Expression analysis of transcription factors in sugarcane during cold stress

Abstract Transcription factors (TF) are a wide class of genes in plants, and these can regulate the expression of other genes in response to various environmental stresses (biotic and abiotic). In the current study, transcription factor activity in sugarcane was examined during cold stress. Initially, RNA transcript reads of two sugarcane cultivars (ROC22 and GT08-1108) under cold stress were downloaded from SRA NCBI database. The reads were aligned into a reference genome and the differential expression analyses were performed with the R/Bioconductor edgeR package. Based on our analyses in the ROC22 cultivar, 963 TF genes were significantly upregulated under cold stress among a total of 5649 upregulated genes, while 293 TF genes were downregulated among a total of 3,289 downregulated genes. In the GT08-1108 cultivar, 974 TF genes were identified among 5,649 upregulated genes and 283 TF genes were found among 3,289 downregulated genes. Most transcription factors were annotated with GO categories related to protein binding, transcription factor binding, DNA-sequence-specific binding, transcription factor complex, transcription factor activity in RNA polymerase II, the activity of nucleic acid binding transcription factor, transcription corepressor activity, sequence-specific regulatory region, the activity of transcription factor of RNA polymerase II, transcription factor cofactor activity, transcription factor activity from plastid promoter, transcription factor activity from RNA polymerase I promoter, polymerase II and RNA polymerase III. The findings of above results will help to identify differentially expressed transcription factors during cold stress. It also provides a comprehensive analysis of the regulation of the transcription activity of many genes. Therefore, this study provides the molecular basis for improving cold tolerance in sugarcane and other economically important grasses.

Resumo Fatores de transcrição (FT) são uma ampla classe de genes em plantas e podem regular a expressão de outros genes em resposta a vários estresses ambientais (estresses bióticos e abióticos). No presente estudo, a atividade do fator de transcrição na cana-de-açúcar foi examinada durante o estresse pelo frio. Inicialmente, as leituras de transcrição de RNA de duas cultivares de cana-de-açúcar (ROC22 e GT08-1108) sob estresse frio foram baixadas do banco de dados SRA NCBI. As leituras foram alinhadas em um genoma de referência e as análises de expressão diferencial foram realizadas com o pacote R / Bioconductor edgeR. Com base em nossas análises no cultivar ROC22, 963 genes TF foram significativamente regulados positivamente sob estresse pelo frio entre um total de 5.649 genes regulados positivamente, enquanto 293 genes TF foram regulados negativamente entre um total de 3.289 genes regulados negativamente. No cultivar GT08-1108, 974 genes TF foram identificados entre 5.649 genes regulados positivamente e 283 genes TF foram encontrados entre 3.289 genes regulados negativamente. Os fatores de transcrição, em sua maioria, foram anotados com categorias GO relacionadas à ligação de proteína, ligação de fator de transcrição, ligação específica de sequência de DNA, complexo de fator de transcrição, atividade de fator de transcrição em RNA polimerase II, atividade de fator de transcrição de ligação de ácido nucleico, atividade de corepressor de transcrição, sequência específica da região reguladora, atividade do fator de transcrição da RNA polimerase II, atividade do cofator do fator de transcrição, atividade do fator de transcrição do promotor do plastídio, atividade do fator de transcrição do promotor da RNA polimerase I, polimerase II e RNA polimerase III. As descobertas dos resultados acima ajudarão a identificar fatores de transcrição expressos diferencialmente durante o estresse pelo frio. Ele também fornece uma análise abrangente da regulação da atividade de transcrição de muitos genes. Portanto, este estudo fornece base molecular para melhorar a tolerância ao frio em cana-de-açúcar e outras gramíneas economicamente importantes.

Hepatitis C virus genotype diversity in Ningxia Hui autonomous region, Northwestern China / Diversidade genética do vírus da hepatite C na região autônoma de Ningxia Hui

Hepatitis C virus (HCV) genotypes vary greatly in different regions. The aim of this study is to investigate the distribution of HCV genotypes in HCV infected patients, in Ningxia Hui Autonomous Region. Nucleic acid extraction and amplification were performed with test kits on 153 HCV infected patients serum samples. The HCV viral load was measured using reverse transcriptase PCR (RT-PCR) and HCV genotypes were determined. Among the 153 HCV-infected patients, 56 had genotype (GT)1b (36.60%), 45 had GT2a (29.40%), 23 had GT3a (15.00%), 14 had GT3b (9.20%),13 had GT6a (8.50%), 1 had GT1g (0.70%), 1 had GT6xa (0.70%). In GT1b, 21.40% were female and 78.60% were male; in GT2a, 42.20% were female and 57.80% were male;Males were most prevalent in genotypes 1b(39.30%), while female were most prevalent in genotype 2a(46.30%). Rare GT1g and GT6xa were also detected in males. The 41-50 year age group had the highest HCV prevalence of 32.00%. HCV GT1b is the predominant HCV genotype in Ningxia Hui Autonomous Region.

