Age and growth of skipjack tuna (Katsuwonus pelamis) in the western equatorial Atlantic based on dorsal spines analysis / Idade e crescimento do bonito-listrado (Katsuwonus pelamis) no Atlântico Oeste Equatorial com base na análise dos espinhos dorsais

The skipjack tuna (Katsuwonus pelamis) is a migratory pelagic fish occurring in all tropical and subtropical oceans of the world. Due to its economic importance and the unbridled increase in fishing efforts, stocks may collapse if this resource is not managed properly. The present study aimed to estimate growth parameters from different growth models based on annual rings from the dorsal spines of skipjack tuna caught in the western equatorial Atlantic. The first dorsal spine of each individual was extracted to produce cross-sections with 0.6 to 0.8 mm in thickness. We used a multi-model approach to select the best growth model based on the Akaike information criterion (AIC). Two hundred seventy individuals were analyzed, with an average length of 49.58 ± 7.72 cm. The von Bertalanffy growth model had the best fit to the data, but the Gompertz and Logistic models also had essential support. Average asymptotic length (LL) was estimated to be 114.05 and 102.63 cm for observed and back-calculated data, respectively. The dorsal spines are indeed efficient tools for estimating growth parameters and multi-model inference is a novel approach for adjusting discrepancies that likely result from a single-model approach.

O bonito-listrado (Katsuwonus pelamis) é um peixe pelágico migratório que ocorre em todos os oceanos tropicais e subtropicais do mundo. Devido à sua importância econômica e ao aumento desen-freado do esforço de pesca, os estoques podem entrar em colapso se este recurso não for manejado adequadamente. O presente estudo teve como objetivo estimar parâmetros de crescimento para di-ferentes modelos baseados nos anéis etários formados nos espinhos dorsais do bonito-listrado cap-turado no Atlântico Oeste Equatorial. O primeiro espinho dorsal de cada indivíduo foi extraído para produzir cortes transversais com 0,6 a 0,8 mm de espessura. Utilizamos uma abordagem de múltiplos modelos para selecionar o melhor modelo de crescimento com base no critério de informação de Akaike (AIC). Foram analisados 277 indivíduos, com comprimento médio de 49,58 ± 7,72 cm. O modelo de crescimento de von Bertalanffy teve o melhor ajuste aos dados, mas os modelos de Gompertz e Logístico também tiveram um suporte essencial. O comprimento assintótico médio (LL) foi estimado em 114,05 e 102,63 cm para dados observados e retrocalculados, respectivamente. Os espinhos dorsais são de fato ferramentas eficientes para estimativa dos parâmetros de crescimento e a inferência de multi-modelos é uma nova abordagem para ajustar as discrepâncias que provavelmente resultam de uma abordagem com base em um único modelo.

Estimation of heritability and genetic correlations between milk yield and linear type traits in primiparous Holstein-Friesian cows

Estimation of genetic variability and genetic correlations between production traits (milk yield, fat yield, fat content, protein yield, and protein content) and selected type traits (angularity, fore udder height, rear udder height, front teat placement, teat length, and udder depth) was done using data sets of 10,860 first-calving Holstein-Friesian cows raised in the territory of the Republic of Serbia. Genetic variance and covariance were obtained using the Restricted Maximum Likelihood (REML) method, VCE v6 software, and the multi-trait mixed model. To enable more precise estimates of values for genetic variances and covariance, a relationship matrix was formed for the individual model (animal model), encompassing 21363 animals. The highest heritability values were obtained for milk yield (0.182), fat yield (0.134), and protein yield (0.170). The lowest heritability estimates were for teat length, front teat placement, rear udder height, and udder depth, all being under 0.110. Genetic correlations between production traits and linear type traits were between −0.131 (fat content and front teat length) and 0.307 (protein yield and fore udder attachment). The largest number of traits shows a positive genetic correlation with the traits of milk yield, which thus indicates possibility of genetic improvements of milk yield in cattle without jeopardizing the type traits or vice versa.

CAUSAL LEARNING TECHNIQUES USING MULTI-OMICS DATA FOR CARCASS AND MEAT QUALITY TRAITS IN NELORE CATTLE

Registros de características quantitativas e informações genotípicas coletadas para cada animal são utilizados para identificar regiões do genoma associadas à variação fenotípica. No entanto, essas investigações são, geralmente, realizadas com base em testes estatísticos de correlação ou associação, que não implicam em causalidade. A fim de explorar amplamente essas informações, métodos poderosos de inferência causal foram desenvolvidos para estimar os efeitos causais entre as variáveis estudadas. Apesar do progresso significativo neste campo, inferir os efeitos causais entre variáveis aleatórias contínuas ainda é um desafio e poucos estudos têm explorado as relações causais em genética quantitativa e no melhoramento animal. Neste contexto, dois estudos foram realizados com os seguintes objetivos: 1) Buscar as relações causais entre as características de carcaça e qualidade de carne usando um modelo de equação estrutural (MEE), sob modelo linear misto em bovinos da raça Nelore, e 2) Reconstruir redes de genes-fenótipos e realizar análise de rede causal por meio da integração de dados fenotípicos, genotípicos e transcriptômicos em bovinos da raça Nelore. Para o primeiro estudo, um total de 4.479 animais com informação fenotípica para o peso da carcaça quente (PCQ), área de olho lombo (AOL), espessura de gordura subcutânea (EGS), força de cisalhamento (FC) e marmoreio (MAR) foram usados. Os animais foram genotipados usando os painéis BovineHD Bead-Chip e GeneSeek Genomic Profiler Indicus HD - GGP75Ki. Para inferência causal usando MEE, uma metodologia de múltiplos passos foi utilizada: a) um modelo multicaracteristica padrão, considerando as características estudadas, foi ajustado e as (co)variâncias residuais a posteriori foram estimadas, b) o algoritmo "Inductive Causation" (IC) foi utilizado para inferir as estruturas causais entre as caracteríticas usando as (co)variância residuais a posterior, e c) a partir da estrutura causal recuperada pelo algoritmo IC, o MEE foi ajustado. Aplicando intervalo de maior densidade a posteriori (HPD) de 95 %, 90 % e 85 %, as mesmas estruturas causais entre as características foram detectados pelo algoritmo IC, com links não direcionados entre EGS com PCQ e MAR. Ligação extra entre FC e PCQ e a direção entre EGS e PCQ foram identificados usando intervalo de HPD menor (80 %), enquanto que o link entre EGS e MAR permaneceram estatisticamente sem direção. Dois MEE diferentes foram ajustados com base na rede causal recuperada pelo algoritmo IC, com a seta EGS MAR ou com a seta EGS MAR. O MEE que melhor se ajustou compreende as seguintes ligações entre características: FC AOL, FC PCQ, PCQ AOL, EGS PCQ e EGS MAR com coeficientes estruturais a posteriori igual a -0,29, 0,43, 0,10, 1,92 e 0,03, respectivamente. O MEE final revelou relações causais entre as características, e os efeitos causais sugerem que intervenções em FC e no EGS afetariam diretamente o PCQ e a MAR. Para o segundo estudo, um total de 4.599 animais com informações fenotípicas (AOL, EGS e FC) e genotípicas (como descrito anteriormente) foi utilizados. O sequenciamento do RNA (RNA-Seq) para 80 amostras de tecido muscular de animais da raça Nelore foi reali-zado pelo sistema Illumina HiSeq 2500 produzindo leituras pared-end de 2x100 pares de bases usando amostra de tecido muscular. Redes de gene-fenótipo e análise de rede causal foram realizadas usando uma abordagem de três passos: a) análises de varredura do genôma para identificar a associação entre dados genotípicos e fenotípicos (pQTL mapeamento de locos de características quantitativas fenotípicas) e entre dados genotípicos e de expressão gênica (eQTL - mapeamento de locos de características quantitativas de expressão). Os efeitos dos marcadores estimados em cada mapeamento de pQTL para os fenótipos estudados (AOL, EGS e FC) foram usados para realizar uma análise multicaracteristica. b) regiões significativas para os dois mapeamentos de QTL (multicaracteristica e eQTL) foram co-localizadas, e c) a reconstrução da rede usando um algoritmo de aprendizado estrutural causal considerando AOL, EGS, FC, eQTL e características de expressão gênica foi realizada. A partir da análise multi-característica, 14 regiões do genoma foram associadas significativamente com AOL, EGS e FC e 19 cis-eQTL estavam sobrepondo cinco das regiões do genoma. Com base na posição cis-eQTL (a mais significativa em cada região do genoma), trinta e dois genes próximos foram identificados. Integrando dados fenotípicos, genotípicos e de expressão gênica a rede inferida indicou que o rs137704711, localizado no cromossomo 20, afetou os três fenótipos (AOL, EGS e FC), e o rs133894950, localizado no cromossomo 16, afetou o EGS por meio da expressão de vários genes localizados em diferentes cromossomos. As inferências causais realizadas utilizando diferentes metodologias foram capazes de identificar relações causais entre as variáveis em estudo.

