NGS-Indel Coder: A pipeline to code indel characters in phylogenomic data with an example of its application in milkweeds (Asclepias).

Boutte, Julien; Fishbein, Mark; Liston, Aaron; Straub, Shannon C K

Boutte, Julien; Fishbein, Mark; Liston, Aaron; Straub, Shannon C K.

Afiliação

Boutte J; Department of Biology, Hobart and William Smith Colleges, Geneva, NY, USA.
Fishbein M; Department of Plant Biology, Ecology and Evolution, Oklahoma State University, Stillwater, OK, USA.
Liston A; Department of Botany and Plant Pathology, Oregon State University, Corvallis, OR, USA.
Straub SCK; Department of Biology, Hobart and William Smith Colleges, Geneva, NY, USA. Electronic address: STRAUB@hws.edu.

Mol Phylogenet Evol ; 139: 106534, 2019 10.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-31212081

Assuntos

Asclepias/genética; Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala/métodos; Mutação INDEL/genética; Filogenia; Animais; Sequência de Bases; Genes de Plantas; Loci Gênicos; Íntrons/genética

Palavras-chave

Apocynaceae; Character coding; Gene tree filtering; Incomplete lineage sorting; SNP detection; Sub-sampling

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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Filogenia / Asclepias / Mutação INDEL / Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala Limite: Animals Idioma: En Ano de publicação: 2019 Tipo de documento: Article

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