Os genótipos do vírus da hepatite C (HCV) variam muito de acordo com a região. O objetivo deste estudo é investigar a distribuição do genótipo do vírus da hepatite C em pessoas infectadas pelo vírus na região autônoma de Ningxia Hui. A extração de ácido nucleico e a expansão de amostras séricas em 153 pacientes infectados com HCV foram realizadas utilizando kits de ensaio. A capacidade do vírus HCV foi medida pela reação em cadeia da polimerase retrotranscrição (RT-PCR) e o genótipo HCV foi determinado. Os genótipos (Gt) tiveram a seguinte distribuição entre os 153 casos de infecção HCV: 56 Gt 1-B (36, 60%), 45 Gt 2-A (29, 40%), 23 Gt 3-A (15, 00%), 14 Gt 3-B (9, 20%), 13 Gt 6-A (8, 50%), 1 Gt 1-G (0, 70%) e 1 Gt 6-Xa (0, 70%). Já o sexo dos indivíduos teve a seguinte distribuição: Gt 1-B, 21, 40% mulheres e 78, 60% homens; Gt 2-A, 42, 20% mulheres e 57, 80% homens. A presença de homens é mais comum no genótipo 1-B (39, 30%), enquanto as mulheres ocorrem mais comumente no genótipo 2-A (46, 30%). Gt 1-G e Gt 6-Xa raros também foram detectados em homens. A taxa de infecção com HCV para grupos etários de 41 a 50 anos é a mais alta, com 32,00%. HCV Gt 1-B é o genótipo dominante do HCV na região autônoma de Ningxia Hui.

Expression analysis of transcription factors in sugarcane during cold stress / Análise de expressão de fatores de transcrição em cana-de-açúcar sob estresse por frio

Transcription factors (TF) are a wide class of genes in plants, and these can regulate the expression of other genes in response to various environmental stresses (biotic and abiotic). In the current study, transcription factor activity in sugarcane was examined during cold stress. Initially, RNA transcript reads of two sugarcane cultivars (ROC22 and GT08-1108) under cold stress were downloaded from SRA NCBI database. The reads were aligned into a reference genome and the differential expression analyses were performed with the R/Bioconductor edgeR package. Based on our analyses in the ROC22 cultivar, 963 TF genes were significantly upregulated under cold stress among a total of 5649 upregulated genes, while 293 TF genes were downregulated among a total of 3,289 downregulated genes. In the GT08-1108 cultivar, 974 TF genes were identified among 5,649 upregulated genes and 283 TF genes were found among 3,289 downregulated genes. Most transcription factors were annotated with GO categories related to protein binding, transcription factor binding, DNA-sequence-specific binding, transcription factor complex, transcription factor activity in RNA polymerase II, the activity of nucleic acid binding transcription factor, transcription corepressor activity, sequence-specific regulatory region, the activity of transcription factor of RNA polymerase II, transcription factor cofactor activity, transcription factor activity from plastid promoter, transcription factor activity from RNA polymerase I promoter, polymerase II and RNA polymerase III. The findings of above results will help to identify differentially expressed transcription factors during cold stress. It also provides a comprehensive analysis of the regulation of the transcription activity of many genes. Therefore, this study provides the molecular basis for improving cold tolerance in sugarcane and other economically important grasses.

Fatores de transcrição (FT) são uma ampla classe de genes em plantas e podem regular a expressão de outros genes em resposta a vários estresses ambientais (estresses bióticos e abióticos). No presente estudo, a atividade do fator de transcrição na cana-de-açúcar foi examinada durante o estresse pelo frio. Inicialmente, as leituras de transcrição de RNA de duas cultivares de cana-de-açúcar (ROC22 e GT08-1108) sob estresse frio foram baixadas do banco de dados SRA NCBI. As leituras foram alinhadas em um genoma de referência e as análises de expressão diferencial foram realizadas com o pacote R / Bioconductor edgeR. Com base em nossas análises no cultivar ROC22, 963 genes TF foram significativamente regulados positivamente sob estresse pelo frio entre um total de 5.649 genes regulados positivamente, enquanto 293 genes TF foram regulados negativamente entre um total de 3.289 genes regulados negativamente. No cultivar GT08-1108, 974 genes TF foram identificados entre 5.649 genes regulados positivamente e 283 genes TF foram encontrados entre 3.289 genes regulados negativamente. Os fatores de transcrição, em sua maioria, foram anotados com categorias GO relacionadas à ligação de proteína, ligação de fator de transcrição, ligação específica de sequência de DNA, complexo de fator de transcrição, atividade de fator de transcrição em RNA polimerase II, atividade de fator de transcrição de ligação de ácido nucleico, atividade de corepressor de transcrição, sequência específica da região reguladora, atividade do fator de transcrição da RNA polimerase II, atividade do cofator do fator de transcrição, atividade do fator de transcrição do promotor do plastídio, atividade do fator de transcrição do promotor da RNA polimerase I, polimerase II e RNA polimerase III. As descobertas dos resultados acima ajudarão a identificar fatores de transcrição expressos diferencialmente durante o estresse pelo frio. Ele também fornece uma análise abrangente da regulação da atividade [...].