Quantitative traits and genotypes information have been collected for each animal and used to identify genome regions related to phenotypes variation. However, these investigations are, usually, performed based on correlation or association statistical tests, which do not imply in causation. In order to fully explore these informations, powerful causal inference methods have been developed to estimate causal effects among the variables under study. Despite significant progress in this field infer causal effect among random variables remains a challenge and some few studies have explored causal relationships in quantitative genetics and animal breeding. In this context, two studies were performed with the following objectives: 1) Search for the causal relationship among carcass yield and meat quality traits using a structural equation model (SEM), under linear mixed model context in Nelore cattle, and 2) Reconstruct gene-phenotype networks and perform causal network analysis through the integrating of phenotypic, genotypic, and transcriptomic data in Nelore cattle. For the first study, a total of 4,479 animals with phenotypic information for hot carcass weight (HCW), longissimus muscle area (LMA), backfat thickness (BF), Warner-Bratzler shear force (WBSF), and marbling score (MB) traits were used. Animals were genotyped using BovineHD BeadChip and GeneSeek Genomic Profiler Indicus HD - GGP75Ki. For causal inference using SEM a multistep procedure methodology was used as follow: a) a standard multi-trait model for studied traits was fitted to access the posterior residual (co)variances, b) the Inductive Causation (IC) algorithm was used to infer causal structures between traits using the posterior residual (co)variances, and c) from the selected causal structure retrieved by the IC algorithm the SEM was fitted. Applying 95 %, 90 % and 85 % highest posterior density (HPD) the same graph was detected by the IC algorithm with undirected links between BF with HCW and MB. Extra link between WBSF and HCW and the direction between BF and HWC were identified using narrow HPD interval (80 %), whereas the link between BF and MB remained undirected. Two different SEM were fitted based on the causal network retrieved by the IC algorithm with either arrow BF MB or BF MB. The most feasible SEM comprise the following links between traits: WBSF LMA, WBSF HCW, HCW LMA, BF HCW, and BF MB, with structural coefficients posterior means equal -0.29, 0.43, 0.10, 1.92, and 0.03, respectively. The final SEM revealed some interesting relationships among the traits, and the causal effects suggest that interventions on WBSF and BF would direct affect HCW and LMA. For the second study, a total of 4,599 animals with phenotypic (LMA, BF, and WBSF) and genotypic (as previously described) information were used. RNA sequen-cing (RNA-Seq) for 80 Nelore cattle muscle tissue samples was carried out by Illumina HiSeq 2500 System to produce 2x100 base pairs paired-end reads using muscle tissue sample. Gene-phenotype networks and causal network analysis were performed using a three-step approach as follow: a) genome scan analyses to identify the association between genotypic and phenotypic data (pQTL phenotype quantitative trait loci mapping), and between genotypic and gene expression data (eQTL expression quantitative trait loci mapping). The markers effects estimated in every single pQTL mapping for the phenotypes studied (LMA, BF, and WBSF) were used to perform a multi-trait analysis. b) significant regions from both QTL mapping (multi-trait and eQTL) were co-localized, and c) network reconstruction using causal structural learning algorithm incorporating LMA, BF, WBSF eQTL and gene expression traits was performed. From the multi-trait analysis, 14 genome regions were significant across LMA, BF, and WBSF and 19 cis-eQTL were overlapping five of the genome regions. Based on the cis-QTL position (the most significant in each genome region), thirty-two nearby genes were identified. Integrating phenotypes, genotypes and gene expression data the inferred network indicated that the rs137704711, located in chromosome 20, affected the three phenotypes (LMA, BF, and WBSF), and the rs133894950, located in chromosome 16, affected BF through the expression of several genes located in different chromosomes. The causal inferences performed using different methodologies were able to identify important causal relationships among the variables under study.

Factors influencing the selection of communal roost sites by the Black Vulture Coragyps atratus (Aves: Cathartidae) in an urban area in Central Amazon

Increasing populations of the Black Vulture, Coragyps atratus (Bechstein, 1793) and the capacity this bird has to live near humans has resulted in vulture-human conflicts. These conflicts increase the need for the effective management of vultures. Improved understanding of communal roosting dynamics is a key aspect of vulture biology that provides information for effective management that can mitigate conflicts. Here we investigated factors influencing roosting site selection by Black Vultures in Manaus. We monitored 40 native vegetation remnants (VR), visiting each VR twice (two independent observers) between 5:00 p.m. and 6:00 p.m. once every two-three months from June to November 2011. Using maximum-likelihood analysis and information-theoretic multimodel inference, we investigated the effects of VR covariates (size, shape, and location relative to feeding sites, to thermal power plants, and to other VRs) on VR occupancy by roosting Black Vultures. Distance to feeding sites (mainly garbage-dumping sites) was identified as the most important covariate (model-averaged = -0.62, SE = 0.26) and the other variables had no significant effects. Our results indicate that Black Vultures adjusted to the nearest possible roost to the food source to reduce the cost of movement. This suggests that reducing Black Vulture access to food through simple waste management and sanitation policies, including public education, may help reduce vulture-human conflicts in Manaus.

Factors influencing the selection of communal roost sites by the Black Vulture Coragyps atratus (Aves: Cathartidae) in an urban area in Central Amazon

Increasing populations of the Black Vulture, Coragyps atratus (Bechstein, 1793) and the capacity this bird has to live near humans has resulted in vulture-human conflicts. These conflicts increase the need for the effective management of vultures. Improved understanding of communal roosting dynamics is a key aspect of vulture biology that provides information for effective management that can mitigate conflicts. Here we investigated factors influencing roosting site selection by Black Vultures in Manaus. We monitored 40 native vegetation remnants (VR), visiting each VR twice (two independent observers) between 5:00 p.m. and 6:00 p.m. once every two-three months from June to November 2011. Using maximum-likelihood analysis and information-theoretic multimodel inference, we investigated the effects of VR covariates (size, shape, and location relative to feeding sites, to thermal power plants, and to other VRs) on VR occupancy by roosting Black Vultures. Distance to feeding sites (mainly garbage-dumping sites) was identified as the most important covariate (model-averaged = -0.62, SE = 0.26) and the other variables had no significant effects. Our results indicate that Black Vultures adjusted to the nearest possible roost to the food source to reduce the cost of movement. This suggests that reducing Black Vulture access to food through simple waste management and sanitation policies, including public education, may help reduce vulture-human conflicts in Manaus.

Factors influencing the selection of communal roost sites by the Black Vulture Coragyps atratus (Aves: Cathartidae) in an urban area in Central Amazon

Increasing populations of the Black Vulture, Coragyps atratus (Bechstein, 1793) and the capacity this bird has to live near humans has resulted in vulture-human conflicts. These conflicts increase the need for the effective management of vultures. Improved understanding of communal roosting dynamics is a key aspect of vulture biology that provides information for effective management that can mitigate conflicts. Here we investigated factors influencing roosting site selection by Black Vultures in Manaus. We monitored 40 native vegetation remnants (VR), visiting each VR twice (two independent observers) between 5:00 p.m. and 6:00 p.m. once every two-three months from June to November 2011. Using maximum-likelihood analysis and information-theoretic multimodel inference, we investigated the effects of VR covariates (size, shape, and location relative to feeding sites, to thermal power plants, and to other VRs) on VR occupancy by roosting Black Vultures. Distance to feeding sites (mainly garbage-dumping sites) was identified as the most important covariate (model-averaged = -0.62, SE = 0.26) and the other variables had no significant effects. Our results indicate that Black Vultures adjusted to the nearest possible roost to the food source to reduce the cost of movement. This suggests that reducing Black Vulture access to food through simple waste management and sanitation policies, including public education, may help reduce vulture-human conflicts in Manaus.

