Species classifier choice is a key consideration when analysing low-complexity food microbiome data.

Walsh, Aaron M; Crispie, Fiona; O'Sullivan, Orla; Finnegan, Laura; Claesson, Marcus J; Cotter, Paul D

Walsh, Aaron M; Crispie, Fiona; O'Sullivan, Orla; Finnegan, Laura; Claesson, Marcus J; Cotter, Paul D.

Afiliação

Walsh AM; Teagasc Food Research Centre, Moorepark, Fermoy, Co. Cork, Ireland.
Crispie F; APC Microbiome Institute, University College Cork, Co. Cork, Ireland.
O'Sullivan O; Microbiology Department, University College Cork, Co. Cork, Ireland.
Finnegan L; Teagasc Food Research Centre, Moorepark, Fermoy, Co. Cork, Ireland.
Claesson MJ; APC Microbiome Institute, University College Cork, Co. Cork, Ireland.
Cotter PD; Teagasc Food Research Centre, Moorepark, Fermoy, Co. Cork, Ireland.

Microbiome ; 6(1): 50, 2018 03 20.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-29554948

Assuntos

Bactérias/genética; DNA Bacteriano/genética; Microbiologia de Alimentos/métodos; Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala/métodos; Metagenômica/métodos; Microbiota/genética; Análise de Sequência de DNA/métodos; Bactérias/classificação; Sequência de Bases/genética; Biologia Computacional/métodos; Metagenoma/genética; RNA Ribossômico 16S/genética

Palavras-chave

Low-complexity microbiome; Sequencing platform comparison; Shotgun metagenomics

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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Bactérias / DNA Bacteriano / Análise de Sequência de DNA / Metagenômica / Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala / Microbiota / Microbiologia de Alimentos Idioma: En Ano de publicação: 2018 Tipo de documento: Article

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