Expression analysis of transcription factors in sugarcane during cold stress / Análise de expressão de fatores de transcrição em cana-de-açúcar sob estresse por frio

Transcription factors (TF) are a wide class of genes in plants, and these can regulate the expression of other genes in response to various environmental stresses (biotic and abiotic). In the current study, transcription factor activity in sugarcane was examined during cold stress. Initially, RNA transcript reads of two sugarcane cultivars (ROC22 and GT08-1108) under cold stress were downloaded from SRA NCBI database. The reads were aligned into a reference genome and the differential expression analyses were performed with the R/Bioconductor edgeR package. Based on our analyses in the ROC22 cultivar, 963 TF genes were significantly upregulated under cold stress among a total of 5649 upregulated genes, while 293 TF genes were downregulated among a total of 3,289 downregulated genes. In the GT08-1108 cultivar, 974 TF genes were identified among 5,649 upregulated genes and 283 TF genes were found among 3,289 downregulated genes. Most transcription factors were annotated with GO categories related to protein binding, transcription factor binding, DNA-sequence-specific binding, transcription factor complex, transcription factor activity in RNA polymerase II, the activity of nucleic acid binding transcription factor, transcription corepressor activity, sequence-specific regulatory region, the activity of transcription factor of RNA polymerase II, transcription factor cofactor activity, transcription factor activity from plastid promoter, transcription factor activity from RNA polymerase I promoter, polymerase II and RNA polymerase III. The findings of above results will help to identify differentially expressed transcription factors during cold stress. It also provides a comprehensive analysis of the regulation of the transcription activity of many genes. Therefore, this study provides the molecular basis for improving cold tolerance in sugarcane and other economically important grasses.(AU)

Fatores de transcrição (FT) são uma ampla classe de genes em plantas e podem regular a expressão de outros genes em resposta a vários estresses ambientais (estresses bióticos e abióticos). No presente estudo, a atividade do fator de transcrição na cana-de-açúcar foi examinada durante o estresse pelo frio. Inicialmente, as leituras de transcrição de RNA de duas cultivares de cana-de-açúcar (ROC22 e GT08-1108) sob estresse frio foram baixadas do banco de dados SRA NCBI. As leituras foram alinhadas em um genoma de referência e as análises de expressão diferencial foram realizadas com o pacote R / Bioconductor edgeR. Com base em nossas análises no cultivar ROC22, 963 genes TF foram significativamente regulados positivamente sob estresse pelo frio entre um total de 5.649 genes regulados positivamente, enquanto 293 genes TF foram regulados negativamente entre um total de 3.289 genes regulados negativamente. No cultivar GT08-1108, 974 genes TF foram identificados entre 5.649 genes regulados positivamente e 283 genes TF foram encontrados entre 3.289 genes regulados negativamente. Os fatores de transcrição, em sua maioria, foram anotados com categorias GO relacionadas à ligação de proteína, ligação de fator de transcrição, ligação específica de sequência de DNA, complexo de fator de transcrição, atividade de fator de transcrição em RNA polimerase II, atividade de fator de transcrição de ligação de ácido nucleico, atividade de corepressor de transcrição, sequência específica da região reguladora, atividade do fator de transcrição da RNA polimerase II, atividade do cofator do fator de transcrição, atividade do fator de transcrição do promotor do plastídio, atividade do fator de transcrição do promotor da RNA polimerase I, polimerase II e RNA polimerase III. As descobertas dos resultados acima ajudarão a identificar fatores de transcrição expressos diferencialmente durante o estresse pelo frio. Ele também fornece uma análise abrangente da regulação da atividade [...].(AU)

Expression analysis of transcription factors in sugarcane during cold stress / Análise de expressão de fatores de transcrição em cana-de-açúcar sob estresse por frio

Abstract Transcription factors (TF) are a wide class of genes in plants, and these can regulate the expression of other genes in response to various environmental stresses (biotic and abiotic). In the current study, transcription factor activity in sugarcane was examined during cold stress. Initially, RNA transcript reads of two sugarcane cultivars (ROC22 and GT08-1108) under cold stress were downloaded from SRA NCBI database. The reads were aligned into a reference genome and the differential expression analyses were performed with the R/Bioconductor edgeR package. Based on our analyses in the ROC22 cultivar, 963 TF genes were significantly upregulated under cold stress among a total of 5649 upregulated genes, while 293 TF genes were downregulated among a total of 3,289 downregulated genes. In the GT08-1108 cultivar, 974 TF genes were identified among 5,649 upregulated genes and 283 TF genes were found among 3,289 downregulated genes. Most transcription factors were annotated with GO categories related to protein binding, transcription factor binding, DNA-sequence-specific binding, transcription factor complex, transcription factor activity in RNA polymerase II, the activity of nucleic acid binding transcription factor, transcription corepressor activity, sequence-specific regulatory region, the activity of transcription factor of RNA polymerase II, transcription factor cofactor activity, transcription factor activity from plastid promoter, transcription factor activity from RNA polymerase I promoter, polymerase II and RNA polymerase III. The findings of above results will help to identify differentially expressed transcription factors during cold stress. It also provides a comprehensive analysis of the regulation of the transcription activity of many genes. Therefore, this study provides the molecular basis for improving cold tolerance in sugarcane and other economically important grasses.