Factors influencing the selection of communal roost sites by the Black Vulture Coragyps atratus (Aves: Cathartidae) in an urban area in Central Amazon

Increasing populations of the Black Vulture, Coragyps atratus (Bechstein, 1793) and the capacity this bird has to live near humans has resulted in vulture-human conflicts. These conflicts increase the need for the effective management of vultures. Improved understanding of communal roosting dynamics is a key aspect of vulture biology that provides information for effective management that can mitigate conflicts. Here we investigated factors influencing roosting site selection by Black Vultures in Manaus. We monitored 40 native vegetation remnants (VR), visiting each VR twice (two independent observers) between 5:00 p.m. and 6:00 p.m. once every two-three months from June to November 2011. Using maximum-likelihood analysis and information-theoretic multimodel inference, we investigated the effects of VR covariates (size, shape, and location relative to feeding sites, to thermal power plants, and to other VRs) on VR occupancy by roosting Black Vultures. Distance to feeding sites (mainly garbage-dumping sites) was identified as the most important covariate (model-averaged = -0.62, SE = 0.26) and the other variables had no significant effects. Our results indicate that Black Vultures adjusted to the nearest possible roost to the food source to reduce the cost of movement. This suggests that reducing Black Vulture access to food through simple waste management and sanitation policies, including public education, may help reduce vulture-human conflicts in Manaus.

Factors influencing the selection of communal roost sites by the Black Vulture Coragyps atratus (Aves: Cathartidae) in an urban area in Central Amazon

Increasing populations of the Black Vulture, Coragyps atratus (Bechstein, 1793) and the capacity this bird has to live near humans has resulted in vulture-human conflicts. These conflicts increase the need for the effective management of vultures. Improved understanding of communal roosting dynamics is a key aspect of vulture biology that provides information for effective management that can mitigate conflicts. Here we investigated factors influencing roosting site selection by Black Vultures in Manaus. We monitored 40 native vegetation remnants (VR), visiting each VR twice (two independent observers) between 5:00 p.m. and 6:00 p.m. once every two-three months from June to November 2011. Using maximum-likelihood analysis and information-theoretic multimodel inference, we investigated the effects of VR covariates (size, shape, and location relative to feeding sites, to thermal power plants, and to other VRs) on VR occupancy by roosting Black Vultures. Distance to feeding sites (mainly garbage-dumping sites) was identified as the most important covariate (model-averaged = -0.62, SE = 0.26) and the other variables had no significant effects. Our results indicate that Black Vultures adjusted to the nearest possible roost to the food source to reduce the cost of movement. This suggests that reducing Black Vulture access to food through simple waste management and sanitation policies, including public education, may help reduce vulture-human conflicts in Manaus.

Modelling the growth of tambaqui, Colossoma macropomum (Cuvier, 1816) in floodplain lakes: model selection and multimodel inference / Modelagem do crescimento do tambaqui (Colossoma macropomum Cuvier, 1816): seleção de modelos e inferência multimodelos

The tambaqui, Colossoma macropomum, is one of the most commercially valuable Amazonian fish species, and in the floodplains of the region, they are caught in both rivers and lakes. Most growth studies on this species to date have adjusted only one growth model, the von Bertalanffy, without considering its possible uncertainties. In this study, four different models (von Bertalanffy, Logistic, Gompertz and the general model of Schnüte-Richards) were adjusted to a data set of fish caught within lakes from the middle Solimões River. These models were adjusted by non-linear equations, using the sample size of each age class as its weight. The adjustment evaluation of each model was based on the Akaike Information Criterion (AIC), the variation of AIC between the models (i) and the evidence weights (wi). Both the Logistic (i = 0.0) and Gompertz (i = 1.12) models were supported by the data, but neither of them was clearly superior (wi, respectively 52.44 and 29.95%). Thus, we propose the use of an averaged-model to estimate the asymptotic length (L). The averaged-model, based on Logistic and Gompertz models, resulted in an estimate of L=90.36, indicating that the tambaqui would take approximately 25 years to reach average size.(AU)

O tambaqui, Colossoma macropomum, é uma das espécies de peixes amazônicos de maior valor comercial, sendo capturado em rios e lagos da planície alagável da região. Até o presente, a maioria dos estudos sobre essa espécie tem ajustado um único modelo de crescimento, o de von Bertalanffy, sem considerer as possíveis incertezas associadas ao uso do modelo. Neste estudo, quatro modelos diferentes (von Bertalanffy, Logístico, Gompertz e o modelo geral de Schnüte-Richards) foram ajustados a um conjunto de dados de peixes capturados no interior de lagos situados no médio Solimões. Esses modelos foram ajustados por equações não lineares e o número de tambaquis em cada classe de tamanho foi usado como peso no ajuste. A avaliação do ajuste de cada modelo foi baseada no Critério de Informação de Akaike (AIC), na diferença do AIC entre os modelos (i) e nos pesos de evidência (wi). Tanto o modelo Logístico (i = 0,0) como o de Gompertz (i = 1,12) foram suportados pelos dados, mas nenhum deles foi claramente superior (wi, respectivamente, de 52,44 e 29,95%). Assim, é proposto o uso de um modelo médio para estimar o comprimento assintótico (L). O modelo médio, baseado nos modelos Logístico e de Gompertz, resultou em uma estimativa de L = 90,36 e indicou que o tambaqui levaria aproximadamente 25 anos para atingir esse tamanho.(AU)

CONVERSÃO ALIMENTAR INDIVIDUAL, INTERAÇÃO GENÓTIPOS X NÍVEIS DE PROTEÍNA E ANÁLISE DE IMOBILIDADE TÔNICA EM CODORNAS DE CORTE

A evolução da cadeia produtiva de proteína animal e a maior exigência de mercado quanto a qualidade de produto final, reforçam a importância do desenvolvimento e/ou aprimorar ferramentas aplicadas ao melhoramento animal, visando ao progresso genético de modo sustentável. Assim, objetivou-se investigar fatores ligados à conversão alimentar, interação genótipos e ambientes (GxE), e bem-estar animal via diferentes métodos estatísticos, em duas linhagens de codornas de corte pertencentes à Universidade Federal de Viçosa. Para avaliação da conversão alimentar, parâmetros genéticos foram estimados por meio de modelos multicaracterísticos via inferência bayesiana, para as seguintes características: conversão alimentar individual de 21 a 28 (FC21-28) e de 28 a 35 dias de idade (FC28-35); ganho de peso corporal de 1 a 21 (BWG121), 21 a 28 (BWG2128), 28 a 35 (BWG2835) e de 1 a 35 (BWG135) dias de idade. As maiores estimativas de correlação genética encontradas para a UFV1 foram de 0.81 e 0.69 entre BWG2128 e BWG135, e FC2128 e FC2835, respectivamente; e para a linha UFV2, foram de 0.88, e -0.76, entre BWG2835 e BWG135, e FC2835 e BWG135, respectivamente. As estimativas de herdabilidade para a linhagem UFV1 para BWG21-28 e FC21-28 foram 0.69 e 0.55, respectivamente; enquanto que para a linhagem UFV2, as herdabilidades para BWG2835 e FC2835 foram 0.68 e 0.37. Sugere-se como critérios de seleção as características BWG21-28 e FC21-28 para a linha UFV1; e BWG2835 para a linha UFV2. Para investigar a GxE foram utilizados diferentes níveis proteicos na dieta (PL), via modelos de normas de reação (RNM). Os RNM foram comparados por meio dos critérios de informação de Akaike (AIC) e Schwarz Bayesian (BIC). O RNM superou o modelo tradicional desconsiderando G×E e sugeriu interação entre genótipo e nível de proteina na dieta (G×PL) para ganho de peso aos 28 e 35 dias de idade. As herdabilidades de moderada a alta magnitude observadas aumentaram em relação ao PL, sugerindo a existência de G×PL para características de crescimento em codornas de corte. Para avaliação de bem-estar foram utilizadas informações de imobilidade tônica, linhagem, sexo e idade dos animais, via análise de sobrevivência. Não houve significância da idade entre as duas linhagens, UFV1 (P = 0.1493) e UFV2 (P = 0.2583). O teste logrank indicou diferença significativa (P = 0.0407) entre os níveis de linhagem/sexo aos 14 dias de idade. Observou-se que os machos da linhagem UFV2 apresenta maior comportamento de medo em relação aos machos da linhagem UFV1. Deste modo, acredita-se que seja possível reduzir os custos do programa de melhoramento relacionados principalmente à alimentação de animais não selecionados e mão-de-obra com fenotipagem.

