Detalhe da pesquisa
1.
Integrated Proteogenomic Characterization of Clear Cell Renal Cell Carcinoma.
Cell
; 179(4): 964-983.e31, 2019 10 31.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31675502
2.
Integrated Proteogenomic Characterization of Clear Cell Renal Cell Carcinoma.
Cell
; 180(1): 207, 2020 Jan 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31923397
3.
MSFragger-Labile: A Flexible Method to Improve Labile PTM Analysis in Proteomics.
Mol Cell Proteomics
; 22(5): 100538, 2023 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37004988
4.
Fast and comprehensive N- and O-glycoproteomics analysis with MSFragger-Glyco.
Nat Methods
; 17(11): 1125-1132, 2020 11.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33020657
5.
MassIVE.quant: a community resource of quantitative mass spectrometry-based proteomics datasets.
Nat Methods
; 17(10): 981-984, 2020 10.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32929271
6.
Fast Quantitative Analysis of timsTOF PASEF Data with MSFragger and IonQuant.
Mol Cell Proteomics
; 19(9): 1575-1585, 2020 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32616513
7.
Fast Deisotoping Algorithm and Its Implementation in the MSFragger Search Engine.
J Proteome Res
; 20(1): 498-505, 2021 01 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33332123
8.
Deep Proteomics Using Two Dimensional Data Independent Acquisition Mass Spectrometry.
Anal Chem
; 92(6): 4217-4225, 2020 03 17.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32058701
9.
Untargeted, spectral library-free analysis of data-independent acquisition proteomics data generated using Orbitrap mass spectrometers.
Proteomics
; 16(15-16): 2257-71, 2016 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27246681
10.
MSBooster: improving peptide identification rates using deep learning-based features.
Nat Commun
; 14(1): 4539, 2023 07 27.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37500632
11.
Analysis of DIA proteomics data using MSFragger-DIA and FragPipe computational platform.
Nat Commun
; 14(1): 4154, 2023 07 12.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37438352
12.
Post-translational modifications reshape the antigenic landscape of the MHC I immunopeptidome in tumors.
Nat Biotechnol
; 41(2): 239-251, 2023 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36203013
13.
Histopathologic and proteogenomic heterogeneity reveals features of clear cell renal cell carcinoma aggressiveness.
Cancer Cell
; 41(1): 139-163.e17, 2023 01 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36563681
14.
dia-PASEF data analysis using FragPipe and DIA-NN for deep proteomics of low sample amounts.
Nat Commun
; 13(1): 3944, 2022 07 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35803928
15.
Identification of modified peptides using localization-aware open search.
Nat Commun
; 11(1): 4065, 2020 08 13.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32792501