Resumo Fatores de transcrição (FT) são uma ampla classe de genes em plantas e podem regular a expressão de outros genes em resposta a vários estresses ambientais (estresses bióticos e abióticos). No presente estudo, a atividade do fator de transcrição na cana-de-açúcar foi examinada durante o estresse pelo frio. Inicialmente, as leituras de transcrição de RNA de duas cultivares de cana-de-açúcar (ROC22 e GT08-1108) sob estresse frio foram baixadas do banco de dados SRA NCBI. As leituras foram alinhadas em um genoma de referência e as análises de expressão diferencial foram realizadas com o pacote R / Bioconductor edgeR. Com base em nossas análises no cultivar ROC22, 963 genes TF foram significativamente regulados positivamente sob estresse pelo frio entre um total de 5.649 genes regulados positivamente, enquanto 293 genes TF foram regulados negativamente entre um total de 3.289 genes regulados negativamente. No cultivar GT08-1108, 974 genes TF foram identificados entre 5.649 genes regulados positivamente e 283 genes TF foram encontrados entre 3.289 genes regulados negativamente. Os fatores de transcrição, em sua maioria, foram anotados com categorias GO relacionadas à ligação de proteína, ligação de fator de transcrição, ligação específica de sequência de DNA, complexo de fator de transcrição, atividade de fator de transcrição em RNA polimerase II, atividade de fator de transcrição de ligação de ácido nucleico, atividade de corepressor de transcrição, sequência específica da região reguladora, atividade do fator de transcrição da RNA polimerase II, atividade do cofator do fator de transcrição, atividade do fator de transcrição do promotor do plastídio, atividade do fator de transcrição do promotor da RNA polimerase I, polimerase II e RNA polimerase III. As descobertas dos resultados acima ajudarão a identificar fatores de transcrição expressos diferencialmente durante o estresse pelo frio. Ele também fornece uma análise abrangente da regulação da atividade de transcrição de muitos genes. Portanto, este estudo fornece base molecular para melhorar a tolerância ao frio em cana-de-açúcar e outras gramíneas economicamente importantes.

Febre do Nilo Ocidental no Brasil: o novo desafio aos médicos-veterinários / West Nile Fever in Brazilian horses: new challenge for veterinarians

O vírus do Nilo Ocidental (VNO) é um arbovírus transmitido principalmente por mosquitos do gênero Culex e responsável pela doença Febre do Nilo Ocidental (FNO). Foi identificado no Brasil pela primeira vez em 2009, através de um estudo soro-epidemiológico em equídeos e, desde então, a presença de anticorpos contra o VNO e/ou ácido nucleico viral tem sido identificado em seres humanos, equídeos e aves. Por causar infecções neurológicas em animais e humanos, é considerado um problema global de saúde pública. O controle da FNO está intimamente relacionado à atuação dos médicos-veterinários na vigilância, principalmente, de casos em equídeos, animais considerados sentinelas na identificação da doença.(AU)

The West Nile virus is an arbovirus transmitted mainly by Culex mosquitoes and responsible for West Nile Fever (FNO) disease. It was identified in Brazil for the first time in 2009, through a seroepidemiological surveillance in equids and, since then, the presence of antibodies against the virus and/or viral nucleic acid has been identified in humans, horses and birds. The virus is responsible for neurological infections in animals and humans, and is considered a global public health problem. The control of WNF is closely related to the role of veterinarians, mainly in the surveillance of cases in equines, animals considered sentinels in the identification of the disease.(AU)

Febre do Nilo Ocidental no Brasil: o novo desafio aos médicos-veterinários / West Nile Fever in Brazilian horses: new challenge for veterinarians

O vírus do Nilo Ocidental (VNO) é um arbovírus transmitido principalmente por mosquitos do gênero Culex e responsável pela doença Febre do Nilo Ocidental (FNO). Foi identificado no Brasil pela primeira vez em 2009, através de um estudo soro-epidemiológico em equídeos e, desde então, a presença de anticorpos contra o VNO e/ou ácido nucleico viral tem sido identificado em seres humanos, equídeos e aves. Por causar infecções neurológicas em animais e humanos, é considerado um problema global de saúde pública. O controle da FNO está intimamente relacionado à atuação dos médicos-veterinários na vigilância, principalmente, de casos em equídeos, animais considerados sentinelas na identificação da doença.

The West Nile virus is an arbovirus transmitted mainly by Culex mosquitoes and responsible for West Nile Fever (FNO) disease. It was identified in Brazil for the first time in 2009, through a seroepidemiological surveillance in equids and, since then, the presence of antibodies against the virus and/or viral nucleic acid has been identified in humans, horses and birds. The virus is responsible for neurological infections in animals and humans, and is considered a global public health problem. The control of WNF is closely related to the role of veterinarians, mainly in the surveillance of cases in equines, animals considered sentinels in the identification of the disease.

Generating DNA profile from low copy number DNA: Strategies and associated risks

Many shreds of evidence found on the crime scenes contain a trace amount of DNA which results in insignificant profiling results for subsequent comparison. This can nullify the potential evidence material and hamper investigation process. Over the years, different strategies have been employed by various DNA testing laboratories to create interpretable DNA profiles generated from low template of DNA. This review highlights different strategies used by forensic laboratories worldwide for creating complete DNA profiles from low copy number template for comparison purposes along with its associated risks for forensic purposes.

