Detalhe da pesquisa
1.
Vertebrate centromeres in mitosis are functionally bipartite structures stabilized by cohesin.
Cell
; 2024 May 13.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38744280
2.
Polymer Simulations of Heteromorphic Chromatin Predict the 3D Folding of Complex Genomic Loci.
Mol Cell
; 72(4): 786-797.e11, 2018 11 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30344096
3.
HMGB2 Loss upon Senescence Entry Disrupts Genomic Organization and Induces CTCF Clustering across Cell Types.
Mol Cell
; 70(4): 730-744.e6, 2018 05 17.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29706538
4.
Predicting genome organisation and function with mechanistic modelling.
Trends Genet
; 38(4): 364-378, 2022 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34857425
5.
High-resolution simulations of chromatin folding at genomic rearrangements in malignant B cells provide mechanistic insights into proto-oncogene deregulation.
Genome Res
; 2022 Jul 21.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35863900
6.
Epigenomic translocation of H3K4me3 broad domains over oncogenes following hijacking of super-enhancers.
Genome Res
; 32(7): 1343-1354, 2022 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34933939
7.
Nonequilibrium dynamics and action at a distance in transcriptionally driven DNA supercoiling.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 118(10)2021 03 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33649196
8.
Computational design of probes to detect bacterial genomes by multivalent binding.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 117(16): 8719-8726, 2020 04 21.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32241887
9.
Simulating the chromatin-mediated phase separation of model proteins with multiple domains.
Biophys J
; 121(13): 2600-2612, 2022 07 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35643628
10.
Model for Quorum-Sensing Mediated Stochastic Biofilm Nucleation.
Phys Rev Lett
; 129(19): 198102, 2022 Nov 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36399746
11.
Nucleosome positions alone can be used to predict domains in yeast chromosomes.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 116(35): 17307-17315, 2019 08 27.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31416914
12.
capC-MAP: software for analysis of Capture-C data.
Bioinformatics
; 35(22): 4773-4775, 2019 11 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31173058
13.
Transcriptional Bursts in a Nonequilibrium Model for Gene Regulation by Supercoiling.
Biophys J
; 117(2): 369-376, 2019 07 23.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31103229
14.
Simulated binding of transcription factors to active and inactive regions folds human chromosomes into loops, rosettes and topological domains.
Nucleic Acids Res
; 44(8): 3503-12, 2016 05 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27060145
15.
Ephemeral Protein Binding to DNA Shapes Stable Nuclear Bodies and Chromatin Domains.
Biophys J
; 112(6): 1085-1093, 2017 Mar 28.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28355537
16.
Exploiting native forces to capture chromosome conformation in mammalian cell nuclei.
Mol Syst Biol
; 12(12): 891, 2016 Dec 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27940490
17.
Nonspecific bridging-induced attraction drives clustering of DNA-binding proteins and genome organization.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 110(38): E3605-11, 2013 Sep 17.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-24003126
18.
Effect of DNA conformation on facilitated diffusion.
Biochem Soc Trans
; 41(2): 582-8, 2013 Apr.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23514158
19.
Transcription modulates chromatin dynamics and locus configuration sampling.
Nat Struct Mol Biol
; 30(9): 1275-1285, 2023 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37537334
20.
A max-plus model of ribosome dynamics during mRNA translation.
J Theor Biol
; 303: 128-40, 2012 Jun 21.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-22441134