Detalhe da pesquisa
1.
Projected metastable Markov processes and their estimation with observable operator models.
J Chem Phys
; 143(14): 144101, 2015 Oct 14.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26472357
2.
Projected and hidden Markov models for calculating kinetics and metastable states of complex molecules.
J Chem Phys
; 139(18): 184114, 2013 Nov 14.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-24320261
3.
Dynamic neutron scattering from conformational dynamics. I. Theory and Markov models.
J Chem Phys
; 139(17): 175101, 2013 Nov 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-24206334
4.
Dynamic neutron scattering from conformational dynamics. II. Application using molecular dynamics simulation and Markov modeling.
J Chem Phys
; 139(17): 175102, 2013 Nov 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-24206335
5.
Mechanisms of protein-ligand association and its modulation by protein mutations.
Biophys J
; 100(3): 701-710, 2011 Feb 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-21281585
6.
Probing molecular kinetics with Markov models: metastable states, transition pathways and spectroscopic observables.
Phys Chem Chem Phys
; 13(38): 16912-27, 2011 Oct 14.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-21858310
7.
Markov models of molecular kinetics: generation and validation.
J Chem Phys
; 134(17): 174105, 2011 May 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-21548671
8.
Dynamical reweighting: improved estimates of dynamical properties from simulations at multiple temperatures.
J Chem Phys
; 134(24): 244107, 2011 Jun 28.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-21721612
9.
Optimal use of data in parallel tempering simulations for the construction of discrete-state Markov models of biomolecular dynamics.
J Chem Phys
; 134(24): 244108, 2011 Jun 28.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-21721613
10.
Analysis of Markov models.
Adv Exp Med Biol
; 797: 75-90, 2014.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-24297276
11.
Markov model theory.
Adv Exp Med Biol
; 797: 23-44, 2014.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-24297273
12.
Estimation and validation of Markov models.
Adv Exp Med Biol
; 797: 45-60, 2014.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-24297274
13.
OpenPathSampling: A Python Framework for Path Sampling Simulations. 1. Basics.
J Chem Theory Comput
; 15(2): 813-836, 2019 Feb 12.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30336030
14.
OpenPathSampling: A Python Framework for Path Sampling Simulations. 2. Building and Customizing Path Ensembles and Sample Schemes.
J Chem Theory Comput
; 15(2): 837-856, 2019 Feb 12.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30359525
15.
PyEMMA 2: A Software Package for Estimation, Validation, and Analysis of Markov Models.
J Chem Theory Comput
; 11(11): 5525-42, 2015 Nov 10.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26574340
16.
Spectral Rate Theory for Two-State Kinetics.
Phys Rev X
; 4(1)2014 Feb.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-25356374