First molecular and serological detection of Epizootic Hemorrhagic Disease virus in white tailed deer ( Odocoileus virginianus ) from Tamaulipas, Mexico / Primeira detecção molecular e sorológica do vírus Doença Hemorrágica Epizoótica em veados de cauda branca (Odocoileus virginianus) de Tamaulipas, Mexico

Epizootic hemorrhagic disease viruses (EHDV) are dsRNA arboviruses transmitted by biting midges of the genus Culicoides that cause disease in domestic and wild ruminants. Epizootic hemorrhagic disease (EHD) is considered the most important infectious disease of white tailed deer (WTD) in North America, some studies in Northeast Mexico reported EHDV-seropositive WTD and EHDV-infected Culicoides vectors. The increasing population of WTD that share habitat with livestock in Northeast México highlights the importance of EHD for the livestock industry in the transboundary region with the U.S. One hundred and twenty two samples from WTD in Tamaulipas state, Mexico were tested by ELISA and RT-PCR for EHDV antibodies and nucleic acid, respectively. Twelve animals were seropositive to ELISA and eleven animals were positive by RT-PCR. This is the first report of EHDV nucleic acid detection in WTD from Mexico. It is hypothesized that applying the transboundary disease approach to interdisciplinary research will help fill knowledge gaps, which could help develop countermeasures to mitigate the threat of EHDV infection in wildlife and livestock along the U.S.-Mexico border.(AU)

Virus da doença hemorrágica epizoótica (EHDV) são arbovírus dsRNA transmitidos por mordidas do genus Culicoides que causam doenças em ruminantes domésticos e selvagens. Doença hemorrágica epizoótica (EHD) é considerada uma das doenças infecciosas mais importantes dos veados de cauda branca (WTD) na América do Norte. Alguns estudos no Nordeste do México relatam soropositividade para EHDV em WTD e vetores Culicoides infectados com EHDV. A crescente população de WTD que compartilham hábitats com pecuária no Nordeste do México realçam a importância de EHD para a indústria pecuária na região de fronteira com os Estados Unidos. Cento e vinte duas amostras de WTD no estado de Tamaulipas, Mexico, foram testados por ELISA e RT-PCR para anticorpos e ácido nucleico de EHDV, respectivamente. Esse é o primeiro relato de detecção de ácido nucleico de EHDV em WTD do México. A hipótese é de que a aplicação de uma resposta transfronteira e pesquisa interdisciplinar ajudará a preencher lacunas de conhecimento levando a medidas reativas para mitigar a ameaça de infecção por EHDV na pecuária e animais selvagens na fronteira entre os Estados Unidos e o Mexico.(AU)

First molecular and serological detection of Epizootic Hemorrhagic Disease virus in white tailed deer ( Odocoileus virginianus ) from Tamaulipas, Mexico / Primeira detecção molecular e sorológica do vírus Doença Hemorrágica Epizoótica em veados de cauda branca (Odocoileus virginianus) de Tamaulipas, Mexico

Epizootic hemorrhagic disease viruses (EHDV) are dsRNA arboviruses transmitted by biting midges of the genus Culicoides that cause disease in domestic and wild ruminants. Epizootic hemorrhagic disease (EHD) is considered the most important infectious disease of white tailed deer (WTD) in North America, some studies in Northeast Mexico reported EHDV-seropositive WTD and EHDV-infected Culicoides vectors. The increasing population of WTD that share habitat with livestock in Northeast México highlights the importance of EHD for the livestock industry in the transboundary region with the U.S. One hundred and twenty two samples from WTD in Tamaulipas state, Mexico were tested by ELISA and RT-PCR for EHDV antibodies and nucleic acid, respectively. Twelve animals were seropositive to ELISA and eleven animals were positive by RT-PCR. This is the first report of EHDV nucleic acid detection in WTD from Mexico. It is hypothesized that applying the transboundary disease approach to interdisciplinary research will help fill knowledge gaps, which could help develop countermeasures to mitigate the threat of EHDV infection in wildlife and livestock along the U.S.-Mexico border.(AU)

Virus da doença hemorrágica epizoótica (EHDV) são arbovírus dsRNA transmitidos por mordidas do genus Culicoides que causam doenças em ruminantes domésticos e selvagens. Doença hemorrágica epizoótica (EHD) é considerada uma das doenças infecciosas mais importantes dos veados de cauda branca (WTD) na América do Norte. Alguns estudos no Nordeste do México relatam soropositividade para EHDV em WTD e vetores Culicoides infectados com EHDV. A crescente população de WTD que compartilham hábitats com pecuária no Nordeste do México realçam a importância de EHD para a indústria pecuária na região de fronteira com os Estados Unidos. Cento e vinte duas amostras de WTD no estado de Tamaulipas, Mexico, foram testados por ELISA e RT-PCR para anticorpos e ácido nucleico de EHDV, respectivamente. Esse é o primeiro relato de detecção de ácido nucleico de EHDV em WTD do México. A hipótese é de que a aplicação de uma resposta transfronteira e pesquisa interdisciplinar ajudará a preencher lacunas de conhecimento levando a medidas reativas para mitigar a ameaça de infecção por EHDV na pecuária e animais selvagens na fronteira entre os Estados Unidos e o Mexico.(AU)

Yersinia pestis detection by loop-mediated isothermal amplification combined with magnetic bead capture of DNA

We developed a loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay for the detection of Y. pestis by targeting the 3a sequence on chromosome. All 11 species of the genus Yersinia were used to evaluate the specificity of LAMP and PCR, demonstrating that the primers had a high level of specificity. The sensitivity of LAMP or PCR was 2.3 or 23 CFU for pure culture, whereas 2.3 × 104 or 2.3 × 106 CFU for simulated spleen and lung samples. For simulated liver samples, the sensitivity of LAMP was 2.3 × 106 CFU, but PCR was negative at the level of 2.3 × 107 CFU. After simulated spleen and lung samples were treated with magnetic beads, the sensitivity of LAMP or PCR was 2.3 × 103 or 2.3 × 106 CFU, whereas 2.3 × 105 or 2.3 × 107 CFU for magnetic bead-treated liver samples. These results indicated that some components in the tissues could inhibit LAMP and PCR, and liver tissue samples had a stronger inhibition to LAMP and PCR than spleen and lung tissue samples. LAMP has a higher sensitivity than PCR, and magnetic bead capture of DNAs could remarkably increase the sensitivity of LAMP. LAMP is a simple, rapid and sensitive assay suitable for application in the field or poverty areas.(AU)

O papel das nucleases no laboratório de biologia molecular: vilãs ou aliadas? / The role of nucleases in the molecular biology laboratory: villains or allies?

