Detalhe da pesquisa
1.
Widespread effects of DNA methylation and intra-motif dependencies revealed by novel transcription factor binding models.
Nucleic Acids Res
; 51(18): e95, 2023 Oct 13.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37650641
2.
Flexible TALEs for an expanded use in gene activation, virulence and scaffold engineering.
Nucleic Acids Res
; 50(4): 2387-2400, 2022 02 28.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35150566
3.
Assembling highly repetitive Xanthomonas TALomes using Oxford Nanopore sequencing.
BMC Genomics
; 24(1): 151, 2023 Mar 27.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36973643
4.
Epigenetic features improve TALE target prediction.
BMC Genomics
; 22(1): 914, 2021 Dec 29.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34965853
5.
DepLogo: visualizing sequence dependencies in R.
Bioinformatics
; 35(22): 4812-4814, 2019 11 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31225867
6.
PrediTALE: A novel model learned from quantitative data allows for new perspectives on TALE targeting.
PLoS Comput Biol
; 15(7): e1007206, 2019 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31295249
7.
Combining RNA-seq data and homology-based gene prediction for plants, animals and fungi.
BMC Bioinformatics
; 19(1): 189, 2018 05 30.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29843602
8.
InMoDe: tools for learning and visualizing intra-motif dependencies of DNA binding sites.
Bioinformatics
; 33(4): 580-582, 2017 02 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28035026
9.
Using intron position conservation for homology-based gene prediction.
Nucleic Acids Res
; 44(9): e89, 2016 05 19.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26893356
10.
Auxin-induced expression divergence between Arabidopsis species may originate within the TIR1/AFB-AUX/IAA-ARF module.
J Exp Bot
; 68(3): 539-552, 2017 01 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28007950
11.
Varying levels of complexity in transcription factor binding motifs.
Nucleic Acids Res
; 43(18): e119, 2015 Oct 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26116565
12.
PRROC: computing and visualizing precision-recall and receiver operating characteristic curves in R.
Bioinformatics
; 31(15): 2595-7, 2015 Aug 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-25810428
13.
DiffLogo: a comparative visualization of sequence motifs.
BMC Bioinformatics
; 16: 387, 2015 Nov 17.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26577052
14.
A general approach for discriminative de novo motif discovery from high-throughput data.
Nucleic Acids Res
; 41(21): e197, 2013 Nov.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-24057214
15.
TALENoffer: genome-wide TALEN off-target prediction.
Bioinformatics
; 29(22): 2931-2, 2013 Nov 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23995255
16.
Computational predictions provide insights into the biology of TAL effector target sites.
PLoS Comput Biol
; 9(3): e1002962, 2013.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23526890
17.
De-novo discovery of differentially abundant transcription factor binding sites including their positional preference.
PLoS Comput Biol
; 7(2): e1001070, 2011 Feb 10.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-21347314
18.
Importance of RpoD- and Non-RpoD-Dependent Expression of Horizontally Acquired Genes in Cupriavidus metallidurans.
Microbiol Spectr
; 10(2): e0012122, 2022 04 27.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35311568
19.
Apples and oranges: avoiding different priors in Bayesian DNA sequence analysis.
BMC Bioinformatics
; 11: 149, 2010 Mar 22.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-20307305
20.
Unifying generative and discriminative learning principles.
BMC Bioinformatics
; 11: 98, 2010 Feb 22.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-20175896