Locating transcription factor binding sites by fully convolutional neural network.

Zhang, Qinhu; Wang, Siguo; Chen, Zhanheng; He, Ying; Liu, Qi; Huang, De-Shuang

Zhang, Qinhu; Wang, Siguo; Chen, Zhanheng; He, Ying; Liu, Qi; Huang, De-Shuang.

Afiliação

Zhang Q; Translational Medical Center for Stem Cell Therapy and Institute for Regenerative Medicine, Shanghai East Hospital, Tongji University, Shanghai, China.
Wang S; Computer Science and Technology, Tongji University, China.
Chen Z; University of Chinese Academy of Sciences, China.
He Y; Computer Science and Technology at Tongji University, China.
Liu Q; Translational Medical Center for Stem Cell Therapy and Institute for Regenerative Medicine, Shanghai East Hospital, Bioinformatics Department, School of Life Sciences and Technology, Tongji University, Shanghai, China.
Huang DS; Institute of Machines Learning and Systems Biology, Tongji University, China.

Brief Bioinform ; 22(5)2021 09 02.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-33498086

Assuntos

Sequenciamento de Cromatina por Imunoprecipitação; Redes Neurais de Computação; Elementos de Resposta; Análise de Sequência de DNA; Análise de Sequência de Proteína; Fatores de Transcrição; Células A549; Motivos de Aminoácidos; Humanos; Células MCF-7; Fatores de Transcrição/genética; Fatores de Transcrição/metabolismo

Palavras-chave

TFBSs location; fully Convolutional Neural Network; global Average Pooling; nucleotide-level prediction

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Texto completo: 1 Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Fatores de Transcrição / Redes Neurais de Computação / Análise de Sequência de DNA / Elementos de Resposta / Análise de Sequência de Proteína / Sequenciamento de Cromatina por Imunoprecipitação Tipo de estudo: Prognostic_studies Limite: Humans Idioma: En Ano de publicação: 2021 Tipo de documento: Article

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