Em laboratório de biologia molecular existem normas para prevenir que nucleases destruam os ácidos nucleicos em análise. Rígida adesão a estas normas é primordial, principalmente em laboratórios de análises clínicas e ao se lidar com amostras com número restrito de cópias do genoma-alvo. Em contraposição, diversas nucleases têm tido importância fundamental, por exemplo, na identificação do ácido nucleico de vírus, investigação de RNA mensageiro, purificação de vírus em abordagem metagenômica, edição de genomas com o sistema CRISPR/Cas e descoberta de enzimas. O conhecimento de como nucleases podem ser tanto vilãs quanto aliadas é essencial na formação de todos que trabalham no campo de biologia molecular.

In a molecular biology laboratory there are standards to prevent nucleases from destroying the nucleic acids under analysis. Strict adherence to these standards is paramount, mainly in clinical analysis laboratories and when dealing with samples with a limited number of copies of the target genome. In contrast, several nucleases have been of fundamental importance, for example, in the identification of the type of viral nucleic acid, investigation of messenger RNA, virus purification in metagenomic approach, genome editing with the CRISPR/Cas system, and enzyme discovery. Knowledge of how nucleases can be both villains and allies is essential in the training of all working in the field of molecular biology.

O papel das nucleases no laboratório de biologia molecular: vilãs ou aliadas? / The role of nucleases in the molecular biology laboratory: villains or allies?

Em laboratório de biologia molecular existem normas para prevenir que nucleases destruam os ácidos nucleicos em análise. Rígida adesão a estas normas é primordial, principalmente em laboratórios de análises clínicas e ao se lidar com amostras com número restrito de cópias do genoma-alvo. Em contraposição, diversas nucleases têm tido importância fundamental, por exemplo, na identificação do ácido nucleico de vírus, investigação de RNA mensageiro, purificação de vírus em abordagem metagenômica, edição de genomas com o sistema CRISPR/Cas e descoberta de enzimas. O conhecimento de como nucleases podem ser tanto vilãs quanto aliadas é essencial na formação de todos que trabalham no campo de biologia molecular.(AU)

In a molecular biology laboratory there are standards to prevent nucleases from destroying the nucleic acids under analysis. Strict adherence to these standards is paramount, mainly in clinical analysis laboratories and when dealing with samples with a limited number of copies of the target genome. In contrast, several nucleases have been of fundamental importance, for example, in the identification of the type of viral nucleic acid, investigation of messenger RNA, virus purification in metagenomic approach, genome editing with the CRISPR/Cas system, and enzyme discovery. Knowledge of how nucleases can be both villains and allies is essential in the training of all working in the field of molecular biology.(AU)

Eficacia del reciclaje de gel de agarosa en laboratorio comercial / Effectiveness in recycling agarose's gel in commercial laboratory / Efetividade na reciclagem do gel de agarose em laboratório comercial

La electroforesis en gel de agarosa es una técnica usada con frecuencia en laboratorios de biología molecular. Esta técnica permite la separación de moléculas de ácido nucleico. La agarosa es un polisacárido obtenido a partir de las paredes celulares de las algas con un alto costo. Después de su uso, el producto en forma de gel, se considera un contaminante ambiental que debe ser desechado de forma adecuada. El rendimiento total del producto obtenido fue de 81% y el mismo fue estudiado para determinar su eficacia. Pruebas de laboratorio demostraron que la agarosa reciclada posee propiedades idénticas al comparar con otros geles de agarosa producidos comercialmente.(AU)

The agarose gel electrophoresis is a often technique used by molecular biology laboratories. This techninque allows acid nucleic molecules separation. The agarose is a polysaccharide obtained from celular walls of seaweed having a high cost. After your use, the product in gel form is considered enviorments hazardous and needs specialized waste. The obtained product showed a yield of 81% and it was tested as to yours efficiency. Tests showed that recycled agarose presents identical results compared with gels made from commercial agarose.(AU)

A eletroforese em gel de agarose é uma técnica frequentemente utilizada em laboratórios de biologia molecular. Esta técnica possibilita a separação de moléculas de ácidos nucleicos. A agarose é um polissacarídeo obtido das paredes celulares de algas marinhas tendo um custo elevado. Após a sua utilização, o produto em forma de gel é considerado um contaminante ambiental e necessita de descarte especializado. O produto obtido apresentou o rendimento total de 81% e foi testado quanto a sua eficiência. Os testes demonstraram que a agarose reciclada apresenta resultados idênticos quando comparados aos obtidos em géis produzidos com agarose comercial.(AU)

Eficacia del reciclaje de gel de agarosa en laboratorio comercial / Effectiveness in recycling agarose's gel in commercial laboratory / Efetividade na reciclagem do gel de agarose em laboratório comercial

La electroforesis en gel de agarosa es una técnica usada con frecuencia en laboratorios de biología molecular. Esta técnica permite la separación de moléculas de ácido nucleico. La agarosa es un polisacárido obtenido a partir de las paredes celulares de las algas con un alto costo. Después de su uso, el producto en forma de gel, se considera un contaminante ambiental que debe ser desechado de forma adecuada. El rendimiento total del producto obtenido fue de 81% y el mismo fue estudiado para determinar su eficacia. Pruebas de laboratorio demostraron que la agarosa reciclada posee propiedades idénticas al comparar con otros geles de agarosa producidos comercialmente.

