Harnessing the potential of integrated systematics for conservation of taxonomically complex, megadiverse plant groups.

The value of natural history collections for conservation science research is increasingly recognized, despite their well-documented limitations in terms of taxonomic, geographic, and temporal coverage. Specimen-based analyses are particularly important for tropical plant groups for which field observations are scarce and potentially unreliable due to high levels of diversity-amplifying identification challenges. Specimen databases curated by specialists are rich sources of authoritatively identified, georeferenced occurrence data, and such data are urgently needed for large genera. We compared entries in a monographic database for the large Neotropical genus Myrcia in 2007 and 2017. We classified and quantified differences in specimen records over this decade and determined the potential impact of these changes on conservation assessments. We distinguished misidentifications from changes due to taxonomic remodeling and considered the effects of adding specimens and georeferences. We calculated the potential impact of each change on estimates of extent of occurrence (EOO), the most frequently used metric in extinction-risk assessments of tropical plants. We examined whether particular specimen changes were associated with species for which changes in EOO over the decade were large enough to change their conservation category. Corrections to specimens previously misidentified or lacking georeferences were overrepresented in such species, whereas changes associated with taxonomic remodeling (lumping and splitting) were underrepresented. Among species present in both years, transitions to less threatened status outnumbered those to more threatened (8% vs 3%, respectively). Species previously deemed data deficient transitioned to threatened status more often than to not threatened (10% vs 7%, respectively). Conservation scientists risk reaching unreliable conclusions if they use specimen databases that are not actively curated to reflect changing knowledge.

Empleo del Potencial de la Sistemática Integrada para la Conservación de Grupos Botánicos Complejos y Megadiversos Resumen Cada vez se reconoce más el valor que tienen las colecciones de historia natural para la investigación dentro de la ciencia de la conservación, a pesar de las limitaciones en la documentación adecuada de la cobertura taxonómica, geográfica y temporal. Los análisis con base en especímenes son de particular importancia en los grupos de plantas tropicales, para los cuales las observaciones en el campo son escasas y potencialmente de poca confianza debido la gran cantidad de retos de identificación que amplifican la diversidad. Las bases de datos de especímenes que son curadas por especialistas son fuentes abundantes de datos identificados autoritativamente y de distribución georeferenciada, por lo que es urgente la necesidad de dichos datos para géneros extensos. Comparamos las entradas en una base de datos monográfica para el género neotropical extenso Myrcia en 2007 y en 2017. Clasificamos y cuantificamos las diferencias en los registros de especímenes durante esta década y determinamos el impacto potencial de estos cambios sobre las evaluaciones de conservación. Separamos las identificaciones erróneas de los cambios causados por la remodelación taxonómica y consideramos los efectos de la adición de especímenes y de georeferencias. Calculamos el impacto potencial de cada cambio sobre las estimaciones de la extensión de la distribución (EOO, en inglés), la medida que se utiliza con mayor frecuencia en las valoraciones del riesgo de extinción de las plantas tropicales. Examinamos si los cambios en un espécimen particular estuvieron asociados con especies para las cuales los cambios en la EOO durante la década fueron lo suficientemente amplios para cambiarles la categoría de conservación. Las correcciones hechas a especímenes previamente mal identificados o carentes de georeferencias estuvieron sobre-representadas en dichas especies, mientras que los cambios asociados con la remodelación taxonómica (agrupamiento y separación) estuvieron sub-representados. Entre las especies presentes en ambos años, las transiciones hacia un estado de conservación con menor amenaza superaron en cantidad a aquellas hacia un estado de mayor amenaza (8% vs 3%, respectivamente). Las especies que con anterioridad se clasificaban como deficientes de datos tuvieron más transiciones hacia el estado de amenazadas que hacia el estado de no amenazadas (10% vs 7%, respectivamente). Los científicos de la conservación corren el riesgo de llegar a conclusiones poco confiables si utilizan bases de datos de especímenes que no sean actualizadas para reflejar el conocimiento cambiante.

A surprising finding: The curious case of a tongue lesion misdiagnosed as paracoccidioidomycosis.

BACKGROUND: Paracoccidioidomycosis is an endemic mycosis caused by members of the Paracoccidioides genus. Brazil remains the focus area and, to a lesser extent, the disease has been reported from Argentina, Colombia and Venezuela. AIMS: A Venezuelan Paracoccidioides brasiliensis strain, isolated from a patient diagnosed with chronic multifocal paracoccidioidomycosis, was subjected to whole genome sequencing to provide more insight about Paracoccidioides outside the endemic focus area. METHODS: P. brasiliensis strain CBS 118890 was whole genome sequenced using nanopore; library preparation with the 'native barcoding genomic DNA kit' was followed by sequencing on Flongle and MinION flowcells. Batches of strain CBS 118890 were re-identified by sequencing the internal transcribed spacer (ITS) region, and final identification was made based on phylogenetic analysis. RESULTS: Surprisingly, the Venezuelan P. brasiliensis strain CBS 118890 turned out to be a Nannizziopsis species. The batches of this strain were ITS sequenced followed by phylogenetic analysis and resulted in the final identification of Nannizziopsis arthrosporioides. CONCLUSIONS: Nannizziopsis infections are commonly seen in a wide variety of reptiles, but are particularly rare in human infections. This case underlines the need for molecular characterization of cases that clinically mimic paracoccidioidomycosis but that are serologically negative for Paracoccidioides.

