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Nat Biotechnol ; 22(4): 418-26, 2004 Apr.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-15024387

RESUMO

We describe a transcriptional analysis platform consisting of a universal micro-array system (UMAS) combined with an enzymatic manipulation step that is capable of generating expression profiles from any organism without requiring a priori species-specific knowledge of transcript sequences. The transcriptome is converted to cDNA and processed with restriction endonucleases to generate low-complexity pools (approximately 80-120) of equal length DNA fragments. The resulting material is amplified and detected with the UMAS system, comprising all possible 4,096 (4(6)) DNA hexamers. Ligation to the arrays yields thousands of 14-mer sequence tags. The compendium of signals from all pools in the array-of-universal arrays comprises a full-transcriptome expression profile. The technology was validated by analysis of the galactose response of Saccharomyces cerevisiae, and the resulting profiles showed excellent agreement with the literature and real-time PCR assays. The technology was also used to demonstrate expression profiling from a hybrid organism in a proof-of-concept experiment where a T-cell receptor gene was expressed in yeast.


Assuntos
Perfilação da Expressão Gênica/métodos , Análise de Sequência com Séries de Oligonucleotídeos , Regiões 3' não Traduzidas , Algoritmos , Animais , Fragmentação do DNA , Enzimas de Restrição do DNA/metabolismo , DNA Complementar/metabolismo , Galactose/metabolismo , Humanos , Processamento de Imagem Assistida por Computador , Camundongos , Modelos Genéticos , Músculo Esquelético/metabolismo , Músculos/metabolismo , Regiões Promotoras Genéticas , RNA Mensageiro/metabolismo , Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa , Saccharomyces cerevisiae/metabolismo , Análise de Sequência de DNA , Linfócitos T/metabolismo , Transgenes
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