Pathogen detection in RNA-seq data with Pathonoia.

Liebhoff, Anna-Maria; Menden, Kevin; Laschtowitz, Alena; Franke, Andre; Schramm, Christoph; Bonn, Stefan

Liebhoff, Anna-Maria; Menden, Kevin; Laschtowitz, Alena; Franke, Andre; Schramm, Christoph; Bonn, Stefan.

Afiliação

Liebhoff AM; Institute for Medical Systems Biology, University Medical Center Hamburg-Eppendorf, Hamburg, Germany. aliebho1@jhu.edu.
Menden K; Department of Computer Science, Whiting School of Engineering, Johns Hopkins University, Baltimore, USA. aliebho1@jhu.edu.
Laschtowitz A; Department of Genome Biology of Neurodegenerative Diseases, DZNE, Tübingen, Germany.
Franke A; I. Department of Medicine, University Medical Centre Hamburg-Eppendorf, Hamburg, Germany.
Schramm C; Institute of Clinical Molecular Biology, Christian-Albrechts-University of Kiel, Kiel, Germany.
Bonn S; I. Department of Medicine, University Medical Centre Hamburg-Eppendorf, Hamburg, Germany.

BMC Bioinformatics ; 24(1): 53, 2023 Feb 17.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-36803415

Assuntos

Algoritmos; Bactérias; Humanos; RNA-Seq; Análise de Sequência de RNA/métodos; Sequência de Bases; Bactérias/genética; Metagenômica/métodos; Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala/métodos

Palavras-chave

Metagenomics; Pathogen detection; RNA sequencing

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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Bactérias / Algoritmos Tipo de estudo: Diagnostic_studies Limite: Humans Idioma: En Ano de publicação: 2023 Tipo de documento: Article

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