Interactive Visual Exploration of 3D Mass Spectrometry Imaging Data Using Hierarchical Stochastic Neighbor Embedding Reveals Spatiomolecular Structures at Full Data Resolution.

Abdelmoula, Walid M; Pezzotti, Nicola; Hölt, Thomas; Dijkstra, Jouke; Vilanova, Anna; McDonnell, Liam A; Lelieveldt, Boudewijn P F

Abdelmoula, Walid M; Pezzotti, Nicola; Hölt, Thomas; Dijkstra, Jouke; Vilanova, Anna; McDonnell, Liam A; Lelieveldt, Boudewijn P F.

Afiliação

Abdelmoula WM; Division of Image Processing, Department of Radiology, Leiden University Medical Center , 2333 ZA Leiden, The Netherlands.
Pezzotti N; Department of Neurosurgery, Brigham and Women's Hospital, Harvard Medical School , Boston, Massachusetts 02115, United States.
Hölt T; Computer Graphics and Visualization Group, Faculty of EEMCS, Delft University of Technology , 2628 CN Delft, The Netherlands.
Dijkstra J; Computer Graphics and Visualization Group, Faculty of EEMCS, Delft University of Technology , 2628 CN Delft, The Netherlands.
Vilanova A; Division of Image Processing, Department of Radiology, Leiden University Medical Center , 2333 ZA Leiden, The Netherlands.
McDonnell LA; Computer Graphics and Visualization Group, Faculty of EEMCS, Delft University of Technology , 2628 CN Delft, The Netherlands.
Lelieveldt BPF; Fondazione Pisana per la Scienza ONLUS , 56121 Pisa, Italy.

J Proteome Res ; 17(3): 1054-1064, 2018 03 02.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-29430923

Assuntos

Imageamento Tridimensional/métodos; Imagem Molecular/métodos; Proteômica/métodos; Espectrometria de Massas por Ionização e Dessorção a Laser Assistida por Matriz/métodos; Animais; Carcinoma de Células Escamosas/química; Carcinoma de Células Escamosas/metabolismo; Carcinoma de Células Escamosas/ultraestrutura; Neoplasias Colorretais/química; Neoplasias Colorretais/metabolismo; Neoplasias Colorretais/ultraestrutura; Humanos; Imageamento Tridimensional/instrumentação; Rim/química; Rim/metabolismo; Rim/ultraestrutura; Camundongos; Imagem Molecular/instrumentação; Neoplasias Bucais/química; Neoplasias Bucais/metabolismo; Neoplasias Bucais/ultraestrutura; Redução Dimensional com Múltiplos Fatores; Pâncreas/química; Pâncreas/metabolismo; Pâncreas/ultraestrutura; Placa Aterosclerótica/química; Placa Aterosclerótica/metabolismo; Placa Aterosclerótica/ultraestrutura; Proteômica/instrumentação; Espectrometria de Massas por Ionização e Dessorção a Laser Assistida por Matriz/instrumentação; Processos Estocásticos

Palavras-chave

3D MSI; HSNE; data analysis; nonlinear dimensionality reduction; proteomics; segmentation; t-SNE

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Texto completo: 1 Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Espectrometria de Massas por Ionização e Dessorção a Laser Assistida por Matriz / Imageamento Tridimensional / Proteômica / Imagem Molecular Tipo de estudo: Prognostic_studies Limite: Animals / Humans Idioma: En Ano de publicação: 2018 Tipo de documento: Article

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