Investigating the effect of charged amino acids on DNA conformation in EcoRI-DNA complex: a molecular dynamics simulation study.

Ramachandrakurup, Sreelakshmi; Ammapalli, Sumanth; Ramakrishnan, Vigneshwar

Ramachandrakurup, Sreelakshmi; Ammapalli, Sumanth; Ramakrishnan, Vigneshwar.

Afiliação

Ramachandrakurup S; a School of Chemical and Biotechnology , SASTRA University , Thanjavur 613401 , India.
Ammapalli S; a School of Chemical and Biotechnology , SASTRA University , Thanjavur 613401 , India.
Ramakrishnan V; a School of Chemical and Biotechnology , SASTRA University , Thanjavur 613401 , India.

J Biomol Struct Dyn ; 35(16): 3540-3554, 2017 Dec.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-27935429

Assuntos

Arginina/química; Ácido Aspártico/química; DNA/química; Desoxirribonuclease EcoRI/química; Escherichia coli/química; Lisina/química; Motivos de Aminoácidos; Sítios de Ligação; Ligação de Hidrogênio; Cinética; Simulação de Dinâmica Molecular; Conformação de Ácido Nucleico; Ligação Proteica; Domínios e Motivos de Interação entre Proteínas; Estrutura Secundária de Proteína; Eletricidade Estática; Termodinâmica

Palavras-chave

DNA kinks; essential dynamics; inner product matrix; molecular dynamics; partial neutralization

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Texto completo: 1 Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Arginina / DNA / Desoxirribonuclease EcoRI / Ácido Aspártico / Escherichia coli / Lisina Idioma: En Ano de publicação: 2017 Tipo de documento: Article

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