The agarose gel electrophoresis is a often technique used by molecular biology laboratories. This techninque allows acid nucleic molecules separation. The agarose is a polysaccharide obtained from celular walls of seaweed having a high cost. After your use, the product in gel form is considered enviorment’s hazardous and needs specialized waste. The obtained product showed a yield of 81% and it was tested as to yours efficiency. Tests showed that recycled agarose presents identical results compared with gels made from commercial agarose.

A eletroforese em gel de agarose é uma técnica frequentemente utilizada em laboratórios de biologia molecular. Esta técnica possibilita a separação de moléculas de ácidos nucleicos. A agarose é um polissacarídeo obtido das paredes celulares de algas marinhas tendo um custo elevado. Após a sua utilização, o produto em forma de gel é considerado um contaminante ambiental e necessita de descarte especializado. O produto obtido apresentou o rendimento total de 81% e foi testado quanto a sua eficiência. Os testes demonstraram que a agarose reciclada apresenta resultados idênticos quando comparados aos obtidos em géis produzidos com agarose comercial.

The genetic diversity among strawberry breeding resources based on SSRs

Cultivated strawberry (Fragaria × ananassa Duch.) is a high value horticultural crop. In this study, the genetic diversity of 160 strawberry accessions was determined using five highly polymorphic simple sequence repeat (SSR) markers. Sixty different alleles were identified, with allele frequencies in the range of 0.006 to1. Similarity scores were in the range of 0.034 to 0.963 (average: 0.507). The accessions were categorized into five groups. Group 1 contained two diploid Fragaria vesca species and one unknown accession. Group 2 contained one accession (F x ananassa). Group 3 contained 20 F × ananassa accessions and six unknown accessions. Group 4 contained 48 F. × ananassa accessions, one octaploid Fragaria chiloensis species, and six unknown accessions while Group 5 contained 69 F. × ananassa accessions and six unknown accessions. Accessions within a pedigree were frequently grouped together. A total of 30 novel accessions were categorized alongside existing accessions. These results will allow breeders to develop strategies which incorporate more genetic diversity into new cultivars.

The genetic diversity among strawberry breeding resources based on SSRs

Cultivated strawberry (Fragaria × ananassa Duch.) is a high value horticultural crop. In this study, the genetic diversity of 160 strawberry accessions was determined using five highly polymorphic simple sequence repeat (SSR) markers. Sixty different alleles were identified, with allele frequencies in the range of 0.006 to1. Similarity scores were in the range of 0.034 to 0.963 (average: 0.507). The accessions were categorized into five groups. Group 1 contained two diploid Fragaria vesca species and one unknown accession. Group 2 contained one accession (F x ananassa). Group 3 contained 20 F × ananassa accessions and six unknown accessions. Group 4 contained 48 F. × ananassa accessions, one octaploid Fragaria chiloensis species, and six unknown accessions while Group 5 contained 69 F. × ananassa accessions and six unknown accessions. Accessions within a pedigree were frequently grouped together. A total of 30 novel accessions were categorized alongside existing accessions. These results will allow breeders to develop strategies which incorporate more genetic diversity into new cultivars.(AU)

Identification and validation of novel EST-SSR markers in olives

The olive (Olea europaea L.) is a leading oil crop in the Mediterranean area. Limited information on the inheritance of agronomic significant traits hinders progress in olive breeding programs, which encourages the development of markers linked to the traits. In this study, we report on the development of 46 olive simple sequence repeat (SSR) markers, obtained from 577,025 expressed sequence tags (ESTs) in developing olive fruits generated in the framework of the Slovenian national olive transcriptome project. Sequences were de novo assembled into 98,924 unigenes, which were then used as a source for microsatellites searching. We identified 923 unigenes that contained 984 SSRs among which dinucleotide SSRs (36 %) were the most abundant, followed by tri- (33 %) and hexa- (21 %) nucleotides. Microsatellite repeat motif GA (37 %) was the most common among dinucleotides, while microsatellite repeat motif GAA was the most abundant trinucleotide SSR motif (16 %). Gene ontology annotations could be assigned to 27 % of the unigenes. A hundred and ten expressed sequence tag-derived-simple sequence repeats (EST-SSRs) with annotated genes were selected for primer designing and finally, 46 (42 %) polymorphic EST-SSRs were successfully amplified and used to validate genetic diversity among 24 olive varieties. The average number of alleles per locus, observed heterozygosity, expected heterozygosity, and polymorphic information content were 4.5, 0.649, 0.604 and 0.539, respectively. Twenty-seven EST-SSRs showed good diversity properties and were recommended for further olive genome investigation.