The evolution of the animal protein production chain and the greater market demand for final product quality reinforce the importance of development and/or improve tools applied to animal breeding, aiming for sustainable genetic progress. The objective of this study was to investigate factors related to feed conversion, interaction genotypes and environments (GxE), and animal welfare through different statistical methods, in two lines of meat quail belonging to the Breeding Farm of the Federal University of Viçosa. In order to evaluate feed conversion, genetic parameters were estimated by means of multi-trait models via Bayesian inference, for the following characteristics: individual feed conversion from 21 to 28 (FC21-28) and from 28 to 35 days of age (FC28-35); body weight gain from 1 to 21 (BWG1-21), 21-28 (BWG21-28), 28-35 (BWG28-35) and from 1 to 35 (BWG1-35) days of age. The highest estimates of genetic correlation found for UFV1 were 0.81 and 0.69 between BWG21-28 and BWG1-35, and FC21-28 and FC28-35, respectively; and for the UFV2 line, were 0.88, and -0.76, between BWG28-35 and BWG1-35, and FC28-35 and BWG1-35, respectively. The heritability estimates for strain UFV1 for BWG21-28 and FC21-28 were 0.69 and 0.55, respectively; while for the UFV2 strain the heritabilities for BWG28-35 and FC28-35 were 0.68 and 0.37. It is suggested as selection criteria the characteristics BWG21-28 and FC21-28 for the UFV1 line; and BWG28-35 for the UFV2 line. To investigate the GxE, different protein levels in the diet (PL) were used, through reaction norms models (RNM). The RNM were compared using the Akaike (AIC) and Schwarz Bayesian (BIC) information criteria. The RNM overcame the traditional model, disregarding G × E and suggested interaction between genotype and protein level in the diet (G × PL) for weight gain at 28 and 35 days of age. The observed moderate to high heritability increased in relation to PL, suggesting the existence of G × PL for growth characteristics in quail. For welfare evaluation, tonic immobility, lineage, sex and age of the animals were used via survival analysis. There was no age significance between the two strains, UFV1 (P = 0.1493) and UFV2 (P = 0.2583). The logrank test indicated a significant difference (P = 0.0407) between lineage / sex levels at 14 days of age. It was observed that the males of the UFV2 lineage presented higher fear behavior in relation to the males of the UFV1 lineage. In this way, it is believed that it is possible to reduce the costs of the breeding program related mainly to feeding of unselected animals and labor with phenotyping.

Age and growth estimation of bigeye tuna, Thunnus obesus (Teleostei: Scombridae) in the southwestern Atlantic

The purpose of the current study was to supply the first information on age and growth for Thunnus obesus caught in the equatorial south-western Atlantic using dorsal spines, an approach that has been successfully employed for ageing tuna species. The study was conducted using a multi-model inference based on information theory for back-calculated and observed length-at-age data. Uncertainty associated with the parameter estimation was verified and results were compared to other accounts on the species, considering both the statistical and methodological contexts. Samples were collected in Natal city (Rio Grande do Norte State, Brazil) from February 1999 to January 2000, of tuna vessels and from surveys, aimed at providing information on the Brazilian Exclusive Economic Zone (EEZ) in the area around São Pedro and São Paulo Archipelago. Validation using marginal increment indicated that one ring is deposited per year. Mean length-at-age ranged of 54.3 to 177.5 cm (fork length) for ages 1 to 9 years. Von Bertalanffy, Richards, and Gompertz models were considered suitable for the bigeye tuna. Hence, the model-averaged asymptotic length ¯L∞ was estimated. The averaged model generated in the present study by back-calculation was considered appropriate for describing the growth of T. obesus.(AU)

A proposta do presente estudo foi fornecer a primeira informação sobre idade e crescimento de Thunnus obesus, capturado no Atlântico sudoeste equatorial usando espinhos dorsais, uma abordagem que tem sido utilizada com sucesso na determinação de idade de espécies de atuns. O estudo foi conduzido usando uma inferência de multi-modelos baseada na teoria de informação avaliada para dados de comprimento por idade retrocalculados e observados. Incertezas associadas aos parâmetros foram verificadas e os resultados foram comparados aos de outros estudos realizados para esta espécie, considerando os contextos estatísticos e metodológicos. As amostras foram coletadas na cidade de Natal (estado do Rio Grande do Norte, Brasil) de fevereiro de 1999 a janeiro de 2000, provenientes de embarcações comerciais e também prospecções, cujo objetivo foi prover informações sobre a Zona Econômica Exclusiva (ZEE) na área do entorno do Arquipélago de São Pedro e São Paulo. A validação usando incremento marginal indicou a deposição de um anel anual. Os comprimentos médios por idade variaram entre 54.3 a 175.7 cm (comprimento furcal) para idades de 1 a 9 anos. Os modelos Von Bertalanffy, Richards e Gompertz foram considerados adequados para a albacora bandolim e, desta forma, o comprimento assintótico para um modelo médio (¯L∞) foi estimado. O modelo médio gerado no presente estudo a partir dos comprimentos retrocalculados foi considerado apropriado para descrever o crescimento de T. obesus capturada no Atlântico.(AU)

EFEITOS DOS EVENTOS CLIMÁTICOS LOCAIS NO RECURSO PESQUEIRO DO TAMBAQUI DA AMAZÔNIA CENTRAL

A mudança climática é a maior ameaça à biodiversidade e seus efeitos já ameaçam os ecossistemas de água doce. Há abundante evidência de que o clima da Terra está mudando mais rapidamente agora do que em períodos anteriores com efeitos potenciais sobre a bacia amazônica e seus organismos. Este tese avaliou os impactos climáticos sobre os estoques de peixe do tambaqui (Colossoma macropomum), quanto a sua sustentabilidade e criou um modelo que descreve os níveis destes impactos assim como um sistema de inferência que agrega as informações subjetivas de experts da pesca e variáveis ambientais aos parâmetros que são determinados para o recrutamento na atividade de pesca sobre estes estoques. Para este fim, foi realizado um levantamento de informações sobre o status da produção do tambaqui e de alterações na dinâmica da pesca desta espécie a partir do porto principal de Manacapuru no período de 2014 a 2016, incluindo entrevistas com pescadores da Colônia Z-9. A percepção dos pescadores sobre os eventos de cheias e secas extremas foram estudadas na cidade de Manacapuru e, por fim, foi utilizada uma nova abordagem metodológica que se utiliza da matemática fuzzy e de decisores de métodos multicritérios para criar os cenários e os sistemas de inferência. Caracterizamos as variáveis ambientais e definimos as variáveis linguísticas incorporando as informações subjetivas dos experts e criamos os critérios dando pesos conforme seu grau de influência sobre o impacto, adicionando ainda os efeitos da pesca. Definimos funções de pertinência que indicaram os graus de impactos esperados conforme a variação encontrada ou estimada no ambiente. Os resultados mostram os cenários e o status do estoque e de sua sustentabilidade de acordo com as variações climáticas e de pressão por pesca. Foi desenvolvido modelo conceitual para avaliações de impacto na Bacia Amazônica que pode ser aplicado para as demais espécies da bacia, auxiliando estudos futuros que tenham por objetivo comparar os impactos locais de eventos extremos.

