Novel neural network application for bacterial colony classification.

BACKGROUND: Bacterial colony morphology is the first step of classifying the bacterial species before sending them to subsequent identification process with devices, such as VITEK 2 automated system and mass spectrometry microbial identification system. It is essential as a pre-screening process because it can greatly reduce the scope of possible bacterial species and will make the subsequent identification more specific and increase work efficiency in clinical bacteriology. But this work needs adequate clinical laboratory expertise of bacterial colony morphology, which is especially difficult for beginners to handle properly. This study presents automatic programs for bacterial colony classification task, by applying the deep convolutional neural networks (CNN), which has a widespread use of digital imaging data analysis in hospitals. The most common 18 bacterial colony classes from Peking University First Hospital were used to train this framework, and other images out of these training dataset were utilized to test the performance of this classifier. RESULTS: The feasibility of this framework was verified by the comparison between predicted result and standard bacterial category. The classification accuracy of all 18 bacteria can reach 73%, and the accuracy and specificity of each kind of bacteria can reach as high as 90%. CONCLUSIONS: The supervised neural networks we use can have more promising classification characteristics for bacterial colony pre-screening process, and the unsupervised network should have more advantages in revealing novel characteristics from pictures, which can provide some practical indications to our clinical staffs.

Aspectos morfológicos dos biofilmes microbianos na osteomielite crônica supurativa e correlaçöes endodôntica e parendodôntica / Morphological aspects of microbial biofilms in suppurative chronic osteomyelitis and endodontic and periradicular surgery correlations

Com o objetivo de analisar a distribuiçäo das bactérias nas estruturas ósseas, utilizaram-se 20 casos de osteomielites crônicas supurativas. Utilizou-se da microscopia óptica em cortes corados pelas técnicas da H.E. e de Brown e Brenn. Os resultados evidenciaram bactérias Gram-positivas e Gram-negativas nas superfícies ósseas, nos osteoplastos, nos canais de Havers e de Volkmann e nos tecidos moles adjacentes. Inferiu-se que em lesäo periapical inflamatória o componente bacteriano pode se localizar em regiöes inacessíveis das estruturas ósseas, mesmo quando da realizaçäo de cirurgias parendodônticas. Concluiu-se que nas osteomielites crônicas supurativas as bactérias envolvem todas estruturas ósseas comprometidas organizando-se em colônias e em biofilmes microbianos, como estratégia de sobrevivência frente aos mecanismos de defesa do hospedeiro

Uso de probióticos, prebióticos y simbióticos en patología humana: efectos preventivos y terapéuticos / Use of probiotics, prebiotics and synbiotics in human pathology: preventive and therapeutic efects

Los probióticos son microorganismos vivos que al ser ingeridos producen un efecto favorable sobre la salud humana, al poder prevenir o tratar determinadas patologías (diarrea aguda, diarrea del viajero, diarrea por antibióticos, alergia gastrointestinal, colon irritable, candidiasis vaginal, helicobacter pylori, enfermedad inflamatoria intestinal, sobrecrecimiento bacteriano intestinal, prevención del cáncer, reducción del colesterol, intolerancia a la lactosa, enterocolitis necrotizante).Deben poseer una serie de condiciones: procedencia humana, no ser patógenos, alta resistencia a su paso por el intestino, capacidad de adhesión a las mucosas, supervivencia en el ecosistema intestinal, respuesta inmune, prevención de la adhesión y colonización de patógenos, poder ser utilizados tecnológicamente.Los prebióticos son moléculas fermentables que poseen un efecto favorable sobre la flora intestinal, al estar dirigidos selectivamente al crecimiento y/o actividad de los probióticos.Los simbióticos son una mezcla de probióticos y prebióticos, mejorando la supervivencia, el crecimiento y la efectividad de los probióticos (AU)

Influência da temperatura ambiental na natureza e potencial deteriorador da microbiota bacteriana de peixes em ambientes lacustres tropicais / Influence of environmental temperature on type and spoilage potential of bacterial microflora of tropical fish in rearing ponds

Foram estudados a influência da temperatura ambiental na natureza e o potencial deteriorador da microbiota bacteriana na água e peixes tropicais em tanques de criaçäo na regiäo de Pindamonhangaba-Säo Paulo, Brasil. Constatou-se haver uma sensível predominância de uma microbiota mesófila comparativamente à psicrotrófila. No entanto, näo foram caracterizadas variaçöes quantitativas marcantes nas populaçöes ao longo das diferentes épocas do ano. A presença de Aeromonas hydrofila e de microrganismos produtores de H2S foi relativamente constante, embora em populaçöes reduzidas e sem variaçöes acentuadas nas diferentes épocas do ano. Pela inoculaçäo dos microrganismos do muco superficial dos peixes em caldo de extrato de músculo e caldo tripticase-soja, seguido de incubaçäo a 4 graus centígrados, constatou-se a lenta multiplicaçäo dos contaminantes, tanto microrganismos psicrotrófilos como os produtores de H2S, raramente sendo alcançadas populaçöes superiores a 10(3) UFC/ml após 5 dias de incubaçäo. No entanto, verificou-se haver uma influência de temperatura prevalente no ambiente aquático oscilou entre 20 - 25 graus centígrados houve um incremento de 3,3 ciclos log na microbiota psicrotrófila após incubaçäo a 4 graus centígrados durante 7 dias, ao passo que este incremento reduziu-se a 1,67 ciclos log quando a temperatura original da água oscilou entre 25 e 30 graus centígrados