A surprising finding: The curious case of a tongue lesion misdiagnosed as paracoccidioidomycosis / Un hallazgo inesperado: el curioso caso de una lesión en la lengua diagnosticada erróneamente como paracoccidioidomicosis

Background: Paracoccidioidomycosis is an endemic mycosis caused by members of the Paracoccidioides genus. Brazil remains the focus area and, to a lesser extent, the disease has been reported from Argentina, Colombia and Venezuela. Aims: A Venezuelan Paracoccidioides brasiliensis strain, isolated from a patient diagnosed with chronic multifocal paracoccidioidomycosis, was subjected to whole genome sequencing to provide more insight about Paracoccidioides outside the endemic focus area. Methods: P. brasiliensis strain CBS 118890 was whole genome sequenced using nanopore; library preparation with the ‘native barcoding genomic DNA kit’ was followed by sequencing on Flongle and MinION flowcells. Batches of strain CBS 118890 were re-identified by sequencing the internal transcribed spacer (ITS) region, and final identification was made based on phylogenetic analysis. Results: Surprisingly, the Venezuelan P. brasiliensis strain CBS 118890 turned out to be a Nannizziopsis species. The batches of this strain were ITS sequenced followed by phylogenetic analysis and resulted in the final identification of Nannizziopsis arthrosporioides. Conclusions: Nannizziopsis infections are commonly seen in a wide variety of reptiles, but are particularly rare in human infections. This case underlines the need for molecular characterization of cases that clinically mimic paracoccidioidomycosis but that are serologically negative for Paracoccidioides.(AU)

Antecedentes: La paracoccidioidomicosis es una micosis endémica causada por especies del género Paracoccidioides. Brasil sigue siendo el área con la mayor incidencia y, en menor medida, se ha informado de casos en Argentina, Colombia y Venezuela. Objetivos: Una cepa venezolana de Paracoccidioidesbrasiliensis, obtenida de un paciente diagnosticado con paracoccidioidomicosis multifocal crónica, se sometió a secuenciación completa del genoma para obtener más información sobre Paracoccidioides fuera del área de foco endémico. Métodos: Se secuenció el genoma completo de la cepa CBS 118890 de P. brasiliensis mediante la técnica de secuenciación de nanoporos; tras la preparación de la librería con el «native barcoding genomic DNA kit» se procedió a la secuenciación con el Flongle y MinION flowcells. Los lotes de la cepa CBS 118890 se volvieron a identificar mediante la secuenciación de la región del espaciador transcrito interno (ITS), y la identificación final se realizó en función del análisis filogenético. Resultados: Sorprendentemente, la cepa venezolana P. brasiliensis CBS 118890 resultó ser una especie de Nannizziopsis. Los lotes de esta cepa se secuenciaron mediante ITS seguido de un análisis filogenético y dieron como resultado la identificación de la especie Nannizziopsis arthrosporioides. Conclusiones: Las infecciones por Nannizziopsis se observan comúnmente en una amplia variedad de reptiles, pero son particularmente raras en infecciones humanas. Este caso subraya la necesidad de la caracterización molecular de los casos que clínicamente reflejan paracoccidioidomicosis, pero que son serológicamente negativos para Paracoccidioides.(AU)

Odontología Forense II: La Identificación Inequívoca / Forensic Dentistry II: The Positive Identification

La identificación de cadáveres con importante deterioro debe poseer validez científica, fiabilidad y aplicabilidad en un plazo razonable de tiempo. Entre los métodos primarios, los análisis comparativos odontológicos son apropiados para este fin cuando puede contarse con dos informaciones cotejables: la proveniente de fichas y registros previos de la supuesta víctima ­información antemortem (AM)-, y la obtenida de los restos ­información postmortem (PM). Tras esta comparación, el odontólogo forense podrá concluir en una identificación inequívoca cuando existe una certeza absoluta de que los datos PM y AM pertenecen a una misma persona. Este procedimiento depende no solo de la resistencia de los tejidos dentarios o sus caracteres individuales, sino también de la disponibilidad, calidad y adecuado procesamiento de toda la información AM y PM disponible. Los errores críticos, aquellos que pueden llevar a una identificación errónea o una falsa exclusión, pueden ser resultado de la ausencia de estándares, la falta de competencia de los profesionales actuantes y el ocultamiento o el fraude. Todas estas situaciones han sido tan reportadas históricamente tanto como los éxitos, aunque escasamente divulgadas en la literatura de habla hispana. Dado que aún en las mejores planificaciones, cada incidente negativo supone un gran desafío de resolución y experiencia, se presenta una revisión de casos y tópicos inherentes a la identificación odontológica, sus necesidades, postulados, limitaciones y nuevos paradigmas, con el objeto de optimizar la flexibilidad y la coordinación necesarias para promover un odontólogo forense no solo idóneo sino también moderado y observador, cualidades necesarias del perito.

The identification of destructed human bodies must have scientific validity, reliability and applicability in a reasonable time frame. Between the primary methods, the comparative dental analyses are useful to this aim when two types of data are available to compare: the one obtained from previous records of the supposed victim ­ the antemortem data (AM)-, and the obtained of the remains ­ the postmortem data (PM). After this match, the forensic odontologist will be able to conclude in a positive identification when the AM and PM data match in sufficient detail to establish that they are from the same individual. This procedure depends not only on the resistance of the dental tissues or their individual characters, but also on the availability, quality and suitable processing of all the available AM and PM data. The critical errors, which can lead to misidentifications or false exclusions, can be a result of the absence of standards, the lack of professional competencies, hiding or fraud. All these circumstances have been reported historically as well as the successes, but scantily informed in the Spanish literature. Since that, still in the best planning, every negative incident supposes a great challenge of resolution and experience. In this paper we present a review on cases and topics inherent to the dental identification, its needs, postulates, limitations and new paradigms to optimize the necessary flexibility and coordination to promote a forensic odontologist not only competent but also moderate and alert, necessary qualities of the expert witness.