Climate change is the greatest threat to biodiversity and its effects already threaten freshwater ecosystems. There is abundant evidence that the Earth's climate is changing more rapidly now than in earlier periods with potential effects on the Amazon basin and its organisms. This study evaluated the climatic impacts on tambaqui fish stocks (Colossoma macropomum), their sustainability and created a model that describes the levels of these impacts as well as an inference system that aggregates the subjective information of fishing experts and environmental variables to the parameters that are determined for the recruitment in the fishing activity on these stocks. A survey of information on the status of tambaqui production and changes in fishing dynamics of this species was carried out from the main port of Manacapuru in the period from 2014 to 2016, including interviews with fishermen from Manacapuru. Fishermen's perception of extreme flood and drought events was studied in the city of Manacapuru and, finally, a new methodological approach was used that uses fuzzy mathematics and multi-criteria decision makers to create scenarios and inference systems. We characterize the environmental variables and define the linguistic variables incorporating the subjective information of the experts and create the criteria giving weights according to their degree of influence on the impact, adding also the effects of the fishing. We defined pertinence functions that indicated the degrees of expected impacts according to the variation found or estimated in the environment. The results show the scenarios and stock status and their sustainability according to climatic variations and fishing pressure. A conceptual model has been developed for impact assessments in the Amazon Basin that can be applied to other species of the basin, helping future studies that aim to compare the local impacts of extreme events.

CARACTERÍSTICAS FUNCIONAIS E PRODUTIVAS EM BOVINOS DA RAÇA CANCHIM

A utilização de animais como reprodutores em programas de melhoramento genético de bovinos está associada ao registro genealógico pela Associação de Criadores. O objetivo neste trabalho foi avaliar e relacionar a aprovação dos animais ao registro genealógico definitivo com as características avaliadas no programa de avaliação genética da raça Canchim. Foram estimados parâmetros genéticos, por meio de modelo multicaracterística, para os pesos ao nascimento, ao desmame e ao sobreano, escores para conformação frigorífica ao desmame e ao sobreano, classificação final no registro ao desmame (CLD) e ao sobreano (CLS), escores para comprimento de umbigo e qualidade do pelo (PEL) avaliados ao desmame, e perímetro escrotal ao sobreano (PE), e por modelos bicaracterística para aprovação ao registro genealógico (AP) com cada uma das demais variáveis. A relação entre classificação final e as outras características avaliadas foi desdobrada pela análise de trilha para estimar efeitos diretos e indiretos. A probabilidade de aprovação ao registro genealógico foi estudada, as diferenças esperadas na progênie (DEP) para todas as características foram estimadas e foi elaborado o índice de qualificação genética (IQG) utilizado pelo Programa de Avaliação Genética do Canchim. Foi estimada a herdabilidade do escore de coloração da mucosa dos animais e foram obtidas as probabilidades de ocorrência de cada um dos escores de acordo com a coloração da mucosa dos pais. A probabilidade de um animal ser aprovado para registro na Associação Brasileira de Criadores de Canchim ao desmame foi de 77,48% (75,15% para os machos e 79,43% para as fêmeas), enquanto a probabilidade ao sobreano, dado que ele foi aprovado ao desmame, foi de 87,36% (86,43% para os machos e 87,83% para as fêmeas), e a probabilidade total ao sobreano foi de 69,63% (67,71% para os machos e 72,26% para as fêmeas). As correlações genéticas entre as características estudadas variavam de baixa negativa (-0,07) a alta positiva (0,70), com maior estimativa entre PE e CLS. A média das estimativas de herdabilidade de AP foi 0,28 e as correlações com as características citadas acima variaram de baixa (0,15) a muito alta (0,97), com maior estimativa para CLS. O maior efeito direto sobre a CLD foi de PEL (0,8211), indicando sua importância no registro genealógico provisório. O maior efeito direto sobre CLS foi de PE (2,7522), evidenciando sua importância na determinação do registro genealógico definitivo. A correlação entre a classificação dos animais pelo IQG e pela DEP de AP foi de 0,055. Foram observadas variações nas proporções da coloração da mucosa dos filhos em acasalamentos de animais com diferentes colorações de mucosas. Quando as duas primeiras classes fenotípicas da coloração da mucosa (bronze clara e bronze) foram consideradas como uma única classe, a estimativa de herdabilidade foi mais elevada (0,427 ± 0,022). Há variação genética para o escore de pigmentação de mucosa dos bovinos Canchim que permite o seu uso na seleção, visando à produção de animais mais adaptados aos trópicos. A avaliação genética reagrupando os escores em quatro classes que consideram a cor do pigmento e ignoram a intensidade de pigmentação das duas primeiras classes proporciona um modelo com controle genético aditivo mais forte. A pelagem é a característica mais importante na determinação da classificação final ao desmame e o perímetro escrotal a mais importante na classificação final ao sobreano.

The use of animals in beef cattle breeding programs is dependent on their approval to genealogical registry by the breeders association. The aim of this work was to evaluate and to relate the approval of the animals to the definitive genealogical record with the traits evaluated in the genetic evaluation program of the Canchim breed. Genetic parameters were estimated by means of a multi-trait model for birth, weaning and yearling (18 months of age) weights, slaughter conformation scores at weaning (CSW) and yearling (CSY), final registry classification scores at weaning (CLW) and yearling (CLY), navel and hair coat (HC) scores at weaning, and scrotal circumference at yearling (SCY), and using two-trait models for approval to registry (AR) with each of the above traits. The relationship of CLW and CLY with the other traits was studied by path analysis to estimate direct and indirect effects. Probabilities of approval to registry were studied, expected progeny differences (EPD) for all traits were estimated and a genetic qualification index (GQI) used by the Canchim Genetic Evaluation Program was obtained for each animal. Heritability was also estimated for color of the mucosa, and the probability of occurring the various color of mucosa in the offspring according to the mucosa of the parents were obtained. The probability of an animal being approved for registration by the Brazilian Canchim Breeders Association at weaning was 77.48%, 75.15% for males and 79.43% for females, while at yearling, given the approval at weaning, the probability was 87.36%, 86.43% for males and 87.83% for females. The total probability of an animal being approved for registration at yearling was 69.63%, 72.26% for females and 67.71% for males. The genetic correlations among the traits varied from low negative (-0.07) to high positive (0,70), with the highest value for SCY and CLY. The mean of the heritability estimates of AR was 0.28 and the genetic correlations with the other traits varied from low (0,15) to very high (0,97), the highest with CLY. HC showed the highest direct effect on CLW, 0.8211, suggesting its importance in determining temporary approval for registration, at weaning. SCY showed the highest direct effect on CLY, 2.7522, indicating its importance in determining final and definitive approval for registration, at yearling. The correlation between the classification of the animals by GQI and the EPD for AR was 0.055. There were variations in the proportion of color of mucosa of the offspring produced by mating animals with different colors of mucosa. When the first two phenotypic classes of color of mucosa (light bronze and bronze) were joined in one class, the heritability of the trait was the highest (0.427 ± 0.022). The tonality of the mucosa showed a great impact on the estimation of the genetic components. There is enough genetic variation on the mucosa pigmentation scores of the Canchim cattle that allows its use in selection to obtain animals more adapted to the tropics. The classification of mucosa into four classes considering only color of pigment and not the intensity of pigmentation of the two first classes will provide a model with better additive genetic control. Hair coat is the most important trait that establishes CLW and scrotal circumference is the most important for CLY.

