Comparing and combining implicit ligand sampling with multiple steered molecular dynamics to study ligand migration processes in heme proteins.

Forti, Flavio; Boechi, Leonardo; Estrin, Dario A; Marti, Marcelo A

Forti, Flavio; Boechi, Leonardo; Estrin, Dario A; Marti, Marcelo A.

Afiliação

Forti F; Department de Fisicoquimica and Institut de Biomedicina (IBUB), Facultat de Farmàcia, Universitat de Barcelona, Barcelona, Spain.

J Comput Chem ; 32(10): 2219-31, 2011 Jul 30.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-21541958

Assuntos

Hemeproteínas/química; Ligantes; Monóxido de Carbono/química; Cinética; Simulação de Dinâmica Molecular; Óxido Nítrico/química; Oxigênio/química; Termodinâmica

Palavras-chave

AMBER; CO; ILS; MD; MSMD; NO; O2; cavities; docking sites; free energy profile; implicit ligand sampling; ligand migration; molecular dynamics; multiple steered molecular dynamics; nitrophorin; proteins; truncated haemoglobin; tunnels; xenon sites

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Texto completo: 1 Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Hemeproteínas / Ligantes Idioma: En Ano de publicação: 2011 Tipo de documento: Article

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