Your browser doesn't support javascript.
loading
Clinical and epidemiological aspects of Delta and Gamma SARS-CoV-2 variant of concern from the western Brazilian Amazon.
Sgorlon, Gabriella; Queiroz, Jackson Alves da Silva; Roca, Tárcio Peixoto; Silva, Ana Maisa Passos da; Gasparelo, Nadson Willian Felipe; Teixeira, Karolaine Santos; Oliveira, Andreia Souza da Nóbrega; Mendonça, Aline Linhares Ferreira de Melo; Maia, Adriana Cristina Salvador; Pereira, Soraya Dos Santos; Batista, Flávia Serrano; Salcedo, Juan Miguel Villalobos; Rampazzo, Rita de Cassia Pontello; Resende, Paola Cristina; Siqueira, Marilda Mendonça; Naveca, Felipe Gomes; Vieira, Deusilene.
Afiliação
  • Sgorlon G; Fundação Oswaldo Cruz, Laboratório de Virologia Molecular, Porto Velho, RO, Brasil.
  • Queiroz JADS; Universidade Federal de Rondônia, Programa de Pós-Graduação em Biologia Experimental, Porto Velho, RO, Brasil.
  • Roca TP; Fundação Oswaldo Cruz, Laboratório de Virologia Molecular, Porto Velho, RO, Brasil.
  • Silva AMPD; Universidade Federal de Rondônia, Programa de Pós-Graduação em Biologia Experimental, Porto Velho, RO, Brasil.
  • Gasparelo NWF; Fundação Oswaldo Cruz, Laboratório de Virologia Molecular, Porto Velho, RO, Brasil.
  • Teixeira KS; Fundação Oswaldo Cruz, Instituto Oswaldo Cruz, Laboratório de Hepatites Virais, Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
  • Oliveira ASDN; Fundação Oswaldo Cruz, Laboratório de Virologia Molecular, Porto Velho, RO, Brasil.
  • Mendonça ALFM; Universidade Federal de Rondônia, Programa de Pós-Graduação em Biologia Experimental, Porto Velho, RO, Brasil.
  • Maia ACS; Fundação Oswaldo Cruz, Laboratório de Virologia Molecular, Porto Velho, RO, Brasil.
  • Pereira SDS; Universidade Federal de Rondônia, Programa de Pós-Graduação em Biologia Experimental, Porto Velho, RO, Brasil.
  • Batista FS; Fundação Oswaldo Cruz, Laboratório de Virologia Molecular, Porto Velho, RO, Brasil.
  • Salcedo JMV; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Rondônia, Porto Velho, RO, Brasil.
  • Rampazzo RCP; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Rondônia, Porto Velho, RO, Brasil.
  • Resende PC; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Rondônia, Porto Velho, RO, Brasil.
  • Siqueira MM; Fundação Oswaldo Cruz, Laboratório de Virologia Molecular, Porto Velho, RO, Brasil.
  • Naveca FG; Universidade Federal de Rondônia, Programa de Pós-Graduação em Biologia Experimental, Porto Velho, RO, Brasil.
  • Vieira D; Agência Estadual de Vigilância em Saúde de Rondônia, Coordenação Estadual da Covid-19, Porto Velho, RO, Brasil.
Mem Inst Oswaldo Cruz ; 117: e220155, 2023.
Article em En | MEDLINE | ID: mdl-36700580
BACKGROUND: The emergence of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants has become a major concern contributing to increased morbidity and mortality worldwide. OBJECTIVES: Here we describe the replacement of the Gamma variant of concern (VOC) with Delta in the western Brazilian Amazon. METHODS: In this study, we analysed 540 SARS-CoV-2 positive samples determined by qualitative real-time RT-PCR selected in the state of Rondônia between June and December 2021. The positive cohort was sequenced through next-generation sequencing (NGS) and each sample was quantified using real-time RT-qPCR, the whole genome sequence was obtained, SARS-CoV-2 lineages were classified using the system Pango and the maximum likelihood (ML) method was used to conduct phylogenetic analyses. FINDINGS: A total of 540 high-quality genomes were obtained, where the Delta VOC showed the highest prevalence making up 72%, with strain AY.43 being the most abundant, while the Gamma VOC was present in 28%, where the P.1 strain was the most frequent. In this study population, only 32.96% (178/540) had completed the vaccination schedule. MAIN CONCLUSIONS: This study highlighted the presence of Gamma and Delta variants of SARS-CoV-2 in RO. Furthermore, we observed the replacement of the Gamma VOC with the Delta VOC and its lineages.
Assuntos

Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: COVID-19 Tipo de estudo: Qualitative_research / Risk_factors_studies Limite: Humans País/Região como assunto: America do sul / Brasil Idioma: En Ano de publicação: 2023 Tipo de documento: Article

Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: COVID-19 Tipo de estudo: Qualitative_research / Risk_factors_studies Limite: Humans País/Região como assunto: America do sul / Brasil Idioma: En Ano de publicação: 2023 Tipo de documento: Article