachomatis antibodies determination as a diagnostic method

La determinación de anticuerpos anti-Chlamydia con fines diagnósticos ha sido empleada por varios investigadores con resultados contradictorios. Decidimos por tal motivo valorar dicha prueba, en una población de 52 pacientes con diagnóstico de cervicitis por C. trachomatis y 167 controles. Empleamos la técnica de inmunofluorescencia indirecta y los sueros diluidos al 1:8 y 1:16 en solución salina buffer. En las 52 pacientes diagnosticadas por cultivo detectamos anticuerpos en 20 y en el grupo control en 66, lo cual determinó para la serología cualitativa como método diagnóstico una sensibilidad del 38 por ciento, una especificidad del 60 por ciento, un valor predictivo positivo del 23 por ciento, un valor predictivo negativo del 76 por ciento y una eficiencia de la prueba del 55 por ciento. Lo anterior nos indica que la determinación de anticuerpos anti-Chlamydia no debe ser empleada como método diagnóstico para determinar la infección cervical activa por C. trachomatis

Endocarditis bacteriana causada por Corynebacterium diphtheriae biotipo gravis, no toxigénico: informe de un caso / Bacterial endocarditis caused for a non-toxigenic Corynebacterium diphtheriae, biotype gravis: Case repor

Se presenta el caso de un niño de 9 años, atendido en el Hospital Erazmo Meoz de Cúcuta, entre el 22 de noviembre de 1995 y el 18 de diciembre del mismo año, con diagnóstico de anemia, síndrome mielodisplásico y endocarditis bacteriana. En los hemocultivos, se aisló un bacilo grampositivo, identificado inicialmente como Listeria monocytogenes. El aislamiento fue enviado al Laboratorio de Referencia de Microbiología del INS para confirmación, en donde se identificó la bacteria como Corynebacterium diphtheriae, biotipo gravis, no toxigénico. No fue posible realizar el seguimiento del paciente debido a que los padres solicitaron su salida voluntaria de la institución

Diagnóstico bacteriólogico del cólera: actividades del Laboratorio Nacional de Referencia / Bacteriological diagnosis of cholera: activities of the National Reference Laboratory

De acuerdo con las recomendaciones de la Organización Mundial de la Salud (OMS), en un área con riesgo de cólera se debe establecer un Laboraroio Nacional de Referencia. Durante la actual epidemia de cólera el grupo de Microbiología del Instituto Nacional de Salud asumió la responsabilidad de entrenar personal de laboratorio, suministrar materiales para el diagnóstico bacteriológico y desarrollar un programa de garantía de calidad. Todos los Servicios de Salud participaron en el taller de adiestramiento. Durante los 23 meses del brote (febrero 1991 a diciembre de 1992) se han aislado e identificado 1412 cepas de Vibrio cholera 01 (empleando el agar TCBS, las pruebas de la oxidasa, cuerda y aglutinación) de 5032 muestras procedentes de 32 de los 33 Servicios de Salud y se han confrmado 1919 cepas, enviadas por 22 laboratorios regionales; de las 3331 cepas, 3302 (99,13 por ciento) subtipo Inaba y 29 (0,87 por ciento) subtipo Ogawa. Veinte cepas, aisladas en diferentes regiones fueron caracterizadas por sus propiedades bioquímicas e inmunológicas y en 5 de ellas se determinó el biotipo y la producción de toxina. Los resultados identificaron a las cepas como V. cholerae 01, biotipo El Tor, toxogénicas. Las 138 cepas en las que se determinó la susceptibilidad antimicrobiana mostraron sensibilidad a la tetraciclina. Nuestra experiencia previa en el programa de Bacteriología Clínica nos permitió asumir la responsabilidad de Laboratorio Nacional de Referencia

Susceptibilidad de aislamientos de Neisseria gonorrhoeae a la penicilina y a la tetraciclina / Neisseria gonorrhoae isolat susceptibility to penicillin and tetracycline

La vigilancia de la susceptibilidad antimicrobiana de los aislamientos de Neisseria gonorrhoeae es necesaria, debido a la capacidad de este patógeno para desarrollar resistencia por varios mecanismos, con las consecuentes fallas en el tratamiento. En un trabajo anterior, realizado en el Laboratorio de Microbiología del Instituto Nacional de Salud, en el que se empleó la prueba de difusión de disco (Kirby-Bauer), se determinó en 43 aislamientos de N. gonorrheae no productores de beta-lactamasa, susceptibilidad intermedia a la penicilina en 42 y resistencia a la tetraciclina en 26. Por tal razón, se decidió establecer en todos los aislamientos de N. gonorrhoeae, remitidos al INS como parte del programa de red de ETS bacterianas, los niveles de resistencia a la penicilina y a la tetraciclina, expresados como la concentración inhibitoria mínima (CIM). De 100 aislamientos estudiados, 49 fueron no productores de beta-lactamasa (NPBL) y 51 productores (PBL). La CIM de la penicilina de los aislamientos NPBL fue menor o igual a 0,06 µg/mL (sensible) en 3; de 0,12-1 µg/mL (intermedia) en 41; y mayor o igual a 2 µg/mL en 5. La CIM de los aislamientos PBL señaló que 4 eran intermedios y 47 resistentes. La CIM de tetraciclina fue menor o igual a 0,25 µg/mL (sensible) en 4, de 0,5 a µg/mL (intermedia) en 18 y mayor o igual a 2 µg/mL (resistente) en 78. Los datos destacan la importancia de mantener la vigilancia de la resistencia de N. gonorrhoeae a estos antimicrobianos para que, con base en ellos, se replanteen los esquemas de tratamiento