Phylogenomic inferences from reference-mapped and de novo assembled short-read sequence data using RADseq sequencing of California white oaks (Quercus section Quercus).

Fitz-Gibbon, Sorel; Hipp, Andrew L; Pham, Kasey K; Manos, Paul S; Sork, Victoria L

Fitz-Gibbon, Sorel; Hipp, Andrew L; Pham, Kasey K; Manos, Paul S; Sork, Victoria L.

Afiliação

Fitz-Gibbon S; a Institute of Genomics and Proteomics, University of California, Los Angeles, CA 90095, USA.
Hipp AL; b The Morton Arboretum, 4100 Illinois Route 53, Lisle, IL 60532-1293, USA.
Pham KK; c The Field Museum, 1400 S Lake Shore Drive, Chicago, IL 60605, USA.
Manos PS; b The Morton Arboretum, 4100 Illinois Route 53, Lisle, IL 60532-1293, USA.
Sork VL; d Department of Plant Biology, Michigan State University, East Lansing, MI 48824-1312, USA.

Genome ; 60(9): 743-755, 2017 Sep.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-28355490

Assuntos

Quercus/genética; California; DNA de Plantas; Variação Genética; Filogenia; Quercus/classificação; Análise de Sequência de DNA

Palavras-chave

GATK; PyRAD; de novo clustering; groupement de novo; identification de variants; phylogenetics; phylogénétique; restriction-site associated DNA sequencing; séquençage de l'ADN associé aux sites de restriction; variant discovery

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Texto completo: 1 Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Quercus País como assunto: America do norte Idioma: En Ano de publicação: 2017 Tipo de documento: Article

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