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Introducción. La hipertensión pulmonar persistente (HPP) del recién nacido es un síndrome que se caracteriza por el aumento de la resistencia vascular pulmonar y grave hipoxemia. Está asociado a asfixia perinatal, aspiración de meconio, enfermedad pulmonar grave, hernia diafragmática y sepsis. En su manejo se han utilizado vasodilatadores, ventilación mecánica convencional con alcalosis, ventilación de alta frecuencia y oxigenación de membrana extracorpórea. Material y métodos. Estudio prospectivo; se compararon 2 grupos, uno formado por neonatos manejados con ventilación de alta frecuencia de presión positiva (VAFPP) y posteriormente con ventilación de alta frecuencia de flujo interrumpido (VAFFI) (este grupo se le conoció como VAFPP-VAFFI), el otro grupo manejado con VAFPP solamente (VAFPP-S). La comparación de las variables fueron hechas en fases Primera fase se analizaron variables generales. Segunda fase se confrontaron variables gasométricas y ventilatorias estando ambos grupos en VAFPP. Tercera fase se confrontaron variables gasométricas y ventilatorias únicamente del grupo VAFPP-VAFFI antes y durante la ventilación de flujo interrumpido. Cuarta fase se compararon variables entre los sobrevivientes. Resultados. El grupo de VAFPP-VAFFI fue de 17 pacientes y el de VAFPP-S de 14. Primera fase no hubo diferencia estadística al comparar peso, edad gestacional, sexo, vía de nacimiento, calificación de Apgar y trofismo. Segunda fase al comparar las variables de esta fase no se encontró diferencia estadística en ambos grupos. Tercera fase se comparó al grupo VAFPP-VAFFI antes y durante el manejo con flujo interrumpido, encontrando mejoría gasométrica (P<0.001), disminución en el gradiente alvolo-arterial y en el índice de oxigenación (P<0.001). Al comparar los parámetros ventilatorios se encontró que durante la VAFFI se disminuyeron presión inspiratoria pico (P<0.001), ciclados por minuto (P<0.001) y presión media de la vía aérea (P<0.001). Cuarta fase el grupo VAFPP-VAFFI tuvo menos displasia broncopulmonar (P<0.05), ventilación en VAFPP (P<0.001) y defunciones (P<0.01) en comparación a VAFPP-S. Conclusiones. De acuerdo a los resultados la VAFFI es útil como rescate en recién nacidos de término con HPP que no responden a la VAFPP y en los cuales se han agotado los parámetros del ventilador convencional continuando en hipoxia e hipercapnea con una mortalidad esperada mayor del 90 por ciento utilizando el gradiente alveolo-arterial...