RBM-MHC: A Semi-Supervised Machine-Learning Method for Sample-Specific Prediction of Antigen Presentation by HLA-I Alleles.

Bravi, Barbara; Tubiana, Jérôme; Cocco, Simona; Monasson, Rémi; Mora, Thierry; Walczak, Aleksandra M

Bravi, Barbara; Tubiana, Jérôme; Cocco, Simona; Monasson, Rémi; Mora, Thierry; Walczak, Aleksandra M.

Afiliação

Bravi B; Laboratoire de Physique de l'Ecole Normale Supérieure, ENS, Université PSL, CNRS, Sorbonne Université, Université de Paris, F-75005 Paris, France. Electronic address: bbravi.bb@gmail.com.
Tubiana J; Blavatnik School of Computer Science, Tel Aviv University, 6139601 Tel Aviv, Israel.
Cocco S; Laboratoire de Physique de l'Ecole Normale Supérieure, ENS, Université PSL, CNRS, Sorbonne Université, Université de Paris, F-75005 Paris, France. Electronic address: simona.cocco@phys.ens.fr.
Monasson R; Laboratoire de Physique de l'Ecole Normale Supérieure, ENS, Université PSL, CNRS, Sorbonne Université, Université de Paris, F-75005 Paris, France. Electronic address: remi.monasson@phys.ens.fr.
Mora T; Laboratoire de Physique de l'Ecole Normale Supérieure, ENS, Université PSL, CNRS, Sorbonne Université, Université de Paris, F-75005 Paris, France. Electronic address: thierry.mora@phys.ens.fr.
Walczak AM; Laboratoire de Physique de l'Ecole Normale Supérieure, ENS, Université PSL, CNRS, Sorbonne Université, Université de Paris, F-75005 Paris, France. Electronic address: aleksandra.walczak@phys.ens.fr.

Cell Syst ; 12(2): 195-202.e9, 2021 02 17.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-33338400

Assuntos

Apresentação de Antígeno/imunologia; Biologia Computacional/métodos; Antígenos de Histocompatibilidade Classe I/genética; Antígenos de Histocompatibilidade Classe I/imunologia; Algoritmos; Alelos; Apresentação de Antígeno/genética; Bases de Dados de Proteínas; Epitopos; Antígenos HLA/genética; Antígenos HLA/imunologia; Humanos; Aprendizado de Máquina; Complexo Principal de Histocompatibilidade/imunologia; Espectrometria de Massas/métodos; Modelos Teóricos; Peptídeos/química; Ligação Proteica

Palavras-chave

HLA prediction; Restricted Boltzmann Machines; SARS-CoV-2 epitopes; antigen presentation; immunopeptidomics; machine learning; neoantigen discovery

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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Antígenos de Histocompatibilidade Classe I / Apresentação de Antígeno / Biologia Computacional Tipo de estudo: Prognostic_studies / Risk_factors_studies Limite: Humans Idioma: En Ano de publicação: 2021 Tipo de documento: Article

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