TEMPERAMENTO DE BOVINOS DE CORTE: FATORES GENÉTICOS E AMBIENTAIS

Os objetivos do presente trabalho foram: 1) estimar os parâmetros genéticos das variáveis utilizadas para avaliar o comportamento animal: escore de temperamento (ET) e tempo de saída (TS), e as características peso vivo, escore de condição corporal (ECC) e altura da garupa de bovinos da raça Nelore; 2) avaliar o efeito das raças Nelore, Caracu e Guzerá sobre as características comportamentais: escore de entrada (EE), escore de temperamento (ET), escore de saída (ES) e velocidade de saída (VS) durante o manejo no curral, além de avaliar o efeito das raças e do temperamento dos animais sobre os parâmetros sanguíneos (cortisol, glicose e lactato) e estimar a relação entre características comportamentais, parâmetros sanguíneos e características de crescimento. Para a estimativa dos parâmetros genéticos foram utilizadas 1872 mensurações provenientes de 905 animais, colhidas entre os anos de 2014 e 2015, de animais da raça Nelore, machos e fêmeas, nascidos entre os anos de 1998 a 2014, com idades maiores que 250 dias. Os modelos de análise para todas as características incluíram os efeitos fixos de grupo de contemporâneos (linha de seleção, sexo, ano de nascimento, ano de avaliação e curral de manejo) e a covariável idade do animal (linear e quadrática). Os componentes de covariância foram estimados por meio de inferência estatística Bayesiana usando os pacotes THRGIBBS1F90, empregando-se um modelo animal multicaracterística, incluindo-se, como aleatórios os efeitos genéticos aditivos direto, de ambiente permanente direto e residual, e como efeitos fixos o grupo de contemporâneos e a idade como covariável (efeito linear e quadrática). Para o estudo do efeito das raças sobre características comportamentais e parâmetros sanguíneos foram colhidos dados de 119 fêmeas da raça Nelore, 63 da raça Caracu e 33 da raça Guzerá, nascidas entre setembro e dezembro de 2013. As análises de variância foram realizadas por meio de procedimentos GENMOD do programa SAS. O modelo para as análises das características comportamentais incluiu apenas o efeito da raça. Para os parâmetros sanguíneos foi usado o procedimento GLM SELECT do programa SAS para verificar quais das variáveis comportamentais proporcionam o melhor modelo para esses parâmetros juntamente com o efeito da raça. As correlações foram estimadas por meio do procedimento CORR SPEARMAN do programa SAS. As estimativas de herdabilidade para ET, TS, ECC, peso vivo e altura da garupa para animais da raça Nelore variaram de 0,08 á 0,93. A correlação genética entre as características indicadoras de temperamento foram altas e negativas (-0,80), indicando que quanto menor for o ET do animal, maior será seu TS, sendo assim mais calmo ele é. O TS foi a característica com relação genética mais favorável com o peso vivo, com o escore de condição corporal e com a altura da garupa (0,27; 0,56 e 0,37). Esses resultados indicam que é possível obter ganho genético se essas características comportamentais forem incluídas no processo de seleção. Para o estudo do comportamento de bovinos de corte durante o manejo no curral foi constatado que todas as variáveis comportamentais apresentaram efeito de raça, sendo as raças zebuínas as mais reativas, exceto para o ET. As correlações indicam que animais com bom temperamento apresentam menores escores comportamentais, menores velocidades de saída, níveis mais baixos dos hormônios indicadores de estresse e ganham mais peso.

The aims of this study were: 1) to estimate the genetic parameters of the variables used to evaluate animal behavior: temperament score (TS), and exit time (ET), and traits body weight, body condition score (BCS) and rump height of Nelore cattle. 2) evaluate the effect of races Nellore, Caracu and Guzerat over behavioral traits: input score (IS), temperament score (TS), exit score (ES) and flight speed (FS) during handling corral, in addition to evaluate the effect of race and the animal temperament on the blood parameters (cortisol, glucose and lactate) and estimate the relationship between behavioral traits, blood parameters and growth traits. To estimate genetic parameters were used 1872 measurements collected between the years 2014 and 2015, of Nelore cattle, males and females, born between the years 1998-2014, with greater than 250 days age. The analysis models for all traits included the fixed effects of contemporary group (selection row, gender, year of birth, year of assessment and handling corral) and the covariate age of the animal (Linear and quadratic). The covariance components were estimated by means of Bayesian statistical inference using the THRGIBBS1F90 packages, using an animal multi-trait model, including, as random the direct additive effects, direct permanent environmental and residual, and as fixed effects the contemporary group and age as a covariate (linear and quadratic effect). To study the effect of the races over behavioral traits and blood parameters were collected from 119 females Nellore, 63 of Caracu and 33 Guzerat born between September and December 2013. Analyses of variance were conducted by means of GENMOD procedures of SAS program. The model for the analysis of behavioral traits included only the effect of race. For blood parameters was used GLM SELECT procedure of SAS program to check which of behavioral variables provide the best model for these parameters together with the effect of race. Correlations were estimated by means of CORR SPEARMAN procedure of SAS statistical program. The heritability estimates for TS, ET, BCS, body weight and rump height for Nellore animals varies 0.08 from 0.93. The genetic correlation between the indicator traits of temperament were high and negative (-0.80), indicating that the smaller the animal's TS, the greater the ET, so it calmer it is. The ET was the trait with more favorable relative to body weight, with a BCS and the rump height (0.27; 0.56 and 0.37). These results indicate that it is possible to obtain genetic gain if these behavioral traits are included in the selection process. For the study of beef cattle behavior in the handling corral was found that all behavioral traits present race effect, being the most reactive zebu breeds, except for TS. The correlations indicate that animals with good temperament have lower behavioral scores, lower FS, lower levels of stress hormones indicators and gain more weight.

ESTRUTURA POPULACIONAL E PARÂMETROS GENÉTICOS DA CARACTERÍSTICA CLASSE DE TEMPO EM CORRIDAS DE EQUINOS DA RAÇA QUARTO DE MILHA

A raça Quarto de Milha (QM) teve seus primeiros exemplares criados no Brasil em 1956, cujos pais foram importados dos Estados Unidos, com fundação da associação dos criadores em 1969, totalizando mais de 415 mil animais registrados e destes 45% são puros. A raça apresenta-se como versátil para trabalho, conformação e corrida, atributos que a tornam como de escolha entre os criadores e de maior população equina nacional. Apesar disto, poucos estudos foram realizados na raça, particularmente acerca da variabilidade genética. Os objetivos do estudo foram obter informações da estrutura populacional da raça QM no Brasil e estimar os parâmetros genéticos da característica Classe de Tempo (CT), relacionada com a performance em corridas de equinos em diferentes distâncias. O escore aplicado a CT, classifica os animais baseado na comparação percentual de tempo do vencedor de cada páreo. Os dados avaliados foram provenientes da Associação Brasileira de Criadores do Cavalo Quarto de Milha e do hipódromo do Jockey Clube de Sorocaba em São Paulo. A preparação da base de dados e estatística inicial foi realizada no programa SAS, os parâmetros populacionais com o programa ENDOG e os componentes de (co) variâncias e parâmetros genéticos com o programa THRGIBBS1F90. A característica CT foi estabelecida nas corridas com distância de 301 (CT301), 320 (CT320), 365 (CT365) e 402 (CT420) metros e analisada por meio de modelo animal limiar. Os parâmetros populacionais obtidos foram 0,49% de endogamia, 0,29% de parentesco, 9,3 anos de intervalo gerações, a probabilidade de origem dos genes com valor igual a 333 de número efetivo de fundadores, a variabilidade genética total apresentou-se explicada por 7.254 ancestrais, com 161 ancestrais explicando 50%. As estimativas a posteriores da herdabilidade e da repetibilidade, obtidas em análise multicaracterística, foram de 0,52±0,04 e 0,85±0,04 (CT301), 0,48±0,06 e 0,97±0,01 (CT320), 0,56±0,04 e 0,88±0,06 (CT365) e 0,45±0,06 e 0,78±0,04 (CT420), respectivamente. Os valores obtidos indicam que a característica CT pode ser utilizada como critério de seleção e obter rápido ganho genético. A baixa variabilidade genética na raça Quarto de Milha foi evidenciada, sugerindo aos criadores inserção de reprodutores no rebanho.

The Quarter Horse (QH) had its first specimens bred in Brazil in 1956, whose parents were imported from the United States, with its breeder association founded in 1969, totaling more than 474,000 registered animals, of which more than 188,000 are purebred. The breed is versatile in what concerns performance, conformation and racing, attributes that make the QH the breed of choice among breeders and makes it the largest national equine population. In spite of that, few studies have been conducted about the breed, particularly on the genetic variability of strains. The aim of this study was to gather information about the population structure and estimate the genetic parameters of the trait class time (CT) related to performance in different QH racing distances, contributing with results that enable their use in the design of animal breeding programs aimed at maintaining the variability of the breed and decreasing race times. The score applied to CT, ranks animals based on comparing percentage winning time of each match. The analyzed data originates from the Brazilian Association of Breeders of Quarter Horse and Jockey Clube de Sorocabas hippodrome, in Sao Paulo. The preparation of the initial data and statistical base was done using SAS software, the population parameters with the ENDOG software and the (co) variances and genetic parameters components with the THRGIBBS1F90 software. The CT characteristic was established in racing with 301 (CT301), 320 (CT320), 365 (CT365) and 402 (CT420) meters distances and analyzed by threshold animal model. The obtained population parameters were 0.49% of inbreeding, 0.29% of kinship, 9.3-year generation interval, The probability of origin of genes with value 333 related to effective number of founders, the total genetic variability is explained by 7,254 ancestors, with 161 ancestors responsible for 50%. The estimates later heritability and repeatability obtained in multi-trait analysis were 0.52 ± 0.04 and 0.85 ± 0.04 (CT301), 0.48 ± 0.06 and 0.97 ± 0, 01 (CT320), 0.56 ± 0.04 and 0.88 ± 0.06 (CT365) and 0.45 ± 0.06 and 0.78 ± 0.04 (CT420), respectively. The values obtained indicate that CT feature can be used as selection criteria and obtain rapid genetic gain. The low genetic variability in the Quarter Horse breed was evidenced, suggesting to breeding insertion breeders in the herd.

