Alchemical free energy calculations via metadynamics: Application to the theophylline-RNA aptamer complex.

Tanida, Yoshiaki; Matsuura, Azuma

Tanida, Yoshiaki; Matsuura, Azuma.

Afiliação

Tanida Y; Fujitsu Laboratories Ltd., Atsugi, Kanagawa, Japan.
Matsuura A; Fujitsu Laboratories Ltd., Atsugi, Kanagawa, Japan.

J Comput Chem ; 41(20): 1804-1819, 2020 07 30.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-32449538

Assuntos

Aptâmeros de Nucleotídeos/química; Simulação de Dinâmica Molecular; Teofilina/química; Termodinâmica; Sítios de Ligação; Ligantes

Palavras-chave

alchemical free energy calculation; binding pose; collective variable; metadynamics; reweighting; standard free energy

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Texto completo: 1 Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Teofilina / Termodinâmica / Aptâmeros de Nucleotídeos / Simulação de Dinâmica Molecular Tipo de estudo: Prognostic_studies Idioma: En Ano de publicação: 2020 Tipo de documento: Article

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