Detalhe da pesquisa
1.
EnzymeML: seamless data flow and modeling of enzymatic data.
Nat Methods
; 20(3): 400-402, 2023 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36759590
2.
BioSimulators: a central registry of simulation engines and services for recommending specific tools.
Nucleic Acids Res
; 50(W1): W108-W114, 2022 07 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35524558
3.
CoRC: the COPASI R Connector.
Bioinformatics
; 37(17): 2778-2779, 2021 Sep 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33470404
4.
PEtab-Interoperable specification of parameter estimation problems in systems biology.
PLoS Comput Biol
; 17(1): e1008646, 2021 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33497393
5.
SBML Level 3: an extensible format for the exchange and reuse of biological models.
Mol Syst Biol
; 16(8): e9110, 2020 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32845085
6.
SED-ML web tools: generate, modify and export standard-compliant simulation studies.
Bioinformatics
; 33(8): 1253-1254, 2017 04 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28049131
7.
Piecewise parameter estimation for stochastic models in COPASI.
Bioinformatics
; 32(10): 1586-8, 2016 05 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26787664
8.
SBtab: a flexible table format for data exchange in systems biology.
Bioinformatics
; 32(16): 2559-61, 2016 08 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27153616
9.
COMBINE archive and OMEX format: one file to share all information to reproduce a modeling project.
BMC Bioinformatics
; 15: 369, 2014 Dec 14.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-25494900
10.
The simulation experiment description markup language (SED-ML): language specification for level 1 version 5.
J Integr Bioinform
; 2024 Apr 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38613325
11.
Software support for SBGN maps: SBGN-ML and LibSBGN.
Bioinformatics
; 28(15): 2016-21, 2012 Aug 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-22581176
12.
The pH-dependent lactose metabolism of Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus: An integrative view through a mechanistic computational model.
J Biotechnol
; 374: 90-100, 2023 Sep 10.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37572793
13.
Inspecting the Solution Space of Genome-Scale Metabolic Models.
Metabolites
; 12(1)2022 Jan 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35050165
14.
EnzymeML-a data exchange format for biocatalysis and enzymology.
FEBS J
; 289(19): 5864-5874, 2022 10.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34890097
15.
The simulation experiment description markup language (SED-ML): language specification for level 1 version 4.
J Integr Bioinform
; 18(3): 20210021, 2021 Oct 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35330701
16.
Antimony: a modular model definition language.
Bioinformatics
; 25(18): 2452-4, 2009 Sep 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-19578039
17.
Systems biology graphical notation markup language (SBGNML) version 0.3.
J Integr Bioinform
; 17(2-3)2020 Jun 22.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32568733
18.
Systems Biology Markup Language (SBML) Level 3 Package: Distributions, Version 1, Release 1.
J Integr Bioinform
; 17(2-3)2020 Jul 20.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32750035
19.
Publisher Correction: MEMOTE for standardized genome-scale metabolic model testing.
Nat Biotechnol
; 38(4): 504, 2020 Apr.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32265554
20.
Comparing simulation results of SBML capable simulators.
Bioinformatics
; 24(17): 1963-5, 2008 Sep 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-18579569