Identification and validation of novel EST-SSR markers in olives

The olive (Olea europaea L.) is a leading oil crop in the Mediterranean area. Limited information on the inheritance of agronomic significant traits hinders progress in olive breeding programs, which encourages the development of markers linked to the traits. In this study, we report on the development of 46 olive simple sequence repeat (SSR) markers, obtained from 577,025 expressed sequence tags (ESTs) in developing olive fruits generated in the framework of the Slovenian national olive transcriptome project. Sequences were de novo assembled into 98,924 unigenes, which were then used as a source for microsatellites searching. We identified 923 unigenes that contained 984 SSRs among which dinucleotide SSRs (36 %) were the most abundant, followed by tri- (33 %) and hexa- (21 %) nucleotides. Microsatellite repeat motif GA (37 %) was the most common among dinucleotides, while microsatellite repeat motif GAA was the most abundant trinucleotide SSR motif (16 %). Gene ontology annotations could be assigned to 27 % of the unigenes. A hundred and ten expressed sequence tag-derived-simple sequence repeats (EST-SSRs) with annotated genes were selected for primer designing and finally, 46 (42 %) polymorphic EST-SSRs were successfully amplified and used to validate genetic diversity among 24 olive varieties. The average number of alleles per locus, observed heterozygosity, expected heterozygosity, and polymorphic information content were 4.5, 0.649, 0.604 and 0.539, respectively. Twenty-seven EST-SSRs showed good diversity properties and were recommended for further olive genome investigation.(AU)

Bovine respiratory disease associated with Histophilus somni and bovine respiratory syncytial virus in a beef cattle feedlot from Southeastern Brazil / Doença respiratória bovina associada a Histophilus somni e vírus respiratório sincicial bovino em um confinamento de bovinos de corte na região sudeste do Brasil

Bovine respiratory disease (BRD) is a complex multifactorial and multi-etiological disease entity that is responsible for the morbidity and mortality particularly in feedlot cattle from North America. Information relative to the occurrence of BRD in Brazil and the associated infectious agents are lacking. This study investigated the participation of infectious agents of BRD in a beef cattle feedlot from Southeastern Brazil. Nasopharyngeal swabs of 11% (10/90) of cattle (n, 450) with clinical manifestations of respiratory distress were analyzed by targeting specific genes of the principal infectious pathogens of BRD. In addition, pulmonary fragments of one the animals that died were collected for histopathological and molecular diagnoses. The nucleic acids of Histophilus somni and bovine respiratory syncytial virus (BRSV) were identified in 20% (2/10) of the nasopharyngeal swabs of the animals with respiratory distress; another contained only BRSV RNA. Moreover, the nucleic acids of both infectious agents were amplified from the pulmonary fragments of the animal that died with histopathological evidence of bronchopneumonia and interstitial pneumonia; the nasopharyngeal swab of this animal also contained the nucleic acids of both pathogens. Additionally, all PCR and/or RT-PCR assays designed to detect the specific genes of Mannheimia haemolytica, Pasteurella multocida, Mycoplasma bovis, bovine viral diarrhea virus, bovine herpesvirus -1, bovine parainfluenza virus-3, and bovine coronavirus yielded negative results. Phylogenetic analyses suggest that the isolates of H. somni circulating in Brazil are similar to those identified elsewhere, while there seem to be diversity between the isolates of BRSV within cattle herds from different geographical locations of Brazil.(AU)

A Doença Respiratória Bovina (DRB) é uma infecção multifatorial e multietiológica que ocasiona aumento nas taxas de morbidade e mortalidade em confinamentos bovinos. As informações disponíveis com relação à ocorrência de DRB no Brasil e sua associação com agentes infecciosos são ainda ocasionais. Esse estudo avaliou a participação de agentes infecciosos relacionados à DRB em um confinamento de bovinos na região sudeste do Brasil. Swabs nasofaríngeos de 11% (n=10) dos bovinos (n=90) com sinais clínicos de DRB em um lote de 450 animais foram analisados por técnicas moleculares para amplificação de genes específicos dos principais patógenos relacionados à DRB. Adicionalmente, fragmentos de pulmão de um dos animais, que morreu por DRB foi coletado para diagnóstico histopatológico e molecular. O ácido nucleico de Histophilus somni e do vírus respiratório sincicial bovino (BRSV) foi identificado em 20% (2/10) dos swabs nasofaríngeos. Em outro animal foi possível amplificar apenas o RNA do BRSV. O ácido nucleico de ambos os patógenos foi amplificado a partir de fragmentos pulmonares, que na histopatologia apresentou evidências de broncopneumonia e pneumonia intersticial. A partir do swab nasofaríngeo desse animal também foi possível amplificar o ácido nucleico de ambos os patógenos. Adicionalmente, todas as reações de PCR e RT-PCR realizadas para amplificar genes específicos de Mannheimia haemolytica, Pasteurella multocida, Mycoplasma bovis, vírus da diarreia viral bovina, herpesvírus bovino 1, vírus parainfluenza bovino 3 e coronavírus bovino foram negativas. Esses resultados confirmam a participação do H. somni e do BRSV no desenvolvimento de DRB em bovinos confinados no Brasil e abrem a perspectiva da realização de estudos mais amplos com o objetivo de identificar os principais agentes etiológicos da DRB no Brasil.(AU)