Validation of Semantic Analyses of Unstructured Medical Data for Research Purposes.

ABSTRACT

HINTERGRUND In Sekundärdaten existieren oftmals unstrukturierte Freitexte. In dieser Arbeit wird ein Text-Mining-System validiert, um unstrukturierte medizinische Daten für Forschungszwecke zu extrahieren. METHODEN Aus einer radiologischen Klinik wurden aus 7102 CT-Befunden 1000 zufällig ausgewählt. Diese wurden von 2 Medizinern manuell in definierte Befundgruppen eingeteilt. Zur automatisierten Verschlagwortung und Klassifizierung wurde die Textanalyse-Software Averbis Extraction Platform (AEP) eingesetzt. Besonderheiten des Systems sind u. a. eine morphologische Analyse zur Zerlegung zusammengesetzter Wörter sowie die Erkennung von Nominalphrasen, Abkürzungen und negierten Aussagen. Anhand der extrahierten standardisierten Schlüsselwörter werden Befundberichte mithilfe maschineller Lernverfahren den vorgegebenen Befundgruppen zugeordnet. Zur Bewertung von Reliabilität und Validität des automatisierten Verfahrens werden die automatisierten und 2 unabhängige manuelle Klassifizierungen in mehreren Durchläufen auf Übereinstimmungen hin verglichen. ERGEBNISSE Die manuelle Klassifizierung war zu zeitaufwendig. Bei der automatisierten Verschlagwortung stellte sich in unseren Daten die Klassifizierung nach ICD-10 als ungeeignet heraus. Ebenfalls zeigte sich, dass die Stichwortsuche keine verlässlichen Ergebnisse liefert. Computerunterstütztes Textmining in Kombination mit maschinellem Lernen führte zu verlässlichen Klassifizierungen. Die Inter-Rater-Reliabilität der beiden manuellen Klassifizierungen, sowie der maschinellen und der manuellen Klassifizierung war sehr hoch. Beide manuelle Klassifizierungen stimmten in 93% aller Befunde überein. Der Kappa-Koeffizient beträgt 0,89 [95% Konfidenzintervall (KI) 0,87-0,92]. Die automatische Klassifizierung stimmte in 86% aller Befunde mit der unabhängigen, zweiten manuellen Klassifizierung überein (Kappa-Koeffizient 0,79 [95% KI 0,75-0,81]). DISKUSSION Die Klassifizierung der Software AEP war sehr gut. In unserer Studie folgte sie allerdings einem systematischen Muster. Die meisten falschen Zuordnungen finden sich in Befunden, die auf ein erhöhtes Krebsrisiko hinweisen. Die Freitextstruktur der Befunde lässt Bedenken hinsichtlich der Machbarkeit einer rein automatisierten Analyse aufkommen. Die Kombination aus menschlichem Intellekt und einer intelligenten, lernfähigen Software erscheint als zukunftsweisend, um unstrukturierte aber wichtige Textinformationen der Forschung zugänglich machen zu können.