ESTIMATIVAS DE PARAMETROS GENETICOS PARA CARACTERISTICAS REPRODUTIVAS E ESCORES VISUAIS MEDIDOS AO SOBREANO DE BOVINOS DA RACA BRAFORD

O objetivo deste estudo foi estimar a herdabilidade e correlacoes geneticas entre perimetro escrotal ajustado a idade e ao peso (PEip); idade ao primeiro parto (IPP) e escores visuais ao sobreano de: conformacao (CS); precocidade (PS) e musculatura (MS), visando a possibilidade de inclusao dessas caracteristicas como criterios de selecao em um programa de melhoramento genetico de bovinos da raca Braford. Para isso foi utilizado um conjunto de dados contendo 120.297 registros com todas as composicoes raciais para Nelore e Hereford, cedidos pelo programa de melhoramento genetico da Conexao Delta Gen, criados em sistema extensivo de producao a pasto, nascidos entre 1992 e 2012 em 40 fazendas localizadas nas regioes Sul, Sudeste e Centro-Oeste do Brasil. Os animais foram agrupados em quatro estacoes de nascimento. Para cada caracteristica em estudo foram criados grupos de contemporaneos. Para a formacao do grupo de contemporaneos para Peip, foram concatenados os registros dos animais pertencentes a mesma fazenda, nascidos na mesma estacao e ano e do mesmo grupo de manejo Peip. Os grupos de contemporaneos para IPP foram semelhantes ao grupo de contemporaneos Peip, exceto pelo grupo de manejo, que foi considerado da desmama ao sobreano. Para os grupos contemporaneos de conformacao, precocidade e musculatura foram utilizados grupos de manejo especificos para cada uma das medidas efetuadas, bem como o sexo do animal. Para estimar os componentes de variancia e (co)variancia utilizou-se inferencia Bayesiana com o auxilio do programa GibbsF90 e uma matriz de parentesco contendo 153.800 animais, aplicando-se um modelo animal multicaracteristica. A convergencia da cadeia de Gibbs foi verificada usando os programas: POSTGIBBSF90 e o programa R, utilizando o criterio de Geweeke. Para os graficos de tracos foi utilizado o software GNUPLOT. A partir das variancias geneticas: aditiva direta ( d ) e variancia residual ( e ) foram calculadas as variancias fenotipicas para cada uma das caracteristicas e posteriormente as herdabilidades (h2). Os coeficientes de herdabilidade estimados para PEip (0,265); IPP (0,167); CS (0,086); PS (0,177); MS (0,163). As seguintes correlacoes geneticas foram estimadas PEip x IPP (- 0,24); PEip x CS (-0.25); PEip x PS (0,083); PEip x MS (-0,05); IPP x CS (0,014); IPP x PS (-0,08); IPP x MS (0,036). A selecao para Peip acarretara reducao na IPP; a utilizacao de escores visuais nao trara mudancas na IPP.

The objective of this study was to estimate the heritability and genetic correlations between scrotal circumference adjusted to age and weight (PEip); age at first calving (IPP) and visual scores at yearling for: conformation (CS), finishing (PS) and muscling (MS) aiming to determine the possible inclusion of those traits as a selection criteria on a data program, containing 120.297 registers with every race composition for Nelore and Hereford cattle that was given by Delta Gen Connection improvement program, grazed within extensive livestock farming in Brazil s south, southeast and middle east region. All the animals were grouped into four seasons of birth. Contemporary groups were created for each trait studied. To create the PEip contemporary group, the registers of animals belonging to the same farm, born on the same season and year and belonging to the same management group were associated. The contemporary groups for IPP were similar to the PEip ones except for the management group that considered the year of weaning at yearling. Specific management groups for each measured taken as well as the animal sex were used to form the contemporary groups of conformation, finishing and muscling. The variance and covariance components were estimated using Bayesian inference with the help of GibbsF90 program and a parenting matrix containing 153.800 animals applying a multi-characteristic model. The Gibbs chain convergence was verified using the Geweek criteria the following programs: POSTGIBBSF90 and Program R. The software GNUPLOT was udes to make the trace graphic. The phenotypic variance for each one of the traits and later the heritability were calculate from the direct additive ( d ) and the residual variance ( e ). The estimated heritability coefficients were: PEip (0,265); IPP (0,167); CS (0,086); PS (0,177); MS (0,163) The following genetic correlation were estimated PEip x IPP (-0,24); PEip x CS (-0.25); PEip x PS (0,083); PEip x MS (-0,05); IPP x CS (0,014); IPP x PS (-0,08); IPP x MS (0,036). The selection for PEip will reduce the IPP, except for CS and OS, the others scores contribute positively to the PEip and IPP selections.

PARÂMETROS GENÉTICOS PARA CARACTERÍSTICAS DE DESEMPENHO E REPRODUTIVAS DE AVES POEDEIRAS POR INFERÊNCIA BAYESIANA

As estimativas de parâmetros genéticos das características relacionadas à produção de ovos auxiliam no processo de seleção de linhagem de aves poedeiras. O objetivo deste trabalho foi estimar os parâmetros genéticos para as características de desempenho e reprodutivas, para fornecer suporte ao programa de melhoramento de poedeiras. As características reprodutivas estudadas foram registros de fertilidade (FERT), eclodibilidade (ECLO) e taxa de nascimento (NASC) medidas às 60 semanas de idade, e de desempenho foram peso corporal às 16 e 60 semanas de idade (PC16 e PC60), idade à maturidade sexual (IMS), relação altura-largura, peso e densidade dos ovos às 28, 36 e 40 semanas de idade (REL28, REL36, REL40, POVO28, POVO36, POVO40, DENS28, DENS36 e DENS40, respectivamente). Foram utilizados dados de 1894 animais, provenientes de três gerações de uma linhagem denominada CC, desenvolvida pelo Programa de Melhoramento Genético de Aves da Embrapa Suínos e Aves, em Concórdia, SC. Análises multicaracterísticas foram realizadas pela metodologia de inferência bayesiana por meio do software GIBBS2F90 para cada conjunto de características (desempenho e reprodutivas). O modelo estatístico considerou os efeitos aleatórios genético aditivo e residuais e o efeito fixo de geração. A variação das médias à posteriori das estimativas de herdabilidade para as características reprodutivas foi de 0,14±0,003 (ECLO) à 0,22±0,005 (FERT) e de 0,07±0,001 (REL28) à 0,42±0,001 (POVO40) para as características de desempenho. As médias à posteriori das estimativas de correlações genéticas entre as características reprodutivas variaram de 0,18±0,026 (FERT e ECLO) até 0,79±0,007 (FERT e NASC). Para as características de desempenho, as médias à posteriori das estimativas de correlação genética variaram de -0,49±0,001 (POVO36 e DENS36) à 0,75±0,003 (DENS28 e DENS36). Em geral, as características poderiam ser utilizadas nos programas de melhoramento genético de aves de postura por apresentarem variabilidade genética suficiente para responder à seleção, com exceção da REL28. Conclui-se que a seleção aplicada sobre a taxa de nascimento seria mais indicada para melhorar a fertilidade e a eclodibilidade dos ovos com base no desempenho das aves. Além disso, a utilização da característica POVO40 poderia melhorar o peso dos ovos ou a uniformidade dos mesmos. Se a seleção for conduzida para reduzir o peso corporal às 16 semanas de idade, resultaria no aumento da idade à maturidade sexual e redução do peso corporal às 60 semanas de idade, peso e relação altura-largura dos ovos nas idades estudadas.

