Nanopore sequencing and full genome de novo assembly of human cytomegalovirus TB40/E reveals clonal diversity and structural variations.

Karamitros, Timokratis; van Wilgenburg, Bonnie; Wills, Mark; Klenerman, Paul; Magiorkinis, Gkikas

Karamitros, Timokratis; van Wilgenburg, Bonnie; Wills, Mark; Klenerman, Paul; Magiorkinis, Gkikas.

Afiliação

Karamitros T; Department of Zoology, University of Oxford, Oxford, United Kingdom. tkaram@pasteur.gr.
van Wilgenburg B; Public Health Laboratories, Department of Microbiology, Hellenic Pasteur Institute, 127 Vas Sofias Ave, 11527, Athens, Greece. tkaram@pasteur.gr.
Wills M; Nuffield Department of Clinical Medicine, University of Oxford, Oxford, United Kingdom.
Klenerman P; Department of Medicine, University of Cambridge, Cambridge, United Kingdom.
Magiorkinis G; Nuffield Department of Clinical Medicine, University of Oxford, Oxford, United Kingdom.

BMC Genomics ; 19(1): 577, 2018 Aug 02.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-30068288

Assuntos

Citomegalovirus/genética; Genoma Viral; Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala/métodos; Análise de Sequência de DNA/métodos; Algoritmos; Linhagem Celular; Evolução Molecular; Tamanho do Genoma; Humanos; Nanoporos

Palavras-chave

Human cytomegalovirus; MinION; Mutation; Nanopore; Quasi-species; Recombination; Variable number tandem repeats; de novo assembly

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Texto completo: 1 Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Genoma Viral / Análise de Sequência de DNA / Citomegalovirus / Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala Limite: Humans Idioma: En Ano de publicação: 2018 Tipo de documento: Article

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