Genetic parameter estimates for traits associated to egg production help in the selection process of laying hens. The aim of this study was to estimate genetic parameters for performance and reproductive traits to provide support for an egg stock breeding program. The reproductive traits studied were fertility (FERT), hatchability (ECLO), birth rate (NASC) at 60 weeks of age and the performance traits were body weight at 16 and 60 weeks of age (PC16 and PC60), age at first egg (IMS), eggs height-width ratio, weight and density at 28, 36 and 40 weeks of age (REL28, REL36, REL40, POVO28, POVO36, POVO40, DENS28, DENS36 and DENS40, respectively). Data from 1894 animals from three generations of line of laying hens, developed by the Embrapa Poultry Breeding Program, Concordia, SC, was used. Analyses multi-trait were conducted by Bayesian inference through GIBBS2F90 software. The statistical model included the fixed effects of generation and additive and residual random. The posterior means of heritability for reproductive traits was 0.14 ± 0.003 (ECLO) to 0.22 ± 0.005 (FERT) and 0.07 ± 0.001 (REL28) to 0.42 ± 0.001 (POVO40) for the performance characteristics. The posterior means of genetic correlation estimates between reproductive traits ranged from 0.18 ± 0.026 (FERT and ECLO) to 0.79 ± 0.007 (FERT and NAAT). For performance traits, the posterior means of genetic correlation ranged from -0.49 ± 0.001 (POVO36 and DENS36) to 0.75 ± 0.003 (DENS28 and DENS36). In general, the traits could be used in animal breeding programs of laying hens because they have enough genetic variability to respond to selection, except for REL28. It is concluded that the applied selection on the birth rate would be most appropriate to improve fertility and hatchability of eggs. Also, the use of POVO40 could improve egg weight or uniformity thereof. If the selection is conducted to reduce body weight at 16 weeks of age, result in increased age at first egg and weight reduction at 60 weeks of age, weight and height-width ratio of eggs at the studied ages.

Estimativa de componentes de (co)variância de características de crescimento na raça Brahman utilizando inferência bayesiana

Este trabalho teve como objetivo estimar parâmetros genéticos para características de crescimento, utilizando-se um modelo multi-característica. Foram analisados registros de 14956 animais da raça Brahman, participantes do programa de melhoramento da raça Brahman, desenvolvido pela Associação Nacional de Criadores e Pesquisadores (ANCP). Por meio de inferência bayesiana foram obtidas estimativas de componentes de variância para os pesos nas idades padrão aos 60 (P60), 120 (P120), 210 (P210), 365 (P365), 450 (P450) e 550 (P550) dias. As análises foram realizadas empregando-se o software GIBBS2F90, assumindo um modelo animal. Para os pesos às idades padronizadas estudadas foram considerados os efeitos fixos de grupo de contemporâneos (rebanho - ano nascimento - estação de nascimento ? sexo - manejo) e idade do animal no momento da pesagem (linear e quadrático) como covariável, e os efeitos aleatórios genético aditivo direto, genético aditivo materno e residual. As estimativas de herdabilidade genética direta foram 0,31 (P60), 0,37 (P120), 0,34 (P210), 0,38 (P365), 0,37 (P450) e 0,45 (P550). As estimativas de herdabilidade genética materna foram 0,18 (P60), 0,19 (P120), 0,22 (P210), 0,14 (P365), 0,11 (P450), e 0,08 (P550). Os valores de correlação genética direta variaram de 0,79 (P60 / P450) a 0,94 (P365 / P450). Em vista dos parâmetros estimados, verifica-se que as características aqui estudadas apresentam variabilidade genética suficiente para realizar a seleção dos animais. As correlações genéticas indicam que a seleção simultânea para as características em estudo pode ser eficiente

The objective of this work was to estimate genetic parameters for growth traits using a multiple-traits model. Were analyzed records of 14956 animals of Brahman Breed, participants of Breeding Program of Brahman cattle, developed by Breeders and Researchers National Association (ANCP). Using Bayesian inference were obtained estimations of variance components for standardized weights at 60 (W60), 120 (W120), 210 (W210), 365 (W365), 450 (W450) and 550 (W550) days. Analyzes were done using Gibbs2f90 Software, assuming an animal model. For standardized weights were considered fixed effects of contemporary group (herd - birth year ? birth season ? sex - management) and animal age at weighting moment (linear and quadratic) as covariate, and randomized effects of direct additive genetic, maternal additive genetic and residual. Direct Heritability estimations were 0,31 (W60), 0,37 (W120), 0,34 (W210), 0,38 (W365), 0,37 (W450) and 0,45 (W550). Maternal heritability estimations were 0,18 (W60), 0,19 (W120), 0,22 (W210), 0,14 (W365), 0,11 (W450), and 0,08 (W550). Genetic correlation values varied from 0,79 (W60 / W450) a 0,94 (W365 / W450).. According estimated genetic parameters, was verified that standardized weights presented enough genetic variation for animal selection. Genetic correlations indicate that a simultaneously selection for all the traits of this study could be efficient

Parâmetros genéticos para desempenho em corridas de cavalos puro sangue inglês utilizando procedimentos Bayesiano e Thurstoniano

O objetivo desse trabalho foi estimar parâmetros genéticos para o caráter tempo e colocação final em corridas de cavalos Puro Sangue Inglês (PSI) com procedimentos Bayesiano e Thurstoniano, a fim de fornecer subsídios para a seleção de reprodutores e consequente melhoramento genético da raça no Brasil. A partir de dados fornecidos pela empresa Turf Total Ltda foram consideradas 251.754 informações de tempo e 272.277 informações de colocações finais em 34.316 corridas de cavalos PSI ocorridas entre 1992 e 2011 em 6 hipódromos do país, para as distâncias de 1.000, 1.300, 1.600 e 2.000 metros. Os efeitos considerados fixos foram idade, sexo, posição de largada e páreo para as análises de tempo, e sexo, idade, posição de largada, páreo e nível de dificuldade da corrida para as análises de colocações finais. As herdabilidades e correlações genéticas para tempo foram estimadas utilizando inferências bayesianas, ao passo que para as estimativas de herdabilidade de colocação final utilizou-se o modelo Thurstoniano. As estimativas de herdabilidade para tempo em análises unicaraterísticas. foram semelhantes às encontradas na literatura, e variaram entre 0,31 e 0,04 e as repetibilidades encontradas variaram de 0,61 a 0,22, respectivamente com o aumento das distâncias. As estimadas para colocação final variaram de 0,57 a 0,21, apresentando a mesma tendência que as herdabilidades para tempo. As estimativas de herdabilidade para tempo na análise multicaracterística variaram entre 0,34 e 0,15 com repetibilidade entre 0,63 e 0,36. Nessa análise, a seleção para tempo também mostrou-se mais eficiente em distâncias menores, onde as herdabilidades foram maiores. As estimativas de correlações genéticas foram positivas e variaram de 0,47 a 0,97. Conclui-se que, em distâncias mais curtas, a seleção tanto para tempo...

The objective of this study was to estimate genetic paremeters for racing time and final rank in Thoroughbred horses using Bayesian and Thurstonian procedures, in order to provide data that contribute for selection and the consequent genetic improvement of the breed in Brazil. Data were provided by the company Turf Total Ltda. and consisted of 251,754 racing time records and 272,277 final rank records obtained from 34,316 Thoroughbred races (distances of 1,000, 1,300, 1,600 and 2,000 m) that occurred between 1992 and 2011 on six race tracks. Fixed effects included age, sex, post-position and race for the analysis of racing time, and sex, age, post-position, race and level of difficulty for final rank analysis. The heritabilities for racing time and final rank and the genetic correlations between racing times were estimated by Bayesian inference. In addition, a Thurstonian model was used to estimate the heritability for final rank. The heritability estimates for racing time in one-trait analysis were similar to those reported in the literature and ranged from 0.31 to 0.04. Repeatability estimates tended to decrease with increasing race distance (0.61 to 0.22) .The heritabilities estimates for final rank ranged from 0.57 to 0.21 and showed the same trend as the heritabilities for time. The heritability estimates for racing time obtained by multi-trait analysis ranged form 0.34 to 0.15, with repeatabilities of 0.63 to 0.36 at the distances studied. Multi-trait analysis also showed that selection for racing time was more efficient at shorter distances when heritabilities were higher. The genetic correlations were all positive and ranged from 0.47 to 0.97. In conclusion, selection for both racing time and final rank is more efficient at shorter distances...